| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,573,528 | A→G | pseudogene (1115/1503 nt) | yjiT → | pseudogene |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,573,528 | 0 | A | G | 98.8% | 623.7 / ‑4.9 | 172 | pseudogene (1115/1503 nt) | yjiT | pseudogene |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/0); new base G (76/94); total (78/94) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.04e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 174 total aligned reads displayed.
AAAAGCGAAGTGAGATTTGGCAGGCAAAATCCATCGGCAGGTTTGTCGTTAGTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAGCATTAAACTTGATGACAGTGAAATTGCCATTGGTGAGGTGCCGTTAACCTTCATCGTTGATGCAGATCAATGGCTGTTACAGGGACAGGCTTCTTGCAGTGTGCGAAGC > NC_000913/4573431‑4573622 | aaaaGCGAAGTGAGATTTGGCAGGCAAAATCCATCGGCAGGTTTGTCGTTAGTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAGCATTAAACTTGATGGCa < 2:3437402/100‑1 (MQ=255) aaaGCGAAGTGAGATTTGGCAGGCAAAATCCATCGGCAGGTTTGTCGTTAGTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAGCATTAAACTTGATGGCAg < 2:1009744/100‑1 (MQ=255) aaaGCGAAGTGAGATTTGGCAGGCAAAATCCATCGGCAGGTTTGTCGTTAGTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAGCATTAAACTTGATGGCAg < 1:4181987/100‑1 (MQ=255) aaaGCGAAGTGAGATTTGGCAGGCAAAATCCATCGGCAGGTTTGTCGTTAGTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAGCATTAAACTTGATGGCAg > 2:3416856/1‑100 (MQ=255) aGCGAAGTGAGATTTGGCAGGCAAAATCCATCGGCAGGTTTGTCGTTAGTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAGCATTAAACTTGATGGCAGTg > 1:1533849/1‑100 (MQ=255) aGCGAAGTGAGATTTGGCAGGCAAAATCCATCGGCAGGTTTGTCGTTAGTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAGCATTAAACTTGATGGCAGTg < 2:3283966/100‑1 (MQ=255) aGCGAAGTGAGATTTGGCAGGCAAAATCCATCGGCAGGTTTGTCGTTAGTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAGCATTAAACTTGATGGCAGTg > 1:3390767/1‑100 (MQ=255) gCGAAGTGAGATTTGGCAGGCAAAATCCATCGGCAGGTTTGTCGTTAGTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAGCATTAAACTTGATGGCAGTGa > 2:1676228/1‑100 (MQ=255) aGTGAGATTTGGCAGGCAAAATCCATCGGCAGGTTTGTCGTTAGTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAGCATTAAACTTGATGGCAGTGAAAtt < 1:1229118/100‑1 (MQ=255) aGTGAGATTTGGCAGGCAAAATCCATCGGCAGGTTTGTCGTTAGTGGCTCGTGCTGGAGGGACGATTGTTGGGAGCATTAAACTTGATGGCAGTGAAAtt < 2:2231550/100‑1 (MQ=255) tGAGATTTGGCAGGCAAAATCCATCGGCAGGTTTGTCGTTAGTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAGCATTAAACTTGATGGCAGTGAAATTGc < 2:862066/100‑1 (MQ=255) gagaTTTGGCAGGCAAAATCCATCGGCAGGTTTGTCGTTAGTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAGCATTAAACTTGATGGCAGTGAAATTGcc > 2:2298149/1‑100 (MQ=255) gagaTTTGGCAGGCAAAATCCATCGGCAGGTTTGTCGTTAGTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAGCATTAAACTTGATGGCAGTGAAATTGcc < 1:3309132/100‑1 (MQ=255) gaTTTGGCAGGCAAAATCCATCGGCAGGTTTGTCGTTAGTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAGCATTAAACTTGATGGCAGTGAAATTGCCAt > 1:2594412/1‑100 (MQ=255) ttGGCAGGCAAAATCCATCGGCAGGTTTGTCGTTAGTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAGCATTAAACTTGATGGCAGTGAAATTGCCATTgg < 2:37569/100‑1 (MQ=255) ttGGCAGGCAAAATCCATCGGCAGGTTTGTCGTTAGTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAGCATTAAACTTGATGGCAGTGAAATTGCCATTgg < 2:1441042/100‑1 (MQ=255) gcaggcaAAATCCATCGGCAGGTTTGTCGTTAGTGGCTCGTGCTGGAGTGATGATTGTTGGGAGCATTAAACTTGATGGCAGTGAAATTGCCATTGGTGa < 2:946135/100‑1 (MQ=255) gcaggcaAAATCCATCGGCAGGTTTGTCGTTAGTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAGCATTAAACTTGATGGCAGTGAAATTGCCATTGGTGa < 1:1987837/100‑1 (MQ=255) caggcaAAATCCATCGGCAGGTTTGTCGTTAGTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAGCATTAAACTTGATGGCAGTGAAATTGCCATTGGTGAg > 1:630957/1‑100 (MQ=255) ggcaAAATCCATCGGCAGGTTTGTCGTTAGTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAGCATTAAACTTGATGGCAGTGAAATTGCCATTGGTGAGGt > 2:2078850/1‑100 (MQ=255) ggcaAAATCCATCGGCAGGTTTGTCGTTAGTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAGCATTAAACTTGATGGCAGTGAAATTGCCATTGGTGAGGt > 1:2145656/1‑100 (MQ=255) gcaAAATCCATCGGCAGGTTTGTCGTTAGTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAGCATTAAACTTGATGGCAGTGAAATTGCCATTGGTGAGGTg > 1:2319827/1‑100 (MQ=255) ccaaaTCCATCGGCAGTATTGTAGTTAGTGGCTCGTGCTGGGGGGATGATGGGTGGGAGCATTAAACTTGATGACAGTGAAATTGCCATTGGTGAGGTg > 2:847202/3‑99 (MQ=255) caAAATCCATCGGCAGGTTTGTCGTTAGTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAGCATTAAACTTGATGGCAGTGAAATTGCCATTGGGGAGGTGc > 1:2524564/1‑100 (MQ=255) aaTCCATCGGCAGGTTTGTCGTTAGTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAGCATTAAACTTGATGGCAGTGAAATTGCCATTGGTGAGGTGCCGt > 1:1752160/1‑100 (MQ=255) aTCCATCGGCAGGTTTGTCGTTAGTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAGCATTAAACTTGATGGCAGTGAAATTGCCATTGGTGAGGTGCCGtt < 2:1345564/100‑1 (MQ=255) ccATCGGCAGGTTTGTCGTTAGTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAGCATTAAACTTGATGGCAGTGAAATTGCCATTGGTGAGGTGCCGTTaa > 1:2231631/1‑100 (MQ=255) ccATCGGCAGGTTTGTCGTTAGTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAGCATGAAACTTGATGGCAGTGAAATTGCCATTGGTGAGGTGCCGTTaa > 2:2674245/1‑100 (MQ=255) cATCGGCAGGTTTGTCGTTAGTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAGCATTAAACTTGATGGCAGTGAAATTGCCATTGGTGAGGTGCCGTTAAc < 2:3109259/100‑1 (MQ=255) cATCGGCAGGTTTGTCGTTAGTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGCTGGGAGCATTAACCTTGATGGCAGTGAAATTGCCATTGGTGAGGTGCCGTTAAc < 1:1873242/100‑1 (MQ=255) cGGCAGGTTTGTCGTTAGTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAGCATTAAACTTGATGGCAGTGAAATTGCCATTGGTGAGGTGCCGTTAACCtt < 2:3021621/100‑1 (MQ=255) cGGCAGGTTTGTCGTTAGTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAGCATTAAACTTGATGGCAGTGAAATTGCCATTGGTGAGGTGCCGTTAACCtt > 1:3503938/1‑100 (MQ=255) ggCAGGTTTGTCGTTAGTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAGCATTAAACTTGATGGCAGTGAAATTGCCATTGGTGAGGTGCCGTTAACCTTc > 2:156978/1‑100 (MQ=255) ggCAGGTTTGTCGTTAGTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAGCATTAAACTTGATGGCAGTGAAATTGCCATTGGTGAGGTGCCGTTAACCTTc > 1:471779/1‑100 (MQ=255) cAGGTTTGTCGTTAGTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAGCATTAAACTTGATGGCAGTGAAATTGCCATTGGTGAGGTGCCGTTAACCTTCAt < 2:3383588/100‑1 (MQ=255) ggTTTGTCGTTAGTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAGCATTAAACTTGATGGCAGTGAAATTGCCATTGGTGAGGTGCCGTTAACCTTCCTc > 1:941785/1‑99 (MQ=255) ggTTTGTCGTTAGTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAGCATTAAACTTGATGGCAGTGAAATTGCCATTGGTGAGGTGCCGTTAACCTTCATCg > 1:3044410/1‑100 (MQ=255) ggTTTGTCGTTAGTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAGCATTAAACTTGATGGCAGTGAAATTGCCATTGGTGAGGTGCCGTTAACCTTCATCg > 2:3909572/1‑100 (MQ=255) tttGTCGTTAGTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAGCATTAAACTTGATGGCAGTGAAATTGCCATTGGTGAGGTGCCGTTAACCTTCATCGtt < 2:4061228/100‑1 (MQ=255) tttGTCGTTAGTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAGCATTAAACTTGATGGCAGTGAAATTGCCATTGGTGAGGTGCCGTTAACCTTCATCGtt < 1:2335491/100‑1 (MQ=255) tGTCGTTAGTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAGCATTAAACTTGATGGCAGTGAAATTGCCATTGGTGAGGTGCCGTTAACCTTCATCGTTGa < 1:397100/100‑1 (MQ=255) tGTCGTTAGTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAGCATTAAACTTGATGGCAGTGAAATTGCCATTGGTGAGGTGCCGTTAACCTTCATCGTTGa < 2:2594385/100‑1 (MQ=255) gTCGTTAGTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAGCATTAAACTTGATGGCAGTGAAATTGCCATTGGTGAGGTGCCGTTAACCTTCATCGTTGAt < 1:2011411/100‑1 (MQ=255) gTCGTTAGTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAGCATTAAACTTGATGGCAGTGAAATTGCCATTGGTGAGGTGCCGTTAACCTTCATCGTTGAt < 1:2213388/100‑1 (MQ=255) tCGTTAGTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAGCATTAAACTTGATGGCAGTGAAATTGCCATTGGTGAGGTGCCGTTAACCTTCATCGTTGATg < 1:2296356/100‑1 (MQ=255) gTTAGTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAGCATTAAACTTGATGGCAGTGAAATTGCCATTGGTGAGGTGCCGTTAACCTTCATCGTTGATGCa < 1:2696889/100‑1 (MQ=255) gTTAGTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAGCATTAAACTTGATGGCAGTGAAATTGCCATTGGTGAGGTGCCGTTAACCTTCATCGTTGATGCa > 2:569350/1‑100 (MQ=255) ttAGTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAGCATTAAACTTGATGGCAGTGAAATTGCCATTGGTGAGGTGCCGTTAACCTTCATCGTTGATGCAg < 1:528214/100‑1 (MQ=255) aGTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAGCATTAAACTTGATGGCAGTGAAATTGCCATTGGTGAGGTGCCGTTAACCTTCATCGTTGATGCAGAt > 2:291346/1‑100 (MQ=255) aGTCGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAGCATTAAACTTGATGGCAGTGAAATTGCCATTGTTGAGGTGCCGTTAACCTTCATCGTTGATGCAGAt < 2:3541350/100‑1 (MQ=255) gTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAGCATTAAACTTGATGGCAGTGAAATTGCCATTGGTGAGGTGCCGTTAACCTTCATCGTTGATGCAGATc < 1:2584369/100‑1 (MQ=255) 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1:1593116/1‑100 (MQ=255) gCATTAAACTTGATGGCAGTGAAATTGCCATTGGTGAGGTGCCGTTAACCTTCATCGTTGATGCAGATCAATGGCTGTTACAGGGACAGGCTTCTTGCAg > 1:497368/1‑100 (MQ=255) gCATTAAACTTGATGGCAGTGAAATTGCCATTGGTGAGGTGCCGTTAACCTTCATCGTTGATGCAGATCAATGGCTGTTACAGGGACAGGCTTCTTGCAg < 2:1729427/100‑1 (MQ=255) cATTAAACTTGATGGCAGTGAAATTGCCATTGGTGAGGTGCCGTTAACCTTCATCGTTGATGCAGATCAATGGCTGTTACAGGGACAGGCTTCTTGCAgt > 1:1074399/1‑100 (MQ=255) aTTAAACTTGATGGCAGTGAAATTGCCATTGGTGAGGTGCCGTTAACCTTCATCGTTGATGCAGATCAATGGCTGTTACAGGGACAGGCTTCTTGCAgtg < 2:1753826/100‑1 (MQ=255) aTTAAACTTGATGGCAGTGAAATTGCCATTGGTGAGGTGCCGTTAACCTTCATCGTTGATGCAGATCAATGGCTGTTACAGGGACAGGCTTCTTGCAgtg > 1:1729813/1‑100 (MQ=255) ttAAACTTGATGGCAGTGAAATTGCCATTGGTGAGGTGCCGTTAACCTTCATCGTTGATGCAGATCAATGGCTGTTACAGGGACAGGCTTCTTGCAgtgt > 2:2496653/1‑100 (MQ=255) tAAACTTGATGGGAGGGGAATTGCCATTGGGGAGGGGCCGGTAAACTTCATCGGTGATGGAGGTCAAGGGCTGTTACAGGGACAGGGTTCTTGGAgtg > 2:325822/1‑98 (MQ=255) aaaCTTGATGGCAGTGAAATTGCCATTGGTGAGGTGCCGTTAACCTTCATCGTTGATGTAGATCAATGGCTGTTACAGGGACAGGCTTCTTGCAGTGTGc < 2:2287875/100‑1 (MQ=255) aCTTGATGGCAGTGAAATTGCCATTGGTGAGGTGCCGTTAACCTTCATCGTTGATGCAGATCAATGGCTGTTACAGGGACAGGCTTCTTGCAGTGTGCGa < 1:826324/100‑1 (MQ=255) aCTTGATGGCAGTGAAATTGCCATTGGTGAGGTGCCGTTAACCTTCATCGTTGATGCAGATCAATGGCTGTTACAGGGACAGGCTTCTTGCAGTGTGCGa < 2:1267977/100‑1 (MQ=255) tgatggCAGTGAAATTGCCATTGGTGAGGTGCCGTTAACCTTCATCGTTGATGCAGATCAATGGCTGTTACAGGGACAGGCTTCTTGCAGTGTGCGAagc < 2:619843/100‑1 (MQ=255) | AAAAGCGAAGTGAGATTTGGCAGGCAAAATCCATCGGCAGGTTTGTCGTTAGTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAGCATTAAACTTGATGACAGTGAAATTGCCATTGGTGAGGTGCCGTTAACCTTCATCGTTGATGCAGATCAATGGCTGTTACAGGGACAGGCTTCTTGCAGTGTGCGAAGC > NC_000913/4573431‑4573622 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |