| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 2304696 | NA (NA) | 29 (0.230) | 11/164 | NT | 28.8% | noncoding (280/655 nt) | REP161 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 12 REP sequences | REP161 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 12 REP sequences |
| ? | NC_000913 | = 2304728 | 78 (0.560) | noncoding (312/655 nt) | REP161 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 12 REP sequences | REP161 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 12 REP sequences | |||||
GCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAA > NC_000913/2304623‑2304795 | gCTGTGAGGTGCTCGACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGGCATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTA > 2:3433901‑M2/1‑100 (MQ=255)gCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTA < 1:2995613‑M2/100‑1 (MQ=255) cTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTAT > 1:2380505‑M2/1‑100 (MQ=255) cTGTGAAGCGCGGCACCCCGTAGGTCAGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTAT > 2:2851149‑M2/1‑100 (MQ=255) tgtgAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATC > 1:432983‑M2/1‑100 (MQ=255) tgtgAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATC > 1:609919‑M2/1‑100 (MQ=255) gtgAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGATTGCCTGATACGACGATGGCACATCTTATaa < 1:1371447‑M2/100‑3 (MQ=255) gtgAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCA > 2:594289‑M2/1‑100 (MQ=255) gtgAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCA < 1:2419890‑M2/100‑1 (MQ=255) gtgAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCA < 2:1897442‑M2/100‑1 (MQ=255) gtgAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCA < 1:615545‑M2/100‑1 (MQ=255) gtgAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCA < 2:2089345‑M2/100‑1 (MQ=255) gtgAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCA < 1:807942‑M2/100‑1 (MQ=255) tgAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAG > 1:2134228‑M2/1‑100 (MQ=255) gAAGTGCTGCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGG > 2:526461‑M2/1‑100 (MQ=255) gAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGG < 2:1759946‑M2/100‑1 (MQ=255) gAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGG < 1:3616942‑M2/100‑1 (MQ=255) gAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGG > 1:119498‑M2/1‑100 (MQ=255) gAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAG < 2:3334494‑M2/99‑1 (MQ=255) gAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGAGAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGGCTTATCAG < 2:175690‑M2/99‑1 (MQ=255) gAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGG > 2:1739762‑M2/1‑100 (MQ=255) acgtgCACCACCCCGTAGGTCCGACAAGGCGGTCATGCCGCCTCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGC > 2:1719989‑M2/3‑100 (MQ=255) aaGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGC > 1:2997094‑M2/1‑100 (MQ=255) aaGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGC > 2:1452479‑M2/1‑100 (MQ=255) aaGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGC < 2:1958014‑M2/100‑1 (MQ=255) aaGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGC > 1:1937330‑M2/1‑100 (MQ=255) aaGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGC < 2:2623078‑M2/100‑1 (MQ=255) aaGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACACCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGC > 2:1367599‑M2/1‑100 (MQ=255) tGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGC < 2:3585441‑M2/97‑1 (MQ=255) cTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGCCATCTAACGCCCAAGCCGGATGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGcgctaca < 2:2129441‑M2/100‑8 (MQ=255) ggATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGAGCGTC‑‑‑‑‑AGGCaaccggcttgggcgttagatgtcgga < 1:519512‑M2/100‑27 (MQ=255) ccAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCaaccggcttgggcgttagatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccgacctacggg < 2:3508679‑M2/100‑58 (MQ=255) aaGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCg < 1:1189557/100‑1 (MQ=11) aaGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCg < 1:3808033/100‑1 (MQ=11) aGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGa < 2:3604543/100‑1 (MQ=31) aGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGa < 1:3263104/100‑1 (MQ=31) aGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGa > 2:189396/1‑100 (MQ=31) gCCGGTTGCCTGATGCGACGTTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTTTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGAc < 1:3174407/100‑1 (MQ=12) gCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGa < 2:3257705/99‑1 (MQ=31) gCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGAc < 1:3765159/100‑1 (MQ=32) gCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGAc < 1:2088217/100‑1 (MQ=32) ccGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCaaccggcttgggcgttagctgtcggatgcggcgtaaccgccttatccgacctaccgg < 2:2510470‑M2/95‑58 (MQ=255) ccGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCaaccggcttgggcgttagatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccgacctacggggtgga < 1:2096556‑M2/100‑63 (MQ=255) cGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCaaccgtcttggacgtaagatgtcggatgaggcgtaaccgccttatccgacctacggggtggag < 1:1992010‑M2/100‑64 (MQ=255) cGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCaaccggcttgggcgttagataacagatgcggcgtaaccgccttatccgacctacggggtggag < 1:2224189‑M2/100‑64 (MQ=255) cGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCaaccggctcgggcgttggatgtcggatgcggcgtgaccgccttgtctgacctacggggtgccg < 1:1588473‑M2/100‑64 (MQ=255) cGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACAt < 2:2593737/100‑1 (MQ=32) cGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACAt < 1:700799/100‑1 (MQ=32) ggTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCaaccggcttgggcgttagatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccgccgtacggggtggag < 2:2129346‑M2/99‑64 (MQ=255) ggTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCaaccggcttgggcgttagatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccgacctacggggtggagc < 2:958603‑M2/100‑65 (MQ=255) ggTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCaaccggcttgggcgttagatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccgacctacggggtggagc < 1:2612668‑M2/100‑65 (MQ=255) ggTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCaaccggcttgggcgttagatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccgacctacggggtgcagc < 2:513897‑M2/100‑65 (MQ=255) ggTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCaaccggctcggacgttggatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccgacctacggggtggagc < 2:121726‑M2/100‑65 (MQ=255) ggTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATc < 2:1547826/100‑1 (MQ=32) ggTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATc > 2:3248247/1‑100 (MQ=32) ggTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATc < 1:1135453/100‑1 (MQ=33) gTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCaaccggctcgggcgttggatgtcggatgcggcgtgaccgccttgtctgacctacggggtgccgca < 1:2257793‑M2/100‑66 (MQ=255) gTTGCCTGATGCGACGCTGGCGAGTCTTATCAGGCaaccggcttgggcgttagatgtcggatgcggcgtaaccgccttatcggacctacggggtggagca < 2:2273596‑M2/100‑66 (MQ=255) tGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCaaccggcttgggcgttggatgtcggatgcggcgtaacctccttaaacgacctacggggtggaaga < 2:1015‑M2/98‑66 (MQ=255) tGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCaaccggcttgggcgttagatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccgacctacggggtggagcact < 2:2348483‑M2/100‑68 (MQ=255) tGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCaaccggcttgggcgttagatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccgacctacggggtggagcact < 1:3719699‑M2/100‑68 (MQ=255) tGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCaaccggcttgggcggtagatgtcggatgcggcgtaaccgccttgtccgagctacggggtggagta < 2:727735‑M2/98‑66 (MQ=255) tGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCaaccggctcggacgttggatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccaacctacggggtggagcact < 1:924600‑M2/100‑68 (MQ=255) tGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCaaccggctcggacgttggatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccaacctacggggtg < 2:1080667‑M2/93‑61 (MQ=255) tGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCaa < 1:967311/100‑1 (MQ=38) | GCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAA > NC_000913/2304623‑2304795 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |