| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,945,528 | T→C | noncoding (1825/2904 nt) | rrlC → | 23S ribosomal RNA of rrnC operon |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,945,528 | 0 | T | C | 93.5% | 89.4 / 1.1 | 46 | noncoding (1825/2904 nt) | rrlC | 23S ribosomal RNA of rrnC operon |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/2); new base C (28/15); total (29/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.45e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.93e-01 | |||||||||||
GGCTGCAACTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACG > NC_000913/3945469‑3945624 | ggctgCAACTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGTTGACGGAAGGTTAATTGATGGGGTc > 2:806642/1‑100 (MQ=2)ggctgCAACTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTc < 2:447413/100‑1 (MQ=11) gctgCAACTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCa > 2:1118284/1‑100 (MQ=14) gCAACTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAgcg > 2:990679/1‑100 (MQ=18) aaCTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCa > 1:1014107/1‑100 (MQ=18) gTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCg > 1:166263/1‑100 (MQ=33) ttattaAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCACGCGaa > 1:53361/1‑100 (MQ=255) tattaAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAg > 2:1097808/1‑100 (MQ=17) attaAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGc > 2:1110612/1‑100 (MQ=18) attaAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGc > 2:389226/1‑100 (MQ=18) attaAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGc > 1:180903/1‑100 (MQ=17) attaAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGGCAGCGCAAGCGAAGc > 2:753038/1‑100 (MQ=12) attaAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACCCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCgcgagcga > 2:62529/1‑97 (MQ=255) actaAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGc < 1:673808/98‑1 (MQ=16) taAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGctc > 2:1267621/1‑100 (MQ=17) taAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGctc > 2:884966/1‑100 (MQ=17) aaaaaCACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGctct < 2:532371/100‑1 (MQ=18) aaaaaCACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGctct > 2:1080012/1‑100 (MQ=17) aaaaCACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCtt > 1:610083/1‑100 (MQ=18) cacaGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATc < 2:166261/100‑1 (MQ=32) cacaGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCGGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATc < 2:772981/100‑1 (MQ=255) cacaGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATc < 1:135920/100‑1 (MQ=18) gCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGCTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAg > 2:1007696/1‑100 (MQ=12) gtgCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCg < 1:514677/100‑1 (MQ=18) tgCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCgg < 2:821099/100‑1 (MQ=18) gCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCgg > 2:1040457/1‑99 (MQ=17) gCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGt > 2:1242221/1‑100 (MQ=17) cAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGTGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTa < 2:800519/100‑1 (MQ=255) cAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTa > 1:338725/1‑100 (MQ=17) aaaCACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTa < 2:1086118/99‑1 (MQ=17) aaaCACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTa > 2:966454/1‑99 (MQ=17) acacGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAAc < 1:182172/100‑1 (MQ=18) cacGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAAcg > 1:212368/1‑100 (MQ=18) cGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAAcggc > 1:1204400/1‑100 (MQ=18) aaGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACggcggc < 2:1103258/100‑1 (MQ=17) aGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGcc > 2:1290699/1‑100 (MQ=18) tGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGt < 2:285513/100‑1 (MQ=18) ggACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTa < 2:796203/100‑1 (MQ=18) aCGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAAc < 1:310529/100‑1 (MQ=18) cGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACt > 1:39864/1‑100 (MQ=18) tataCGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACtat > 2:1005586/1‑100 (MQ=18) ataCGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACAGCGGCCGTAACtata > 1:1282909/1‑100 (MQ=255) taCGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATaa < 1:600797/100‑1 (MQ=18) aCGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAAc < 1:607987/100‑1 (MQ=33) aCGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAAc > 1:658400/1‑100 (MQ=18) cGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACg > 1:1271352/1‑100 (MQ=18) | GGCTGCAACTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACG > NC_000913/3945469‑3945624 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |