| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 3217434 = | NA (NA) | 7 (0.050) | 5/164 | NT | NA | noncoding (1/89 nt) | REP229 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences | REP229 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences |
| ? | NC_000913 | 3217467 = | NA (NA) | noncoding (34/89 nt) | REP229 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences | REP229 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences | |||||
Only 100 of 270 total aligned reads displayed.
ATGCACAAATAAAAAAGATCATTGCGGTGATCGACCGCGCCGCTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCA > NC_000913/3217335‑3217533 | aTGCACAAATAAAAAAGATCATTGCGGTGATCGACCGCGCCGCTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTG < 2:1687557‑M1/100‑1 (MQ=255) tGCACAAATAAAAAAGATCATTGCGGTGATCGACCGCGCCGCTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGC < 1:757475‑M1/100‑1 (MQ=255) tGCACAAATAAAAAAGATCATTGCGGTGATCGACCGCGCCGCTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGC > 1:917198‑M1/1‑100 (MQ=255) tGCACAAATAAAAAAGATCATTGCGGTGATCGACCGCGCCGCTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGC < 2:263508‑M1/100‑1 (MQ=255) gCACAAATAAAAAAGATCATTGCGGTGATCGACCGCGCCGCTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCC < 2:2898207‑M1/100‑1 (MQ=255) gCACAAATAAAAAAGATCATTGCGGTGATCGACCGCGCCGCTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCC > 1:1606784‑M1/1‑100 (MQ=255) gcattaatcggtatgccggatccggcggttggagcacaatgcctgatgcgatgctggcgcatcttatcaggcctgcggggtgtgtagcgggtgtagGCCg < 2:890006‑M1/4‑1 (MQ=255) cacaAATAAAAAAGATCATTGCGGTGATCGACCGCGCCGCTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCG < 2:1359299‑M1/100‑1 (MQ=255) cacaAATAAAAAAGATCATTGCGGTGATCGACCGCGCCGCTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCG < 1:1764643‑M1/100‑1 (MQ=255) cacaAATAAAAAAGATCATTGCGGTGATCGACCGCGCCGCTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCG > 1:1886793‑M1/1‑100 (MQ=255) cacaAATAAAAAAGATCATTGCGGTGATCGACCGCGCCGCTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCG > 1:3157060‑M1/1‑100 (MQ=255) cacaAATAAAAAAGATCATTGCGGTGATCGACCGCGCCGCTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCG < 2:2593397‑M1/100‑1 (MQ=255) cattaatcggtatgccggatccggcggttggagcacaatgcctgatgcgatgctggcgcatcttatcaggcctgcggggtgtgtagcgggtgtagGCCgg < 1:3095113‑M1/5‑1 (MQ=255) cattaatcggtatgccggatccggcggttggagcacaatgcctgatgcgatgctggcgcatcttatcaggcctgcggggtgtgtagcgggtgtagGCCgg > 2:3143599‑M1/96‑100 (MQ=255) caaacaaaAAAGATCATGGCGGTGAGCGACCGCGCCTCGTGTTATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGA < 2:3171200‑M1/100‑1 (MQ=255) caAATAAAAAAGATCATTGCGGTGATCGACCGCGCCGCTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGA < 2:421735‑M1/100‑1 (MQ=255) attaatcggtatgccggatccggcggttggagcacaatgcctgatgcgatgctggcgcatcttatcaggcctgcggggtgtgtagcgggtgtagGCCgg < 2:1424046‑M1/5‑1 (MQ=255) attaatcggtatgccggatccggcggttggagcacaatgcctgatgcgatgctggcgcatcttatcaggcctgcggggtgtgtagcgggtgtagGCCGGa < 1:1038723‑M1/6‑1 (MQ=255) ttaatcggtatgctggatccggcggttggagcacaatgcctgatgcgatgctggcgcatcttatcaggcctgcggggtgtgtagcgggtgtagGCCGGAt > 2:2207716‑M1/94‑100 (MQ=255) aaTAAAAAAGATCATTGCGGTGATCGACCGCGCCGCTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATg > 1:238332/1‑100 (MQ=255) aaTAAAAAAGATCATTGCGGTCATCGACCGCGCCGCGTTTGATATTACGCAACTGGATTAAGCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATt < 1:792135‑M1/100‑2 (MQ=255) aTAAAAAAGATCATTGCGGTGATCGACCGCGCCGCTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGc < 2:2932714/100‑1 (MQ=255) aTAAAAAAGATCATTGCGGTGATCGACCGCGCCGCTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGc < 2:1005744/100‑1 (MQ=255) aTAAAAAAGATCATTGCGGTGATCGACCGCGCCGCTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGc < 2:649825/100‑1 (MQ=255) tAAAAAAGATCCTTGCGGTGATCGACCGCGCCGCTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCg < 1:2250149/100‑1 (MQ=255) tAAAAAAGATCATTGCGGTGATCGACCGCGCCGCTTTTGATATTACGCAACTGGGTTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCg < 2:1508922/100‑1 (MQ=255) aaaaaaGATCATTGCGGTGATCGACCGCGCCGCTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCg > 1:3017379/1‑99 (MQ=255) aaaaaGATCATTGCGGTGATCGACCGCGCCGCTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGAc > 1:110945/1‑100 (MQ=255) aaaaaGATCATTGCGGTGATCGACCGCGCCGCTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGAc > 1:569090/1‑100 (MQ=255) aaaaaGATCATTGCGGTGATCGACCGCGCCGCTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGAc > 1:1966250/1‑100 (MQ=255) aaaaaGATCATTGCGGTGATCGACCGCGCCGCTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGAc > 2:1879942/1‑100 (MQ=255) aaaaaGATCATTGCGGTGATCGACCGCGCCGCTTTTGATATTACGCAACTGGACTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGCGCAATTGCCGGATGCGAc > 1:1059466/1‑100 (MQ=255) aaaaGATCATTGCGGTGATCGACCGCGCCGCTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACg > 2:3365122/1‑100 (MQ=255) aaaGAGCATTGCGGTGATCGACCGCGCCGCTTTTGATATTACGCAACTGGAGTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGTGGTGCAATTGCCGGATGCGACGc < 1:2049649/100‑1 (MQ=255) tCATTGCGGTGATCGACCGCGCCGCTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGAc < 1:3268438/100‑1 (MQ=255) aTTGCGGTGATCGACCGCGCCGCTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGCATGCGACGCTTGAcgc > 1:284970/1‑100 (MQ=255) ttGCGGTGATCGACCGCGCCGCTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGAcgcg < 2:2729754/100‑1 (MQ=255) tGCGGTGATCGACCGCGCCGCTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACgcgc > 2:742799/1‑100 (MQ=255) gCGGTGATCGACCGCGCCGCTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGcc < 2:701458/100‑1 (MQ=255) tGATCGACCGCGCCGCTTTTGATCTTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGCACAATTTGCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTat < 2:907693‑M2/100‑3 (MQ=255) aTCGACCGCGCCGCTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTatcc > 2:2386654‑M2/1‑96 (MQ=255) ttggagcacaatgcctgatgcgatgctggcgcatcttatcaggcctgcggggtgtgtagcgggtgtagGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCgg > 2:3330490‑M1/69‑100 (MQ=255) gACCGCGCCGCTTTTGATA‑TACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATaaggcgcgtcaagcgtcgcatccggca < 1:1050381‑M1/100‑28 (MQ=255) aCCGCGCCGCTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGcc < 1:900740/100‑1 (MQ=255) aCCGCGCCGCTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGcc < 2:1863890/100‑1 (MQ=255) aCCGCGCCGCTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGcc < 2:1389039/100‑1 (MQ=255) cgcgCCGCTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCCGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGCTGCGACGCTTGACGCGCCTTatccggtcta < 2:1774204‑M2/100‑11 (MQ=255) gcgcCGCTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATaaggcgcgtcaagcgtcgcatccggcaatt < 1:2997959‑M1/100‑31 (MQ=255) gcgcCGCTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTac < 2:2424206/100‑1 (MQ=255) cgccgcTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTaca > 2:1105134/1‑100 (MQ=255) gccgcTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCAGGATaaggcgcgtcaagcgtcgcatccggcaattgc < 2:2669454‑M1/100‑33 (MQ=255) gcTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCg > 1:734622/1‑100 (MQ=255) gcTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCg < 2:3688851/100‑1 (MQ=255) gcTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCg > 2:1216857/1‑100 (MQ=255) gcTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCg > 1:3708463/1‑100 (MQ=255) ttttGATATTACGCAACTGGATTACTCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGGCGGATGCGACGCTTGACGCCCCTTATCCGGCCTACACCCGCt < 1:871038/100‑1 (MQ=25) tttGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTa > 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ATGCACAAATAAAAAAGATCATTGCGGTGATCGACCGCGCCGCTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCA > NC_000913/3217335‑3217533 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |