| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,489,197 | C→T | 100% | D322D (GAC→GAT) | aldA → | aldehyde dehydrogenase A, NAD‑linked |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,489,197 | 0 | C | T | 98.7% | 372.2 / ‑5.7 | 122 | D322D (GAC→GAT) | aldA | aldehyde dehydrogenase A, NAD‑linked |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (76/42); minor base G (2/2); total (78/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.19e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 123 total aligned reads displayed.
TGTTTATGTACAGAAAGGCATTTATGATCAGTTCGTCAATCGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGACATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGAAAGGGTCGAGCAAAAAGTGGCGCGCGCAGTAGAAGAAGGGGCGAGAGTGGCGTTCGGT > NC_000913/1489101‑1489293 | ttATGTACAGAAAGGCATTTATGATCTGTTCGTCAATCGGAAGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAAACCCGCTGAACGCAACGATATTGCg > 1:1861611/1‑100 (MQ=255) tATGTACAGAAAGGCATTTATGATCAGTTCGTCAATCGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGa < 2:3276869/100‑1 (MQ=255) aTGTACAGAAAGGCATTTATGATCAGGTCGTCAATCTGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATGGCGAt > 1:2320240/1‑100 (MQ=255) tGTACAGAAAGGCATTTATGATCAGTTCGTCAATCGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATg > 1:2292691/1‑100 (MQ=255) tGTACAGAAAGGCATTTATGATCAGTTCGTCAATCGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGCAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGAt > 1:1579256/1‑99 (MQ=255) gTACAGAAAGGCATTTATGATCAGTTCGTCAATCGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATgg > 2:959465/1‑100 (MQ=255) gTACAGAAAGGCATTTATGATCAGTTCGTCAATCGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATgg > 2:2191121/1‑100 (MQ=255) tACAGAAAGGCATTTATGATCAGTTCGTCAATCGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATggg > 1:2810881/1‑100 (MQ=255) aGAAAGGCATTTATGATCAGTTCGTCAATCGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGcc > 1:1352278/1‑100 (MQ=255) gAAAGGCATTTATGATCAGTTCGTCAATCGGCTGGGTGCAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGAGATGGGGCCg > 2:740282/1‑100 (MQ=255) gAAAGGCATTTATGATCAGTTCGTCAATCGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATgggg > 1:2709106/1‑97 (MQ=255) gAAAGGCATTTATGATCAGTTCGTCAATCGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCg > 1:478217/1‑100 (MQ=255) gAAAGGCATTTATGATCAGTTCGTCAATCGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCg > 1:3532273/1‑100 (MQ=255) gAAAGGCATTTATGATCAGTTCGTCAATCGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCg > 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1:1557423/1‑99 (MQ=255) gTTCGGCAATCGGCTGGGTGAGGCGATGCAGGAGGTCCAATATGGTAACTCCGCCGAACGCAACGAGATGGCGATGGGGGCGTCGATTAAcgccgc > 1:2158981/1‑96 (MQ=255) cGTCAATCGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGgcgc > 1:1197594/1‑98 (MQ=255) cGTCAATCGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTg < 2:2911385/100‑1 (MQ=255) cGTCAATCGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTg < 2:2179902/100‑1 (MQ=255) gTCAATCGGGTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTg < 1:1076581/99‑1 (MQ=255) cAATCGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGgcgc > 1:2694556/1‑95 (MQ=255) cAATCGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGaa > 2:3036033/1‑100 (MQ=255) cAATCGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGaa > 1:3656770/1‑100 (MQ=255) cAATCGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGaa > 1:354895/1‑100 (MQ=255) aaTCGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGaaa > 2:584138/1‑100 (MQ=255) agtggCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATGAACGCCGCGGCGCTGGAAAg > 1:559051/4‑100 (MQ=255) cGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGAAAggg > 2:606724/1‑100 (MQ=255) gCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAAGGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGAAAGGGTc < 1:3573218/100‑1 (MQ=255) agggTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCGGGAAAGGGGCGa > 2:2477922/2‑100 (MQ=255) gggTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGAAAGGGTCGAg < 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gAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGAAAGGGGCGAGCAAAAAGTGGCGCGCGCAGTAGAAGAAGGGGCGAGAGTg > 1:1455799/1‑99 (MQ=255) aCGCAACGAGATTGCGATGGAGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGAAAGGGTCGAGCAAAAAGTGGCGCGCGCAGTAGAAGAAGGGGCGAGAGTgg < 1:611502/98‑1 (MQ=255) gCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGAAAGGGTCGAGCAAAAAGTGGCGCGCGCAGTAGAAGAAGGGGCGAGAGTGGCGtt > 1:1079836/1‑100 (MQ=255) cAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGAAAGGGTCGAGCAAAAAGTGGCGCGCGCAGTAGAAGAAGGGGCGAGAGTGGCGtt > 1:2561718/1‑99 (MQ=255) | TGTTTATGTACAGAAAGGCATTTATGATCAGTTCGTCAATCGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGACATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGAAAGGGTCGAGCAAAAAGTGGCGCGCGCAGTAGAAGAAGGGGCGAGAGTGGCGTTCGGT > NC_000913/1489101‑1489293 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |