| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,759,132 | A→G | I50V (ATT→GTT) | yfjI → | CP4‑57 prophage; uncharacterized protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,759,132 | 0 | A | G | 95.5% | 215.7 / 0.6 | 66 | I50V (ATT→GTT) | yfjI | CP4‑57 prophage; uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/1); new base G (28/35); total (30/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.87e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.23e-01 | |||||||||||
GAATGCAATTTATGAAGTGGAACAGCATACGCAGGCCCCTCAAGGTTTGATTGCTGCTTCTGCTCTTGGGGTAATTTCTCTTGCCTGTCAGAACCGGATTGATGTTTGCCGATTGAATAATCTACGTGGCCCGGTATCACTTTTCTTAATGACTCTGGCTGAATCAGGTGAACGTAAGAGTACGGTTGATAAA > NC_000913/2759035‑2759227 | gAATGCAATTTATGAAGTGGAACAGCATACGCAGGCCCCTCAAGGTTTGATTGCTGCTTCTGCTCTTGGGGTAATTTCTCTTGCCTGTCAGAACCGGGtt < 2:323670/100‑1 (MQ=255) aTGCAATTTATGAAGTGGAACAGCATACGCAGGCCCCTCAAGGTTTGATTGCTGCTTCTGCTCTTGGGGTAATTTCTCTTGCCTGTCAGAACCGGGTTGa > 1:136090/1‑100 (MQ=255) gCAATTTATGAAGTGGAACAGCATACGCAGGCCCCTCAAGGTTTGATTGCTGCTTCTGCTCTTGGGGTAATTTCTCTTGCCTGTCAGAACCGGGTTGATg > 1:689071/1‑100 (MQ=255) gCAATTTATGAAGTGGAACAGCATACGCAGGCCCCTCAAGGTTTGATTGCTGCTTCTGCTCTTGGGGTAATTTCTCTTGCCTGTCAGAACCGGGTTGATg < 1:630113/100‑1 (MQ=255) tttATGAAGTGGAACAGCATACGCAGGCCCCTCAAGGTTTGATTGCTGCTTCTGCTCTTGGGGTAATTTCTCTTGCCTGTCAGAACCGGGTTGATGTTTg < 1:790837/100‑1 (MQ=255) gAAGTGGAACAGCATACGCAGGCCCCTCAAGGTTTGATTGCTGCTTCTGCTCTTGGGGTAATTTCTCTTGCCTGTCAGAACCGGGTTGATGTTTGCCGAt > 1:849802/1‑100 (MQ=255) gAAGTGGAACAGCATACGCAGGCCCCTCAAGGTTTGATTGCTGCTTCTGCTCTTGGGGTAATTTCTCTTGCCTGTCAGAACCGGGTTGATGTTTGCCGAt > 1:489550/1‑100 (MQ=255) aaGTGGAACAGCATACGCAGGCCCCTCAAGGTTTGATTGCTGCTTCTGCTCTTGGGGTAATTTCTCTTGCCTGTCAGAACCGGGTTGATGTTTGCCGAtt < 1:997328/100‑1 (MQ=255) aaGTGGAACAGCATACGCAGGCCCCTCAAGGTTTGATTGCTGCTTCTGCTCTTGGGGTAATTTCTCTTGCCTGTCAGAACCGGGTTGATGTTTGCCGAtt > 1:480965/1‑100 (MQ=255) aGTGGAACAGCATACGCAGGCCCCTCAAGGTTTGATTGCTGCTTCTGCTCTTGGGGTAATTTCTCTTGCCTGTCAGAACCGGGTTGATGTTTGCCGATTg < 2:409827/100‑1 (MQ=255) aGTGGAACAGCATACGCAGGCCCCTCAAGGTTTGATTGCTGCTTCTGCTCTTGGGGTAATTTCTCTTGCCTGTCAGAACCGGGTTGATGTTTGCCGATTg < 1:77198/100‑1 (MQ=255) ggAACAGCATACGCAGGCCCCTCAAGGTTTGATTGCTGCTTCTGCTCTTGGGGTAATTTCTCTTGCCTGTCAGAACCGGGTTGATGTTTGCCGATTGaat > 2:122217/1‑100 (MQ=255) ggAACAGCATACGCAGGCCCCTCAAGGTTTGATTGCTGCTTCTGCTCTTGGGGTAATTTCTCTTGCCTGTCAGAACCGGGTTGATGTTTGCCGATTGaat < 1:44088/100‑1 (MQ=255) gAACAGCATACGCAGGCCCCTCAAGGTTTGATTGCTGCTTCTGCTCTTGGGGTAATTTCTCTTGCCTGTCAGAACCGGGTTGATGTTTGCCGATTGaata > 1:1007134/1‑100 (MQ=255) aCAGCATACGCAGGCCCCTCAAGGTTTGATTGCTGCTTCTGCTCTTGGGGTAATTTCTCTTGCCTGTCAGAACCGGATTGATGTTTGCCGATTGaataat > 2:462572/1‑100 (MQ=255) cAGTATACGCAGGCCCCTCAAGGTTTGATTGCTGCTTCTGCTCTTGGTGTAATTTCTCTTGCCTGTCAGAACCGGGTTGATGTTTGCCGATTGAATAATc < 2:263854/100‑1 (MQ=255) aGCATACGCAGGCCCCTCAAGGTTTGATTGCTGCTTCTGCTCTTGGGGTAATTTCTCTTGCCTGTCAGAACCGGGTTGATGTTTGCCGATTGAATAATCt < 1:408034/100‑1 (MQ=255) aGCATACGCAGGCCCCTCAAGGTTTGATTGCTGCTTCTGCTCTTGGGGTAATTTCTCTTGCCTGTCAGAACCGGGTTGATGTTTGCCGATTGAATAATCt > 2:630354/1‑100 (MQ=255) gCATACGCAGGCCCCTCAAGGTTTGATTGCTGCTTCTGCTCTTGGGGTAATTTCTCTTGCCTGTCAGAACCGGGTTGATGTTTGCCGATTGAATAATCTa < 2:339536/100‑1 (MQ=255) tACGCAGGCCCCTCAAGGTTTGATTGCTGCTTCTGCTCTTGGGGTAATTTCTCTTGCCTGTCAGAACCGGGTTGATGTTTGCCGATTGAATAATCTACGt > 1:988855/1‑100 (MQ=255) ggCCCCTCAAGGTTTGATTGCTGCTTCTGCTCTTGGTGTAATTTCTCTTGCCTGTCAGAACCGGGTTGATGTTTGCCGATTGAATAATCTACGTGGccc < 2:228435/99‑1 (MQ=255) gCCCCTCAAGGTTTGATTGCTGGTTCTGCTCTTGGGGTAATTTCTCTTGCCTGTCAGAACCGGGTTGTTGTTTGCCGATTGAATAATCTACGTGGGCCgg > 2:235948/1‑100 (MQ=255) cccTCAAGGTTTGATTGCTGCTTCTGCTCTTGGGGTAATTTCTCTTGCCTGTCAGAACCGGGTTGATGTTTGCCGATTGAATAATCTACGTGGCCCGGTa < 2:360722/100‑1 (MQ=255) cAAGGTTTGATTGCTGCTTCTGCTCTTGGGGTAATTTCTCTTGCCTGTCAGAACCGGGTTGATGTTTGCCGATTGAATAATCTACGTGGCCCGGTATCAc < 2:480961/100‑1 (MQ=255) gTTTGATTGCTGCTTCTGCTCTTGGGGTAATTTCTCTTGCCTGTCAGAACCGGGTTGATGTTTGCCGATTGAATAATCTACGTGGCCCGGTATCACtttt < 2:56793/100‑1 (MQ=255) tGATTGCTGCTTCTGCTCTTGGGGTAATTTCTCTTGCCTGTCAGAACCGGGTTGATGTTTGCCGATTGAATAATCTACGTGGCCCGGTATCACTTTTCtt < 2:1181843/100‑1 (MQ=255) gATTGCTGCTTCTGCTCTTGGGGTAATTTCTCTTGCCTGTCAGAACCGGGTTGATGTTTGCCGATTGAATAATCTACGTGGCCCGGTATCACTTTTCTTa > 2:1124209/1‑100 (MQ=255) ttGCTGCTTCTGCTCTTGGGGTAATTTCTCTTGCCTGTCAGAACCGGGTTGATGTTTGCCGATTGAATAATCTACGTGGCCCGGTATCACTTTTCTTAAt < 1:1278872/100‑1 (MQ=255) tgctgcTTCTGCTCTTGGGGTAATTTCTCTTGCCTGTCAGAACCGGGTTGATGTTTGCCGATTGAATAATCTACGTGGCCCGGTATCACTTTTCTTAATg < 1:630358/100‑1 (MQ=255) ttCTGCTCTTGGGGTAATTTCTCTTGCCTGTCAGAACCGGGTTGATGTTTGCCGATTGAATAATCTACGTGGCCCGGTATCACTTTTCTTAATGACTCTg < 1:122219/100‑1 (MQ=255) ntCTGCTCTTGGGGTAATTTCTCTTGCCTGTCAGAACCGGGTTGATGTTTGCCGATTGAATAATCTACGTGGCCCGGTATCACTTTTCTTAATGACTCTg > 2:326650/2‑100 (MQ=255) tCTGCTCTTGGGGTAATTTCTCTTGCCTGTCAGAACCGGGTTGATGTTTGCCGATTGAATAATCTACGTGGCCCGGTATCACTTTTCTTAATGACTCTgg < 2:826886/100‑1 (MQ=255) cTGCTCTTGGGGTAATTTCTCTTGCCTGTCAGAACCGGGTTGATGTTTGCCGATTGAATAATCTACGTGGCCCGGTATCACTTTTCTTAATGACTCTGGc > 2:410738/1‑100 (MQ=255) cTGCTCTTGGGGTAATTTCTCTTGCCTGTCAGAACCGGGTTGATGTTTGCCGATTGAATAATCTACGTGGCCCGGTATCACTTTTCTTAATGACTCTGGc < 1:1143985/100‑1 (MQ=255) cTGCTCTTGGGGTAATTTCTCTTGCCTGTCAGAACCGGGTTGATGTTTGCCGATTGAATAATCTACGTGGCCCGGTATCACTTTTCTTAATGACTCTGGc > 2:722963/1‑100 (MQ=255) ctctTGGGGTAATTTCTCTTGCCTGTCAGAACCGGGTTGATGTTTGCCGATTGAATAATCTACGTGGCCCGGTATCACTTTTCTTAATGACTCTGGCTGa > 1:826359/1‑100 (MQ=255) tctTGGGGTAATTTCTCTTGCCTGTCAGAACCGGGTTGATGTTTGCCGATTGAATAATCTACGTGGCCCGGTATCACTTTTCTTAATGACTCTGGCTGaa > 2:819888/1‑100 (MQ=255) ttGGGGTAATTTCTCTTGCCTGTCAGAACCGGGTTGATGTTTGCCGATTGAATAATCTACGTGGCCCGGTATCACTTTTCTTAATGACTCTGGCTGAATc < 2:617041/100‑1 (MQ=255) ggggTAATTTCTCTTGCCTGTCAGAACCGGGTTGATGTTTGCCGATTGAATAATCTACGTGGCCCGGTATCACTTTTCTTAATGACTCTGGCTGAATCAg < 2:484748/100‑1 (MQ=255) ggggTAATTTCTCTTGCCTGTCAGAACCGAGTTGATGTTTGCCGATTGAATAATCTACGTGGCCCGCTATCACTTTTCTTAATGACTCTGGCTGAATCAg < 2:786508/100‑1 (MQ=255) gggTAATTTCTCTTGCCTGTCAGAACCGGGTTGATGTTTGCCGATTGAATAATCTACGTGGCCCGGTATCACTTTTCTTAATGACTCTGGCTGAATCAgg < 1:530353/100‑1 (MQ=255) tAATTTCTCTTGCCTGTCAGAACCGGGTTGATGTTTGCCGATTGAATAATCTACGTGGCCCGGTATCACTTTTCTTAATGACTCTGGCTGAATCAGGTGa < 2:973596/100‑1 (MQ=255) ctctTGCCTGTCAGAACCGGGTTGATGTTTGCCGATTGAATAATCTACGTGGCCCGGTATCGCTTTTCTTAATGACTCTGGCTGAATCAGGTGAACGTaa > 2:710370/1‑100 (MQ=255) ctctTGCCTGTCAGAACCGGGTTGATGTTTGCCGATTGAATAATCTACGTGGCCCGGTATCACTTTTCTTAATGACTCTGGCTGAATCAGGTGAACGTaa > 1:207769/1‑100 (MQ=255) ctctTGCCTGTCAGAACCGGGTTGATGTTTGCCGATTGAATAATCTACGTGGCCCGGTATCACTTTTCTTAATGACTCTGGCTGAATCAGGTGAACGTaa > 1:914032/1‑100 (MQ=255) tGCCTGTCAGAACCGGGTTGATGTTTGCCGATTGAATAATCTACGTGGCCCGGTATCACTTTTCTTAATGACTCTGGCTGAATCAGGTGAACGTAAGAGt > 2:310296/1‑100 (MQ=255) cTGTCAGAACCGGGTTGATGTTTGCCGATTGAATAATCTACGTGGCCCGGTATCACTTTTCTTAATGACTCTGGCTGAATCAGGTGAACGTAAGAGTACg > 2:343886/1‑100 (MQ=255) cTGTCAGAACCGGATTGATGTTTGCCGATTGAATAATCTACGTGGCCCGGTATCACTTTTCTTAATGACTCTGGCTGAATCAGGTGAACGTAAGAGTACg > 1:828292/1‑100 (MQ=255) tGTCAGAACCGGGTTGATGTTTGCCGATTGAATAATCTACGTGGCCCGGTATCACTTTTCTTAATGACTCTGGCTGAATCAGGTGAACGTAAGAGTACgg > 1:88521/1‑100 (MQ=255) tGTCAGAACCGGGTTGATGTTTGCCGATTGAATAATCTACGTGGCCCGGTATCACTTTTCTTAATGACTCTGGCTGAATCAGGTGAACGTAAGAGTACgg < 2:992986/100‑1 (MQ=255) gTCCGAACCGGGTTGATGTTTGCCGATTGAATAATGTACGTTGACCGGTATCAGTTTTCTTAATGACTATGGCTGAATCAGGCGAACGTAAGAGTACg > 1:316477/1‑98 (MQ=255) gTCAGAACCGGGTTGATGTTTGCCGATTGAATAATCTACGTGGCCCGGTATCACTTTTCTTAATGACTCTGGCTGAATCAGGTGAACGTAAGAGTACGGt < 2:208377/100‑1 (MQ=255) gTCAGAACCGGGTTGATGTTTGCCGATTGAATAATCTACGTGGCCCGGTATCACTTTTCTTAATGACTCTGGCTGAATCAGGTGAACGTAAGAGTACGGt < 2:594749/100‑1 (MQ=255) gTCAGAACCGGGTTGATGTTTGCCGATTGAATAATCTACGTGGCCCGGTATCACTTTTCTTAATGACTCTGGCTGAATCAGGTGAACGTAAGAGTACGGt < 2:572618/100‑1 (MQ=255) gTCAGAACCGGGTTGATGTTTGCCGATTGAATAATCTACGTGGCCCGGTATCACTTTTCTTAATGACTCTGGCTGAATCAGGTGAACGTAAGAGTACGGt > 2:485365/1‑100 (MQ=255) gTCAGAACCGGGTTGATGTTTGCCGATTGAATAATCTACGTGGCCCGGTATCACTTTTCTTAATGACTCTGGCTGAATCAGGTGAACGTAAGAGTACGGt > 1:774122/1‑100 (MQ=255) tCAGAACCGGGTTGATGTTTGCCGATTGAATAATCTACGTGGCCCGGTATCACTTTTCTTAATGGCTCTGGCTGAATCAGGTGAACGTAAGAGTACGGtt < 2:1115578/100‑1 (MQ=255) tCAGAACCGGGTTGATGTTTGCCGATTGAATAATCTACGTGGCCCGGTATCACTTTTCTTAATGACTCTGGCTGAATCAGGTGAACGTAAGAGTACGGtt < 2:190740/100‑1 (MQ=255) cAGAACCGGGTTGATGTTTGCCGATTGAATAATCTACGTGGCCCGGTATCACTTTTCTTAATGACTCTGGCTGAATCAGGTGAACGTAAGAGTACGGtt < 2:1115552/99‑1 (MQ=255) cAGAACCGGGTTGATGTTTGCCGATTGAATAATCTACGTGGCCCGGTATCACTTTTCTTAATGACTCTGGCTGAATCAGGTGAACGTAAGAGTACGGTTg < 1:1067026/100‑1 (MQ=255) cAGAACCGGGTTGATGTTTGCCGATTGAATAATCTACGTGGCCCGGTATCACTTTTCTTAATGACTCTGGCTGAATCAGGTGAACGTAAGAGTACGGTTg > 1:524100/1‑100 (MQ=255) aGAACCGGGTTGATGTTTGCCGATTGAATAATCTACGTGGCCCGGTATCACTTTTCTTAATGACTCTGACTGAATTAGGTGAACGTTGGTGTATGGTTg > 2:1170539/1‑99 (MQ=255) aGAACCGGATTGATGTTTGCCGATTGAATAATCTACGTGGCCCGGTATCACTTTTCTTAATGACTCTGGCTGAATCAGGTGAACGTAAGAGTACGGTTGa < 1:512442/100‑1 (MQ=255) aaCCGGGTTGATGTTTGCCGATTGAATAATCTACGTGGCCCGGTATCACTTTTCTTAATGACTCTGGCTGAATCAGGTGAACGTAAGAGTACGGTTGATa < 2:136088/100‑1 (MQ=255) aCCGGGTTGATGTTTGCCGATTGAATAATCTACGTGGCCCGGTATCACTTTTCTTAATGACTCTGGCTGAATCAGGTGAACGTAAGAGTACGGTTGATaa < 1:484851/100‑1 (MQ=255) ccGGGTTGATGTTTGCCGATTGAATAATCTACGTGGCCCGGTATCACTTTTCTTAATAACTCTGGCTGAATCAGGTGAACGTAAGAGTACGGTAGATaaa > 1:403505/1‑100 (MQ=255) | GAATGCAATTTATGAAGTGGAACAGCATACGCAGGCCCCTCAAGGTTTGATTGCTGCTTCTGCTCTTGGGGTAATTTCTCTTGCCTGTCAGAACCGGATTGATGTTTGCCGATTGAATAATCTACGTGGCCCGGTATCACTTTTCTTAATGACTCTGGCTGAATCAGGTGAACGTAAGAGTACGGTTGATAAA > NC_000913/2759035‑2759227 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |