| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,201,967 | A→C | 15.4% | L40V (TTA→GTA) | ymfJ ← | e14 prophage; uncharacterized protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,201,967 | 0 | A | C | 15.4% | 409.5 / 63.6 | 156 | L40V (TTA→GTA) | ymfJ | e14 prophage; uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (60/72); new base C (12/12); total (72/84) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.24e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.79e-01 | |||||||||||
Only 100 of 165 total aligned reads displayed.
GGCTCACCTTCTCTCCATTGCATGGCAGAGGGGTGAGTGTGTTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCGGGCCTCAGTGCCTGCATTTGGCTCTATCTGCTGCAAACGTTTAGCGTCTTCCAGCAACAATGCGATCACATGCTT > NC_000913/1201868‑1202066 | ggCTCACCTTCTCTCCATTGCATGGCAGAGGGGTGAGTGTGTTAGCCATGAAATTCATGAGCTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTaa < 1:268773/100‑1 (MQ=255)ggCTCACCTTCTCTCCATTGCATGGCAGAGGGGTGAGTGTGTTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTaa < 1:1142346/100‑1 (MQ=255) gCTCACCTTCTCTCCATTGCATGGCAGAGGGGTGAGTGTGTTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAAt < 1:1295232/100‑1 (MQ=255) cTCACCTTCTCTCCATTGCATGGCAGAGGGGTGAGTGTGTTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTACTg < 2:1073819/100‑1 (MQ=255) cTCACCTTCTCTCCATTGCATGGCAGAGGGGTGAGTGTGTTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATg > 2:2339409/1‑100 (MQ=255) ccTTCTCTCCATTGCATGGCAGAGGGGTGAGTGTGTTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTg > 2:3722519/1‑100 (MQ=255) cTTCTCTCCATTGCATGGCAGAGGGGTGAGTGTGTTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGt > 2:2881060/1‑100 (MQ=255) tctctcCATTGCATGGCAGAGGGGTGAGTGTGTTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTACTGCCTGttt < 2:3315802/100‑1 (MQ=255) tctctcCATTGCATGGCAGAGGGGTGAGTGTGTTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGttt > 2:602855/1‑100 (MQ=255) ctctcCATTGCATGGCAGAGGGGTGAGTGTGTTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTACTGCCTGtttt < 1:1113514/100‑1 (MQ=255) ctcCATTGCATGGCAGAGGGGTGAGTGTGTTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTACTGCCTGTTTTGc < 2:1706823/100‑1 (MQ=255) ctcCATTGCATGGCAGAGGGGTGAGTGTGTTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGTTTTGc > 2:3500296/1‑100 (MQ=255) tcCATTGCATGGCAGAGGGGTGAGTGTGTTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGTGCTTGCGCCCCGCTAGTCTTTAATGCCTGTTTTGc < 1:1359976/99‑1 (MQ=255) tcCATTGCATGGCAGAGGGGTGAGTGTGTTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAATTCTTTACTGCCTGTTTTGCt < 1:2313154/100‑1 (MQ=255) tcCATTGCATGGCAGAGGGGTGAGTGTGTTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGTTTTGcn < 1:280486/100‑2 (MQ=255) ccATTGCATGGCAGAGGGGTGAGTGTGTTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGTTTTGCTa < 2:885686/100‑1 (MQ=255) ccATTGCATGGCAGAGGGGTGAGTGTGTTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGTTTTGCTa > 2:1327046/1‑100 (MQ=255) aTTGCATGGCAGAGGGGTGAGTGTGTTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGTTTTGCTAAc < 1:3408213/100‑1 (MQ=255) ttgcattgcaGAGGGGTGAGTGTGTTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCTCGTAAGTCTTTACTGCCTGTTTTGCTa < 1:574445/97‑1 (MQ=255) tacATGGTAGATGGGTGAGTGTGTTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGATTGCTCAACGCAAGTCTTTAATGCCTGTTTTGCTAACaa > 1:1987092/3‑100 (MQ=255) aTGGCAGAGGGGTGAGTGTGTTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGTTTTGCTAACAAAAt > 2:733480/1‑100 (MQ=255) gCAGAGGGGTGAGTGTGTTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCg > 2:413000/1‑100 (MQ=255) cAGAGGGGTGAGTGTGTTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCgg < 1:2233518/100‑1 (MQ=255) agagGGGTGAGTGTGTTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCggg < 2:3336278/100‑1 (MQ=255) agagGGGTGAGTGTGTTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCggg < 2:3629975/100‑1 (MQ=255) agGGGTGAGTGTGTTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCGGGcc < 2:3705225/100‑1 (MQ=255) ggggTGAGTGTGTTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTACTGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCGGGCCt > 2:2739256/1‑100 (MQ=255) ggTGAGTGTGTTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCGGGCCTCa > 1:2703857/1‑100 (MQ=255) gTGAGTGTGTTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCGGGCCTCAg > 1:1490489/1‑100 (MQ=255) gTGAGTGTGTTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCGGGCCTCAg > 1:3575942/1‑100 (MQ=255) gAGTGTGTTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCGGGCCTCAGTg > 2:1377623/1‑100 (MQ=255) gAGTGTGTTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCGGGCCTCAGTg < 1:3688837/100‑1 (MQ=255) gtgtgtTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCGGGCCTCAGTGcc < 1:537042/100‑1 (MQ=255) tgtgtTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCGGGCCTCAGTGCCt > 1:746626/1‑100 (MQ=255) gtgtTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCGGGCCTCAGTGCCTg < 2:1202889/100‑1 (MQ=255) gtgtTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCGGGCCTCAGTGCCTg < 1:380790/100‑1 (MQ=255) gtgtTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCGGGCCTCAGTGCCTg > 1:3532119/1‑100 (MQ=255) gtTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTACTGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCGGGCCTCAGTGCCTGCa < 2:1570020/100‑1 (MQ=255) gtTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCGGGCCTCAGTGCCTGCa > 2:2706697/1‑100 (MQ=255) aGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCGGGCCTCAGTGCCTGCAttt < 1:1427921/100‑1 (MQ=255) aGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCGGGCCTCAGTGCCTGCAttt > 1:2226377/1‑100 (MQ=255) gCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCGGGCCTCAGTGCCTGCATTTg > 1:45293/1‑100 (MQ=255) gCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCGGGCCTCAGTGCCTGCATTTg < 2:2379348/100‑1 (MQ=255) ccATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTACTGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCGGGCCTCAGTGCCTGCATTTgg > 1:1903803/1‑100 (MQ=255) cATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTACTGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCGGGCCTCACTGCCTGCATTTgg > 1:730055/1‑99 (MQ=255) cATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCGGGCCTCAGTGCCTGCATTTGGc < 1:167704/100‑1 (MQ=255) cATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCGGGCCTCAGTGCCTGCATTTGGc > 2:1022502/1‑100 (MQ=255) cATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCGGGCCTCAGTGCCTGCATTTGGc < 1:815709/100‑1 (MQ=255) aTGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCGGGCCTCAGTGCCTGCATTTGGct > 1:325135/1‑100 (MQ=255) aTGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCGGGCCTCAGTGCCTGCATTTGGct > 2:1803297/1‑100 (MQ=255) aaaTTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCGGGCCTCAGTGCCTGCATTTGGCTCTa > 1:3761431/1‑100 (MQ=255) aTTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCGGGCCTCAGTGCCTGCATTTGGCTCTATc < 2:3735424/100‑1 (MQ=255) ttCATGAACTCCATTCGACTAGGGTCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCGGGACTCAGTGTCTGCATTTGCCTCTATc < 1:3197095/99‑1 (MQ=255) aTGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCGGGCCTCAGTGCCTGCATTTGGCTCTATctgct > 2:3720752/1‑100 (MQ=255) aTGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCGGGCCTCAGTGCCTGCATTTGGCTCTATctgct < 1:2981478/100‑1 (MQ=255) aTGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCGGGCCTCAGTGCCTGCATTTGGCTCTATctgct < 2:3493747/100‑1 (MQ=255) tGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCGGGCCTCAGTGCCTGCATTTGGCTCTATctgctg > 1:1429614/1‑100 (MQ=255) tGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCGGGCCTCAGTGCCTGCATTTGGCTCTATctgctg > 2:2170787/1‑100 (MQ=255) tGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCGGGCCTCAGTGCCTGCATTTGGCTCTATctgctg > 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gTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTACTGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCGGGCCTCAGTGCCTGCATTTGGCTCTATCTGCTGCAAACGtt > 2:2072907/1‑100 (MQ=255) gTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCGTTAATGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCGGGCCTCAGTGCCTGCATTTGGCTCTATCTGCTGCAAACGtt > 1:2505267/1‑100 (MQ=255) ttCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCGGGCCTCAGTGCCTGCATTTGGCTCTATCTGCTGCAAACGttt < 2:918199/100‑1 (MQ=255) tCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCGGGCCTCAGTGCCTGCATTTGGCTCTATCTGCTGCAAACGTTTa < 2:3162932/100‑1 (MQ=255) cGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTACTGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCGGGCCTCAGTGCCTGCATTTGGCTCTATCTGCTGCAAACGTTTAg > 1:1626511/1‑100 (MQ=255) cGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCGGGCCTCAGTGCCTGCATTTGGCTCTATCTGCTGCAAACGTTTAg < 2:3411767/100‑1 (MQ=255) cGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCGGGCCTCAGTGCCTGCATTTGGCTCTATCTGCTGCAAACGTTTAg > 1:2055296/1‑100 (MQ=255) gACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTACTGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCGGGCCTCAGTGCCTGCATTTGGCTCTATCTGCTGCAAACGTTTAGc > 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ttAATGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCGGGCCTCAGTGCCTGCATTTGGCTCTATCTGCTGCAAACGTTTAGCGTCTTCCAGCAACAATGCGATCACATg > 2:3708753/1‑100 (MQ=255) ttAATGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCGGGCCTCAGTGCCTGCATTTGGCTCTATCTGCTGCAAACGTTTAGCGTCTTCCAGCAACAATGCGATCACATg > 2:701576/1‑100 (MQ=255) tAATGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCGGGCCTCAGTGCCTGCATTTGGCTCTATCTGCTGCAAACGTTTAGCGTCTTCCAGCAACAATGCGATCACATGc > 2:2899646/1‑100 (MQ=255) aTGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCGGGCCTCAGTGCCTGCATTTGACTCTATCTGCTGCAAACGTTTAGCGTCTTCCAGCAACAATGCGATCACATGCtt > 2:425525/1‑100 (MQ=255) | GGCTCACCTTCTCTCCATTGCATGGCAGAGGGGTGAGTGTGTTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCGGGCCTCAGTGCCTGCATTTGGCTCTATCTGCTGCAAACGTTTAGCGTCTTCCAGCAACAATGCGATCACATGCTT > NC_000913/1201868‑1202066 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |