| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,128,352 | T→A | 100% | H15L (CAC→CTC) | metJ ← | transcriptional repressor, S‑adenosylmethionine‑binding |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,128,352 | 0 | T | A | 97.8% | 432.9 / 0.4 | 134 | H15L (CAC→CTC) | metJ | transcriptional repressor, S‑adenosylmethionine‑binding |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/1); new base A (60/70); total (62/72) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.06e-01 | |||||||||||
Only 100 of 134 total aligned reads displayed.
TTCACCTGACGACGCGTGCGTTCATCGGTGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATACTTAATCCTCTTCGTCAATAAATTGAGACCAGACCACACAGTTGATG > NC_000913/4128256‑4128448 | ccTGACGACGCGTGCGTTCATCGGTGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAGc > 2:334287/1‑100 (MQ=255) cTGACGACGCGTGCGTTCATCGGTGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAGCg < 2:2369441/100‑1 (MQ=255) cTGACGACGCGTGCGTTCATCGGTGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAGCg < 2:503718/100‑1 (MQ=255) cTGACGACGCGTGCGTTCATCGGTGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTAACTCTTCTTGCCGTGCTCAGCg > 2:1767901/1‑100 (MQ=255) tGACGACGCGTGCGTTCATCGGTGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGt < 1:813738/100‑1 (MQ=255) gacgacGCGTGCGTTCATCGGTGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGTa > 1:701057/1‑100 (MQ=255) gacgCGTGCGTTCATCGGTGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGTATgg < 2:1339920/100‑1 (MQ=255) acgCGTGCGTTCATCGGTGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGCGTATggg < 2:661638/100‑1 (MQ=255) acgCGTGCGTTCATCGGTGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGTATggg < 1:3754764/100‑1 (MQ=255) acgCGTGCGTTCATCGGTGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGTATggg > 2:445846/1‑100 (MQ=255) cgcgTGCGTTCATCGGTGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGTATggg < 2:523566/99‑1 (MQ=255) cgcgTGCGTTCATCGGTGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGTATggg < 1:42585/99‑1 (MQ=255) gcgtgcgtTCATCGGTGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGTATGGGCt < 2:3585217/100‑1 (MQ=255) cgtgcgtTCATCGGTGAGGATTTTTAACACATTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGTATGGGCTg > 1:1115160/1‑100 (MQ=255) gtgcgtTCATCGGTGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGTATGGGCTGa < 2:3296937/100‑1 (MQ=255) gtgcgtTCATCAGTGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGTATGGGCTGa < 1:1353278/100‑1 (MQ=255) tgcgtTCATCGGTGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGTATGGGCTGat < 1:701164/100‑1 (MQ=255) cgtTCATCTGTGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCTAGCTCAGCGTATGGGCTGata < 1:1235968/99‑1 (MQ=255) cgtTCATCGGTGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAAGGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGTATGGGCTGatat > 1:2033566/1‑100 (MQ=255) gtTCATCGGTGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGTTCAGCGTATGGGCTGatata > 1:994163/1‑100 (MQ=255) gtTCATCGGTGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGTATGGGCTGatata > 1:994223/1‑100 (MQ=255) ttCATCGGTGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGTATGGGCTGatatat < 2:1273807/100‑1 (MQ=255) aTCGGTGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTcg < 2:511885/100‑1 (MQ=255) aTCGGTGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTcg < 2:2292677/100‑1 (MQ=255) tCGGTGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACGGTAATCTTTTTGACTTGTTCACCCTTCTTGCCGAGCTCAGCGTTTGCGCTGATATATTctc > 1:1448160/1‑98 (MQ=255) cGGTGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTcgcc < 2:1799425/100‑1 (MQ=255) ggTGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTTACTTGTTCACTCTTTTTGCCGAGCTCAGCGTATGTGCTGATATATTcgctg > 1:620312/1‑98 (MQ=255) ggTGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTcgccg > 2:152572/1‑100 (MQ=255) ggTGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTcgccg > 1:2887668/1‑100 (MQ=255) tGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTCGCCGCt < 2:3315618/100‑1 (MQ=255) aGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTcc < 2:1756995/100‑1 (MQ=255) aGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTcc < 2:23184/100‑1 (MQ=255) aGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTcc < 2:3013641/100‑1 (MQ=255) aGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTcc < 1:3733069/100‑1 (MQ=255) aGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTcc > 1:1725615/1‑100 (MQ=255) aGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTGCTTGCCGAGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTcc < 2:22563/100‑1 (MQ=255) ggATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGTCTGGGCTGATATATTCGCCGCTCCa > 2:2600224/1‑100 (MQ=255) ggATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGTATGGTCTGATATATTCGCCGCTCCa > 2:1087618/1‑100 (MQ=255) ggATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCa > 2:3675513/1‑100 (MQ=255) ggATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTATTGCCGAGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCa > 2:1263365/1‑100 (MQ=255) gATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCAt > 1:3147683/1‑100 (MQ=255) ttAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATATTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCGCAGCGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGc < 1:407354/100‑1 (MQ=255) tAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGcc < 2:832662/100‑1 (MQ=255) tAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGcc < 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ggAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATACTTaa > 1:560137/1‑100 (MQ=255) ggAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATACTTaa < 1:2763565/100‑1 (MQ=255) aTGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATACTTAATcc < 1:2600209/100‑1 (MQ=255) aTGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATACTTAATcc > 2:3693880/1‑100 (MQ=255) tGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATACTTAATCct > 1:2415991/1‑100 (MQ=255) tGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATACTTAATCct > 1:2416431/1‑100 (MQ=255) aCCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATACTTAATCCTCTTCg < 2:3776413/100‑1 (MQ=255) ccGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATACTTAATCCTCTTCGt > 2:2268260/1‑100 (MQ=255) cGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATACTTAATCCTCTTCGTc < 2:3071856/100‑1 (MQ=255) cGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATACTTAATCCTCTTCGTc < 2:3069328/100‑1 (MQ=255) cGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATACTTAATCCTCTTCGTc < 2:18500/100‑1 (MQ=255) gTAATCTTTTTGACTTGTTAACTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATACTTAATCCTCTTCGTc < 1:632527/99‑1 (MQ=255) tAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATACTTAATCCTCTTCGTCaa < 1:2903653/100‑1 (MQ=255) tAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATACTTAATCCTCTTCGTCaa > 2:2739299/1‑100 (MQ=255) tAATCTTTTTGACTTCTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATACTTAATCCTCTTCGTCaa < 1:930435/100‑1 (MQ=255) 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1:3068094/100‑1 (MQ=255) cttcttGCCGAGCTCAGCGTATGGGCTGATATAATCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATACTTAATCCTCGTCGTCAATAAATTGAGACCAGACcacaca > 1:2273292/1‑100 (MQ=255) ttcttGCCGAGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATACTTAATCCTCTTCGTCAATAAATTGAGACCAGACcacaca < 1:2209117/99‑1 (MQ=255) ttcttGCCGAGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATACTTAATCCTCTTCGTCAATAAATTGAGACCAGACCACACAg > 2:409739/1‑100 (MQ=255) tcttGCCGAGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATACTTAATCCTCTTCGTCAATAAATTGAGACCAGACCACACAGt > 2:1984150/1‑100 (MQ=255) tcttGCCGAGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATACTTAATCCTCTTCGTCAATAAATTGAGACCAGACCACACAGt > 2:1554824/1‑100 (MQ=255) cttGCCGAGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATACTTAATCCTCTTCGTCAATAAATTGAGACCAGACCACACAGtt < 2:2233482/100‑1 (MQ=255) ttGCCGAGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATACTTAATCCTCTTCGTCAATAAATTGAGACCAGACCACACAGTTg > 2:98273/1‑100 (MQ=255) tccGAGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTACATTCAGCCATGAGATACTTAATCCTCTTCGCCAACAAATTAAGCCCACACCACACAGCTGAt > 1:3174934/2‑100 (MQ=255) gCCGAGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATACTTAATCCTCTTCGTCAATAAATTGAGACCAGACCACACAGTTGAt < 1:3378702/100‑1 (MQ=255) gCCGAGCTCAGCGTATGGGCTGATAAATGCGCCCCTCCATTCCGCCATGCGATACTTAATCCCCTTCGTCCATAAATTGAGACCAGACCACACAGtt > 1:2593038/1‑97 (MQ=255) ccGAGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATACTTAATCCTCTTCGTCAATAAATTGAGACCAGACCACACAGTTGAtg < 1:3592214/100‑1 (MQ=255) | TTCACCTGACGACGCGTGCGTTCATCGGTGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATACTTAATCCTCTTCGTCAATAAATTGAGACCAGACCACACAGTTGATG > NC_000913/4128256‑4128448 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |