| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,434,402 | T→C | intergenic (‑178/+556) | ynaE ← / ← ttcC | cold shock protein, Rac prophage/pseudogene, prophage Rac integration site ttcA duplication;Phage or Prophage Related |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,434,402 | 0 | T | C | 88.9% | 129.3 / 8.3 | 54 | intergenic (‑178/+556) | ynaE/ttcC | cold shock protein, Rac prophage/pseudogene, prophage Rac integration site ttcA duplication;Phage or Prophage Related |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (3/3); new base C (18/30); total (21/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.67e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.29e-01 | |||||||||||
GTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCCTGGGTGTTCTTAAAGTTCG > NC_000913/1434303‑1434478 | gTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGt > 1:72886/1‑100 (MQ=40) ttGTCTGGGTTATTGGATATGCCTATCCCTAATTTTATTAGAGAATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGCTCa < 1:73419/100‑1 (MQ=255) tGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGCTCat > 2:1267125/1‑100 (MQ=255) gTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGCTCata < 1:573000/100‑1 (MQ=255) tCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGCTCatat < 1:134281/100‑1 (MQ=255) tGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGCTCATATAg > 1:811131/1‑100 (MQ=255) tATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGCTCATATAGCCTCg < 1:398706/100‑1 (MQ=255) aTTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGa < 2:72885/100‑1 (MQ=255) ggATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAAtt > 2:431080/1‑100 (MQ=40) ggATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGCTCATATAGCCTCGaa > 2:905926/1‑98 (MQ=255) ggATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGCTCATATAGCCTCGAAtt < 2:1253485/100‑1 (MQ=255) ggATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGCTCATATAGCCTCGAAtt > 2:905957/1‑100 (MQ=255) gATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGCTCATATAGCCTCGAAt < 1:58852/98‑1 (MQ=255) atatGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAg < 2:879412/100‑1 (MQ=255) gCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGCTCATATAGCCTCGAATTAGTAAt > 1:363629/1‑100 (MQ=255) gCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGCTCATATAGCCTCGAATTAGTAAt > 2:1046927/1‑100 (MQ=255) gCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGCTCATATAGCCTCGAATTAGTAAt < 1:636081/100‑1 (MQ=255) aaTCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGCTCATATAGCCTCGAATTAGTAAtgtg < 1:1139876/100‑1 (MQ=255) cccTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTta < 1:233486/100‑1 (MQ=255) ccTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGCTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTtat < 2:115225/100‑1 (MQ=255) ccTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGCTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTtat > 2:769343/1‑100 (MQ=255) ccTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGCTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTta < 1:641452/99‑1 (MQ=255) cTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGCTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTtata < 1:819192/100‑1 (MQ=255) tAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGCTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTtatat > 2:180458/1‑100 (MQ=255) aaTTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGCTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTtatata < 1:1069032/100‑1 (MQ=255) aTTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGCTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTatatat < 1:56758/100‑1 (MQ=255) ttttATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGCTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATg > 2:1125156/1‑100 (MQ=255) ttattaGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGCTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGat < 1:125856/100‑1 (MQ=255) attaGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGCTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGatat < 1:656807/100‑1 (MQ=255) attaGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGCTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGatat > 1:157619/1‑100 (MQ=255) ttaGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGCTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGAtata < 1:699190/100‑1 (MQ=255) ttaGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGCTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGAtata < 1:508662/100‑1 (MQ=255) gagCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGCTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGtt > 2:67385/1‑100 (MQ=255) gagCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGCTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGtt < 2:139069/100‑1 (MQ=255) gCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGCTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGa < 2:1040471/100‑1 (MQ=255) aTGACTAAAACTGCTAAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCTGTATGCTGCTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTg < 2:1137404/97‑1 (MQ=11) tGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACaa > 1:823621/1‑100 (MQ=38) ggcTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGCTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAAt > 1:882363/3‑100 (MQ=255) tAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGCTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAAtttt > 2:1067629/1‑100 (MQ=255) aaaaaTGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGCTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAAttttt < 2:1028388/100‑1 (MQ=255) aaaaTGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGCTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAAtttttn < 2:615542/100‑2 (MQ=255) aaaaTGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGCTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTa < 1:1046937/100‑1 (MQ=255) aaaaTGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGCTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTa < 1:30947/100‑1 (MQ=255) aaTGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGCTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATc < 1:312745/100‑1 (MQ=255) aaTGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGCTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATc < 1:371456/100‑1 (MQ=255) cTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGCTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAAttttttttttt > 2:635330/1‑93 (MQ=255) tGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGCTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTggg > 1:453800/1‑100 (MQ=16) ttaTAAGGATCTAATTGATTATCAGTATGCTGCTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCt < 1:97597/98‑1 (MQ=11) tGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGCTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCt < 1:1202693/100‑1 (MQ=255) ngATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGCTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCt > 2:142568/2‑100 (MQ=255) gATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGCTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCtt < 1:15001/100‑1 (MQ=12) aGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATCTGATATAGTTGACAATTTTTATCCTGGGTGTTCTTAAAg > 2:825140/1‑100 (MQ=255) aGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGCTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCTTAAAg > 1:347555/1‑100 (MQ=9) gCGAAGTGATTATCAGTATGCTGCTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCTTAAAGTTCg > 2:389261/1‑100 (MQ=2) gCGAAGTGATTATCAGTATGCTGCTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCTTAAAGTTCg < 2:811126/100‑1 (MQ=2) | GTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCCTGGGTGTTCTTAAAGTTCG > NC_000913/1434303‑1434478 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |