New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? NC_000913 = 730045NA (NA)22 (0.170) 9/168 NT NA coding (463/4194 nt) rhsC Rhs protein with putative toxin domain; putative neighboring cell growth inhibitor
?NC_000913 = 730067 NA (NA)coding (485/4194 nt) rhsC Rhs protein with putative toxin domain; putative neighboring cell growth inhibitor

CTGGCCGCACTCTGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAG  >  NC_000913/730045‑730165
                      |                                                                                                  
cTGGCCGCACTCTGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCt                       >  2:1655185/1‑100 (MQ=31)
 tGGCCGCACTCTGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTg                      >  1:2059488/1‑100 (MQ=32)
 tGGCCGCACTCTGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTAGGCTg                      <  2:1856226/100‑1 (MQ=17)
 tGGCCGCACTCTGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGCGGCTGCTCGGCTg                      <  1:2662329/100‑1 (MQ=17)
  ggCCGCACTCTGGCAGGCGCTGCCGGATGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTAGCGACAAACAGTCCACAGACTCCATGGTGGCTGCTCGGCTg                      >  1:1333116/1‑99 (MQ=11)
  ggCCGCACTCTGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTgg                     >  2:433149/1‑100 (MQ=33)
  ggCCGCACTCTGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTgg                     <  1:3744040/100‑1 (MQ=32)
  ggCCGCACTCTGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTgg                     <  1:2491161/100‑1 (MQ=32)
  ggCCGCACTCTGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTgg                     >  1:3175551/1‑100 (MQ=33)
  ggCCGCACTCTGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTg                      >  2:1097207/1‑99 (MQ=32)
   gCCGCACTCTGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGgt                    <  1:3677684/100‑1 (MQ=32)
    gatctctctGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGgtg                   <  2:2431963/95‑1 (MQ=18)
    ccGCACTCTGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGctgctg                   >  1:3290/1‑100 (MQ=17)
    ccGCACTCTGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGgtg                   <  1:919407/100‑1 (MQ=33)
    ccGCACTCTGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGgtg                   <  1:611765/100‑1 (MQ=33)
    ccGCACTCTGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGgtg                   <  1:2131220/100‑1 (MQ=33)
    ccGCACTCTGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGgtg                   <  2:2528127/100‑1 (MQ=32)
    ccGCACTCTGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGgtg                   >  1:1827563/1‑100 (MQ=32)
    ccGCACTCTGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGgtg                   <  2:541896/100‑1 (MQ=33)
    ccGCACTCTGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCAGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGgtg                   >  1:3307908/1‑100 (MQ=17)
     cGCACTCTGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGgtgt                  <  1:1167233/100‑1 (MQ=33)
     cGCACTCTGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGgtgt                  >  2:925171/1‑100 (MQ=33)
      gCACTCTGGCAGGCGCTGCCGGAATAGCTTCGCCTGAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACGAACAGTCCGCAGGGGCCGAGGTGGGTACTCGGCTGGtgtg                 >  1:454788/1‑100 (MQ=11)
      gCACTCTGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTTTTCATTGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGtgtg                 <  1:1158823/100‑1 (MQ=11)
      gCACTCTGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGcgtg                 >  2:3473556/1‑100 (MQ=17)
       cACTCTGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGa                >  2:1092778/1‑100 (MQ=33)
         ctctGGCAGGCGCTGCCGGAAGATCGCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGTCGTCAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGtgtg                 <  2:1282855/97‑1 (MQ=11)
         ctctGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGgtgagatc              >  1:2431985/1‑95 (MQ=18)
         ctctGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAg               >  2:1732991/1‑99 (MQ=33)
            tGGCAGGCGCGGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCggg           <  2:1056896/100‑1 (MQ=18)
             ggCAGGCGCTGCCTGAAGAACTACGCTTAAGTCAGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGAGGCCGTGGAGGCTGCTAGGCTGGTGTGAGCggat          >  2:3678578/1‑98 (MQ=11)
             ggCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGt          >  1:212662/1‑100 (MQ=32)
             ggCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGt          >  2:653545/1‑100 (MQ=33)
             ggCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGt          <  1:664166/100‑1 (MQ=32)
             ggCAGGCGCTGCCGGAAGAAATCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCggg           >  2:3700828/1‑99 (MQ=18)
               cAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGc        >  1:2832622/1‑100 (MQ=33)
               cAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGc        <  1:1030140/100‑1 (MQ=33)
               cAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCGGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGc        >  2:175731/1‑100 (MQ=17)
                aGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGcc       >  1:1537576/1‑100 (MQ=32)
                 ggCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCg      <  1:1206327/100‑1 (MQ=33)
                 ggCGCTGCCGGAAGAACTCCACTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCAGCAGGGACCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCg      >  2:3322139/1‑100 (MQ=255)
                  gcgcTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCgg     <  2:3450946/100‑1 (MQ=32)
                   cgcTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGa    >  1:6238/1‑100 (MQ=32)
                    gcTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGaa   >  2:820710/1‑100 (MQ=32)
                      tGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAg  <  2:2192530/99‑1 (MQ=32)
                      |                                                                                                  
CTGGCCGCACTCTGGCAGGCGCTGCCGGAAGAACTCCGCTTAAGTCCGCATCGTTATCTGGCGACAAACAGTCCGCAGGGGCCGTGGTGGCTGCTCGGCTGGTGTGAGCGGGTGCCGGAAG  >  NC_000913/730045‑730165

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: 
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.