| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,992,747 | A→C | E218D (GAA→GAC) | ygeH → | putative transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,992,747 | 0 | A | C | 95.6% | 236.7 / 1.7 | 68 | E218D (GAA→GAC) | ygeH | putative transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/2); new base C (31/34); total (32/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.67e-01 | |||||||||||
ATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTGATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGAACTACATAATACATCACAATTTATTATAGATAATATCCTTCAAACGGTACATAAACCAGAACGATCTGTAAGATTAGCTAAGCAGGACCAAGGATAT > NC_000913/2992652‑2992843 | aTAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTGATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGACCTAc > 1:1122089/1‑100 (MQ=255) cttccgatcttaatGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTGATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGACCTACa < 2:253360/90‑1 (MQ=255) cttccgatcttaatGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTGATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGACCTACa < 2:252742/90‑1 (MQ=255) aCCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTGATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGACCTACataa > 2:930085/1‑100 (MQ=255) ccAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTGATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGAACTACataat < 1:997073/100‑1 (MQ=255) cAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTGATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGACCTACataata < 2:106820/100‑1 (MQ=255) aGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTGATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGACCTACATAATAc > 1:806432/1‑100 (MQ=255) ataatGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTGATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGACCTACATAATACATc < 1:1001281/100‑1 (MQ=255) taatGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTGATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGACCTACaagatcggaag > 1:252745/1‑90 (MQ=255) taatGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTGATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGACCTACaagatcggaag > 1:253363/1‑90 (MQ=255) aatGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTGATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGACCTACATAATACATcac < 1:73253/100‑1 (MQ=255) atGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTGATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGACCTACATAATACATcaca > 1:318260/1‑100 (MQ=255) cAGTGAACACTTTATACATTGAGTTGATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGACCTACATAATACATCACAAtt < 2:318257/100‑1 (MQ=255) gttaaCACTTTATACATTGAGTTGATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGACCTACATAATACATCACAAttt < 2:202607/96‑1 (MQ=255) gTGAACACTTTATACATTGAGTTGATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGACCTACATAATACATCACAATtta < 1:1196191/100‑1 (MQ=255) gAACGCTTTATACATTGAGTTGATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGACCTACATAATACATCACAATttatt < 1:615645/100‑1 (MQ=255) gAACACTTTATACATTGAGTTGATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGACCTACATAATACATCACAATttatt > 2:377642/1‑100 (MQ=255) aaCACTTTATACATTGAGTTGATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGACCTACATAATACATCACAATttatta < 2:244029/100‑1 (MQ=255) acTTTATACATTGAGTTGATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGACCTACATAATACATCACAATTTATTATAg < 2:144116/100‑1 (MQ=255) acTTTATACATTGAGTTGATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGACCTACATAATACATCACAATTTATTATAg < 2:145491/100‑1 (MQ=255) tttATACATTGAGTTGATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGACCTACATAATACATCACAATTTATTATAGat > 1:752367/1‑100 (MQ=255) ttATACATTGAGTTGATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGACCTACATAATACATCACAATTTATTATAGata > 1:167966/1‑100 (MQ=255) ataCATTGAGTTGATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGACCTACATAATACATCACAATTTATTATAGataat < 2:898256/100‑1 (MQ=255) taCATTGAGTTGATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGACCTACATAATACATCACAATTTATTATAGataata > 2:352477/1‑100 (MQ=255) aTTGAGTTGATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGACCTACATAATACATCACAATTTATTATAGATAATATcc < 1:1131351/100‑1 (MQ=255) aTTGAGTTGATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATATCCCTGTTGATGACCTACATAATACATCACAATTTATTATAGATAAGATc < 2:63681/99‑1 (MQ=255) ttGAGTTGATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGACCTACATAATACATCACAATTTATTATAGATAATATCCt < 1:970261/100‑1 (MQ=255) gAGTTGATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGAACTACATAATACATCACAATTTATTATAGATAATATCCTTc < 1:36444/100‑1 (MQ=255) aGTTGATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGACCTACATAATACATCACAATTTATTATAGATAATATCCTTCa > 2:448767/1‑100 (MQ=255) aGTTGATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGACCTACATAATACATCACAATTTATTATAGATAATATCCTTCa > 2:620208/1‑100 (MQ=255) gTTGATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGACCTACATAATACATCACAATTTATTATAGATAATATCCTTCaa > 1:1164247/1‑100 (MQ=255) tGATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGACCTACATAATACATCACAATTTATTATAGATAATATCCTTCAAAc < 2:212099/100‑1 (MQ=255) tGATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGACCTACATAATACATCACAATTTATTATAGATAATATCCTTCAAAc < 1:803285/100‑1 (MQ=255) gATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGACCTACATAATACATCACAATTTATTATAGATAATATCCTTCAAACg < 2:1208485/100‑1 (MQ=255) gATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGACCTACATAATACATCACAATTTATTATAGATAATATCCTTCAAACg < 2:751720/100‑1 (MQ=255) aTCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGACCTACATAATACATCACAATTTATTATAGATAATATCCTTCAAACgg > 1:272488/1‑100 (MQ=255) tCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGACCTACATAATACATCACAATTTATTATAGATAATATCCTTCAAACGGt < 2:1009487/100‑1 (MQ=255) tCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGACCTACATAATACATCACAATTTATTATAGATAATATCCTTCAAACGGt > 2:1066782/1‑100 (MQ=255) cGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGACCTACATAATACATCACAATTTATTATAGATAATATCCTTCAAACGGTa > 1:1009496/1‑100 (MQ=255) gACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGACCTACATAATACATCACAATTTATTATAGATAATATCCTTCAAACGGTAc < 1:366244/100‑1 (MQ=255) aCGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGACCTACATAATACATCACAATTTATTATAGATAATATCCTTCAAACGGTACa < 2:245748/100‑1 (MQ=255) cTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGACCTACATAATACATCACAATTTATTATAGATAATATCCTTCAAACGGTACAtta > 1:1171033/1‑98 (MQ=255) tAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGACCTACATAATACATCACAATTTATTATAGATAATATCCTTCAAACGGTACATaaa < 1:353597/100‑1 (MQ=255) tAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGACCTACATAATACATCACAATTTATTATAGATAATATCCTTCAAACGGTACATaaa > 1:201150/1‑100 (MQ=255) aaaaCCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGACCTACATAATACATCACAATTTATTATAGATAATATCCTTCAAACGGTACATAAAcc < 2:1262796/100‑1 (MQ=255) aaCCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGACCTACATAATACATCACAATTTATTATAGATAATATCCTTCAAACGGTACATAAACCAg > 1:1232396/1‑100 (MQ=255) cTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGACCTACATAATACATCACAATTTATTATAGATAATATCCTTCAAACGGTACATAAACCAGAAc > 1:435116/1‑100 (MQ=255) ttttCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGACCTACATAATACATCACAATTTATTATAGATAATATCCTTCAAACGGTACATAAACCAGAACg < 2:1232385/100‑1 (MQ=255) cTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGACCTACATAATACATCACAATTTATTATAGATAATATCCTTCAAACGGTACATAAACCAGAACGATCTg > 1:1967/1‑100 (MQ=255) tCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGACCTACGTAATACATCACAATTTATTATAGATAATATCCTTCAAACGGTACATAAACCAGAACGATCTGt < 1:915509/100‑1 (MQ=255) aTCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGACCTACATAATACATCACAATTTATTATAGATAATATCCTTCAAACGGTACATAAACCAGAACGATCTGTaa < 1:947377/100‑1 (MQ=255) aTCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGACCTACATAATACATCACAATTTATTATAGATAATATCCTTCAAACGGTACATAAACCAGAACGATCTGTaa > 1:377607/1‑100 (MQ=255) aTCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGACCTACATAATACATCACAATTTATTATAGATAATATCCTTCAAACGGTACATAAACCAGAACGATCTGTaa < 1:424115/100‑1 (MQ=255) catcTCCCTGTTGATGACCTACATAATACATCACAATTTATTATAGATAATATCCTTCAAACGGTACATAAACCAGAACGATCTGTAAGATTAGCTAAGc < 2:706461/100‑1 (MQ=255) atcTCCCTGTTGATGACCTACATAATACATCACAATTTATTATAGATAATATCCTTCAAACGGTACATAAACCAGAACGATCTGTAAGATTAGCTAAGCa < 1:378219/100‑1 (MQ=255) atcTCCCTGTTGATGAACTACATAATACATCACAATTTATTATAGATAATATCCTTCAAACGGTACATAAACCAGAACGATCTGTAAGATTAGCTAAGCa > 1:4892/1‑100 (MQ=255) ctcCCTGTTGATGACCTACATAATACATCACAATTTATTATAGATAATATCCTTCAAACGGTACATAAACCAGAACGATCTGTAAGATTAGCTAAGCAgg > 2:1137181/1‑100 (MQ=255) ctcCCTGTTGATGACCTACATAATACATCACAATTTATTATAGATAATATCCTTCAAACGGTACATAAACCAGAACGATCTGTAAGATTAGCTAAGCAgg > 1:281472/1‑100 (MQ=255) ctcCCTGTTGATGACCTACATAATACATCACAATTTATTATAGATAATATCCTTCAAACGGTACATAAACCAGAACGATCTGTAAGATTAGCTAAGCAgg > 1:666167/1‑100 (MQ=255) cccTGTTGATGACCTACATAATACATCACAATTTATTATAGATAATATCCTTCAAACGGTACATAAACCAGAACGATCTGTAAGATTAGCTAAGCAGGAc < 1:448771/100‑1 (MQ=255) cccTGTTGATGACCTACATAATACATCACAATTTATTATAGATAATATCCTTCAAACGGTACATAAACCAGAACGATCTGTAAGATTAGCTAAGCAGGAc < 1:620212/100‑1 (MQ=255) cccTGTTGATGACCTACATAATACATCACAATTTATTATAGATAATATCCTTCAAACGGTACATAAACCAGAACGATCTGTAAGATTAGCTAAGCAGGAc > 2:177515/1‑100 (MQ=255) cccTGTTGATGACCTACATAATACATCACAATTTATTATAGATAATATCCTTCAAACGGTACATAAACCAGAACGATCTGTAAGATTAGCTAAGCAGGAc > 2:73443/1‑100 (MQ=255) ttGATGACCTACATAATACATCACAATTTATTATAGATAATATCCTTCAAACGGTACATAAACCAGAACGATCTGTAAGATTAGCTAAGCAGGACCAAgg < 1:1215128/100‑1 (MQ=255) tgatgaCCTACATAATACATCACCATTTATTATAGATAATATCCTTCAAACGGTACATAAACCAGAACGATCTCTAAGTTTAACTAAGCAGGCCCAAGGa > 2:1050447/1‑100 (MQ=255) tgatgaCCTACATAATACATCACAATTTATTATAGATAATATCCTTCAAACGGTACATAAACCAGAACGATCTGTAAGATTAGCTAAGCAGGACCAAGGa > 1:289541/1‑100 (MQ=255) tgaCCTACATAATACATCACAATTTATTATAGATAATATCCTTCAAACGGTACATAAACCAGAACGATCTGTAAGATTAGCTAAGCAGGACCAAGGatat > 1:96341/1‑100 (MQ=255) tgaCCTACATAATACATCACAATTTATTATAGATAATATCCTTCAAACGGTACATAAACCAGAACGATCTGTAAGATTAGCTAAGCAGGACCAAGGatat > 1:178026/1‑100 (MQ=255) | ATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTGATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGAACTACATAATACATCACAATTTATTATAGATAATATCCTTCAAACGGTACATAAACCAGAACGATCTGTAAGATTAGCTAAGCAGGACCAAGGATAT > NC_000913/2992652‑2992843 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |