| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 409056 = | NA (NA) | 12 (0.090) | 9/164 | NT | NA | noncoding (5/37 nt) | REP34 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP34 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences |
| ? | NC_000913 | 409089 = | NA (NA) | intergenic (+139/+19) | ykiA/rdgC | pseudogene/nucleoid‑associated ssDNA and dsDNA binding protein; competitive inhibitor of RecA function | |||||
GCAGCGTTAATTCAAAACCTGATTGAAGGATTAGGTGGCGAAGCACAACGTTAATTGCTGATTTTCCTTTAATGCCGGATGCGACGCCTGCCGCGTCTTATCCGGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/409161‑409056‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑atccggcATTAAAGGAAAATCAGCAATTAACGTTGTGCTTCGCCACCTAATCCTTCAATCAGGTTTTGAATTAACGCTGCCAGTTCACCAGTCATCAGGATGAA > NC_000913/409089‑409185 GCAGCGTTAATTCAAAACCTGATTGAAGGATTAGGTGGCGAAGCACAACGTTAATTGCTGATTTTCCTTTAATGCCGGATGCGACGCCTGCCGCGTCTTA < 1:1052166/100‑1 CAGCGTTAATTCAAAACCTGATTGAAGGATTAGGTGGCGAAGCACAACGTTAATTGCTGATTTTCCTTTAATGCCGGATGCGACGCCTGCCGCGTCTTAT > 1:2497929/1‑100 AGCGTTAATTCAAAACCTGATTGAAGGATTAGGTGGCGAAGCACAACGTTAATTGCTGATTTTCCTTTAATGCCGGATGCGACGCCTGCCGCGTCTTATC < 1:1176269/100‑1 AGCGTTAATTCAAAACCTGATTGAAGGATTAGGTGGCGAAGCACAACGTTAATTGCTGATTTTCCTTTAATGCCGGATGCGACGCCTGCCGCGTCTTATC < 2:1281862/100‑1 AGCGTTAATTCAAAACCTGATTGAAGGATTAGGTGGCGAAGCACAACGTTAATTGCTGATTTTCCTTTAATGCCGGATGCGACGCCTGCCGCGTCTTATC < 1:3292540/100‑1 GCGTTAATTCAAAACCTGATTGAAGGATTAGGTGGCGAAGCACAACGTTAATTGCTGATTTTCCTTTAATGCCGGATGCGACGCCTGCCGCGTCTTATCC < 2:608092/100‑1 CGTTAATTCAAAACCTGATTGAAGGATTAGGTGGCGAAGCACAACGTTAATTGCTGATTTTCCTTTAATGCCGGATGCGACGCCTGCCGCGTCTTATCC > 2:2365690/1‑99 GTTAATTCAAAACCTGATTGAAGGATTAGGTGGCGAAGCACAACGTTAATTGCTGATTTTCCTTTAATGCCGGATGCGACGCCTGCCGCGTCTTATCCGn < 2:285888/100‑2 GTTAATTCAAAACCTGATTGAAGGATTAGGTGGCGAAGCACAACGTTAATTGCTGATTTTCCTTTAATGCCGGATGCGACGCCTGCCGCGTCTTATCCGG < 2:284213/100‑1 CCTTTAATGCCGGATGCGACGCCTGCCGCGTCTTATCCGGCATTAAAGGAAAATCAGCAATTAACGTTGTGCTTCGCCACCTAATCCTTCAAACAGGTat > 2:2530964/1‑98 CTTTAATGCCGGATGCGACGCCTGCCGCGTCTTATCCGGCATTAAAGGAAAATCAGCAATTAACGTTGTGCTTCGCCACCTAATCCTTCAATCAGGTTTT > 1:1570224/1‑100 TTAATGCCGGATGCGACGCCTGCCGCGTCTTATCCGGCATTAAAGGAAAATCAGCAATTAACGTTGTGCTTCGCCACCTAATCCTTCAATCAGGTTTTGA > 2:3093272/1‑100 AATGCCGGATGCGACGCCTGCCGCGTCTTATCCGGCATTAAAGGAAAATCAGCAATTAACGTTGTGCTTCGCCACCTAATCCTTCAATCAGGTTTTGAAT > 1:72045/1‑100 AATGCCGGATGCGACGCCTGCCGCGTATTATCCGGCATTAAAGGAAAATCAGCAATTAACGTTGTGCTTCGCCACCTAATCCTTCAATCAGGTTTTTAAT > 2:335503/1‑100 ATGCCGGATGCGACGCCTGCCGCGTCTTATCCGGCATTAAAGGAAAATCAGCAATTAACGTTGTGCTTCGCCACCTAATCCTTCAATCAGGTTTTGAATT > 1:3017441/1‑100 ATGCCGGATGCGACGCCTGCCGCGTCTTATCCGGCATTAAAGGAAAATCAGCAATTAACGTTGTGCTTCGCCACCTAATCCTTCAATCAGGTTTTGAATT > 2:2626024/1‑100 GCCGGATGCGACGCCTGCCGCGTCTTATCCGGCATTAAAGGAAAATCAGCAATTAACGTTGTGCTTCGCCACCTAATCCTTCAATCAGGTTTTGAATTAA > 1:150790/1‑100 CCGGATGCGACGCCTGCCGCGTCTTATCCGGCATTAAAGGAAAATCAGCAATTAACGTTGTGCTTCGCCACCTAATCCTTCAATCAGGTTTTGAATTAAC > 1:3822745/1‑100 GGATGCGACGCCTGCCGCGTCTTATCCGGCATTAAAGGAAAATCAGCAATTAACGTTGTGCTTCGCCACCTAATCCTTCAATCAGGTTTTGAATTAACGC > 1:2924903/1‑100 TGCGACGCCTGCCGCGTCTTATCCGGCATTAAAGGAAAATCAGCAATTAACGTTGTGCTTCGCCACCTAATCCTTCAATCAGGTTTTGAATTAACGCTGC > 2:1915860/1‑100 TGCGACGCCTGCCGCGTCTTATCCGGCATTAAAGGAAAATCAGCAATTAACGTTGTGCTTCGCCACCTAATCCTTCAATCAGGTTTTGAATTAACGCTGC > 2:2926519/1‑100 gatcTCCGGCATTAAAGGAAAATCAGCAATTAACGTTGTGCTTCGCCACCTAATCCTTCAATCAGGTTTTGAATTAACGCTGCCAGTTCACCAGTCATCA < 1:3504591/96‑1 ATCCGGCATTAAAGGAAAATCAGCAATTAACGTTGTGCTTCGCCACCTAATCCTTCAATCAGGTTTTGAATTAACGCTGCCAGTTCACCAGTCATCAGGA > 2:3535952/1‑100 ATCCGGCATTAAAGGAAAATCAGCAATTAACGTTGTGCTTCGCCACCTAATCCTTCAATCAGGTTTTGAATTAACGCTGCCAGTTCACCAGTCATCAGGA < 1:2293621/100‑1 ATCCGGCATTAAAGGAAAATCAGCAATTAACGTTGTGCTTCGCCACCTAATCCTTCAATCAGGTTTTGAATTAACGCTGCCAGTTCACCAGTCATCAGGA < 1:2031466/100‑1 TCCGGCATTAAAGGAAAATCAGCAATTAACGTTGTGCTTCGCCACCTAATCCTTCAATCAGGTTTTGAATTAACGCTGCCAGTTCACCAGTCATCAGGAT > 1:1260768/1‑100 TCCGGCATTAAAGGAAAATCAGCAATTAACGTTGTGCTTCGCCACCTAATCCTTCAATCAGGTTTTGAATTAACGCTGCCAGTTCACCAGTCATCAGGAT < 2:2490200/100‑1 CCGGCATTAAAGGAAAATCAGCAATTAACGTTGTGCTTCGCCACCTAATCCTTCAATCAGGTTTTGAATTAACGCTGCCAGTTCACCAGTCATCAGGATG < 2:2114721/100‑1 CCGGCATTAAAGGAAAATCAGCAATTAACGTTGTGCTTCGCCACCTAATCCTTCAATCAGGTTTTGAATTAACGCTGCCAGTTCACCAGTCATCAGGATG > 2:1884292/1‑100 CCGGCATTAAAGGAAAATCAGCAATTAACGTTGTGCTTCGCCACCTAATCCTTCAATCAGGTTTTGAATTAACGCTGCCAGTTCACCAGTCATCAAGATc > 2:3504552/1‑99 CCGGCATTAAAGGAAAATCAGCAATTAACGTTGTGCTTCGCCACCTAATCCTTCAATCAGGTTTTGAATTAACACTGCCAGTTCACCAGTCATCAGGATG > 1:1958234/1‑100 CCGGAATTAAAGGAAAATCAGCAATTCACGTTCTGCTTCGCCACCTAATCCTTCAATCAGGTTTTGAATTAACGCTGCCAGTTCACCAGTCATCAGGA < 2:3328064/98‑1 CGGCATTAAAGGAAAATCAGCAATTAACGTTGTGCTTCGCCACCTAATCCTTCAATCAGGTTTTGAATTAACGCTGCCAGTTCACCAGTCATCAGGATGA > 2:1658720/1‑100 GGCATTAAAGGAAAATCAGCAATTAACGTTGTGCTTCGCCACCTAATCCTTCAATCAGGTTTTGAATTAACGCTGCCAGTTCACCAGTCATCAGGATGAA > 1:1397864/1‑100 GCAGCGTTAATTCAAAACCTGATTGAAGGATTAGGTGGCGAAGCACAACGTTAATTGCTGATTTTCCTTTAATGCCGGATGCGACGCCTGCCGCGTCTTATCCGGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/409161‑409056‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑atccggcATTAAAGGAAAATCAGCAATTAACGTTGTGCTTCGCCACCTAATCCTTCAATCAGGTTTTGAATTAACGCTGCCAGTTCACCAGTCATCAGGATGAA > NC_000913/409089‑409185 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |