| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,533,536 | A→G | A83A (GCT→GCC) | yjhQ ← | GNAT family putative N‑acetyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,533,536 | 0 | A | G | 98.8% | 626.6 / ‑3.1 | 175 | A83A (GCT→GCC) | yjhQ | GNAT family putative N‑acetyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/1); new base G (85/86); total (87/88) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.55e-01 | |||||||||||
Only 100 of 178 total aligned reads displayed.
CCGTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCATCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAGGTTGCCCGGGTAAATAAAATATGCCCGACGGCTTTGCCTTCATACCGGGCTAG > NC_000913/4533439‑4533631 | ccGTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCATCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGGGc < 1:2234741/100‑1 (MQ=255) tCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCATCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGGGCGAg < 1:305566/100‑1 (MQ=255) tCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCATCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGGGCGAg < 1:1456608/100‑1 (MQ=255) tGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCATCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGGGCGAGGa < 2:2634835/100‑1 (MQ=255) tGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCATCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGGGCGAGGa < 1:3800935/100‑1 (MQ=255) ggCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCATCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGGGCGAGGAt > 1:3481358/1‑100 (MQ=255) ggCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCATCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGGGCGAGGAt > 2:1287048/1‑100 (MQ=255) gCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCATCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGGGCGAGGATGTGc < 2:1120111/100‑1 (MQ=255) cccATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCACCCGTCCTCCCACGCCCATCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGGGCGAGGATGTGCa < 1:3802525/100‑1 (MQ=255) cccATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCATCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGGGCGAGGATGTGCa < 2:424316/100‑1 (MQ=255) cccATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCATCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGGGCGAGGATGTGCa > 2:4045894/1‑100 (MQ=255) cccATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCATCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGGGCGAGGATGTGCa < 2:3160479/100‑1 (MQ=255) cccATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCATCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCa < 1:464643/100‑1 (MQ=255) cATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCATCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGGGCGAGGATGTGCATc > 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cAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCATCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGGGCGAGGATGTGCATCAACGGTGaa > 1:2672824/1‑100 (MQ=255) aGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCATCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGGGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAAt < 1:501140/100‑1 (MQ=255) ggTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCATCCCTTGGTATTCCGGTATGTCCGCCTGGGGGGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATc > 2:2809649/1‑100 (MQ=255) ggTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCATCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGGGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATc > 2:3562508/1‑100 (MQ=255) ggTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCATCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGGGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATc < 1:1132967/100‑1 (MQ=255) tGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCATCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGGGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCa > 2:2224621/1‑100 (MQ=255) gCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCATCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGGGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCAt < 2:1099991/100‑1 (MQ=255) cTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCATCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGGGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCAtt < 1:1118595/100‑1 (MQ=255) tCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCATCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGGGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCAttt > 1:781718/1‑100 (MQ=255) aTGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCATCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTtctc > 1:3348167/1‑100 (MQ=255) tGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCATCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGGGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTcc < 1:513544/100‑1 (MQ=255) tGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCATCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGGGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTcc < 1:218250/100‑1 (MQ=255) gCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCATCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGGGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCt > 1:1615868/1‑100 (MQ=255) gCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCATCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGGGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCt > 1:3901412/1‑100 (MQ=255) ccAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCATCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGGGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCtt > 2:2378465/1‑100 (MQ=255) gTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCATCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGGGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGa < 1:2676033/100‑1 (MQ=255) tGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCATCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGGGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGaa < 2:411859/100‑1 (MQ=255) gCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCGATCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGGGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAg < 2:2073980/100‑1 (MQ=255) gCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCATCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGGGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAg > 1:1529691/1‑100 (MQ=255) gCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCATCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGGGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAg < 1:1018553/100‑1 (MQ=255) cGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCATCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGGGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAgg > 1:2045737/1‑100 (MQ=255) cGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCATCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGGGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAgg < 1:1968285/100‑1 (MQ=255) gTATCAACCGTCCTCCCACGCCCATCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGGGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAGGt > 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2:745659/1‑98 (MQ=255) tcctccCACGCCCATCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGGGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAGGTTGCCCGGGta < 1:709617/100‑1 (MQ=255) tccCACGCCCATCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGGGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAGGTTGCCCGGGtaagt < 1:2833932/100‑3 (MQ=255) tccCACGCCCATCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGGGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAGGTTGCCCGGGtaaat > 1:280941/1‑100 (MQ=255) cccACGCCCATCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGGGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAGGTTGCCCGGGtaaata > 1:1941479/1‑100 (MQ=255) cccACGCCCATCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGGGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAGGTTGCCCGGGtaaata > 2:3530402/1‑100 (MQ=255) ccACGCCCATCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGGGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAGGTTGCCCGGGtaaataa > 2:2945958/1‑100 (MQ=255) cACGCCCATCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGGGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAGGTTGCCCGGGtaaataaa < 1:945144/100‑1 (MQ=255) cGCCCATCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGGGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAGGTTGCCCGGGTaaataaaat > 2:2018397/1‑100 (MQ=255) cccATCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGGGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAGGTTGCCCGGGTAAATAAAatat > 2:897925/1‑100 (MQ=255) ccTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGGGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAGGTTGCCCGGGTAAATAAAATATGCCCGa > 1:3621709/1‑100 (MQ=255) cTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGGGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAGGTTGCCCGGGTAAATAAAATATGCCCGAc > 1:2077307/1‑100 (MQ=255) ggTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGGGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAGGTTGCCCGGGTAAATAAAATATGCCCGACGGc > 2:3051103/1‑100 (MQ=255) ggTATTCCGGTAGGACCGCCAGGGGGGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAGGTTGCCCGGGTAAATAAAATATGCCCGACGGc > 1:2754304/1‑100 (MQ=255) aTTCCGGTATGACCGCCAGGGGGGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAGGTTGCCCGGGTAAATAAAATATGCCCGACGGCttt > 2:1034194/1‑100 (MQ=255) ttCCGGTATGACCGCCAGGGGGGCGAGGATGTTCATCAAGGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAGGTTGCCCGGGTAAATAAAATATGCCCGACGGCTTTg < 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2:3195333/100‑1 (MQ=255) aTGACCGCCAGGGGGGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAGGTTGCCCGGGTAAATAAAATATGCCCGACGGCTTTGCCTTCAt > 2:3434651/1‑100 (MQ=255) aTGACCGCCAGGGGGGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAGGTTGCCCGGGTAAATAAAATATGCCCGACGGCTTTGCCTTCAt > 1:1608458/1‑100 (MQ=255) tGACCGCCAGGGGGGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAGGTTGCCCGGGTAAATAAAATATGCCCGACGGCTTTGCCTTCAt > 1:2038933/1‑99 (MQ=255) tGACCGCCAGGGGGGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAGGTTGCCCGGGTAAATAAAATATGCCCGACGGCTTTGCCTTCATa > 2:1531539/1‑100 (MQ=255) tGACCGCCAGGGGGGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAGGTTGCCCGGGTAAATAAAATATGCCCGACGGCTTTGCCTTCATa > 2:1531139/1‑100 (MQ=255) aCCGCCAGGGGGGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAGGTTGCCCGGGTAAATAAAATATGCCCGACGGCTTTGCCTTCATAcc > 1:1435887/1‑100 (MQ=255) aCCGCCAGGGGGGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAGGTTGCCCGGGTAAATAAAATATGCCCGACGGCTTTGCCTTCATAcc < 2:849695/100‑1 (MQ=255) aGGGGGGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAGGTTGCCCGGGTAAATAAAATATGCCCGACGGCTTTGCCTTCATACCGGGCTa > 2:3866796/1‑100 (MQ=255) aGGGGGGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAGGTTGCCCGGGTAAATAAAATATGCCCGACGGCTTTGCCTTCATACCGGGCTa < 1:2568713/100‑1 (MQ=255) ggggggCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAGGTTGCCCGGGTAAATAAAATATGCCCGACGGCTTTGCCTTCATACCGGGCTag < 1:4058425/100‑1 (MQ=255) ggggggCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAGGTTGCCCGGGTAAATAAAATATGCCCGACGGCTTTGCCTTCATACCGGGCTag > 2:1210639/1‑100 (MQ=255) | CCGTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCATCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAGGTTGCCCGGGTAAATAAAATATGCCCGACGGCTTTGCCTTCATACCGGGCTAG > NC_000913/4533439‑4533631 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |