| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,657,603 | T→A | 15.8% | intergenic (+36/‑763) | hdeD → / → gadE | acid‑resistance membrane protein/gad regulon transcriptional activator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,657,603 | 0 | T | A | 15.8% | 378.3 / 54.5 | 151 | intergenic (+36/‑763) | hdeD/gadE | acid‑resistance membrane protein/gad regulon transcriptional activator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (70/57); new base A (13/11); total (83/68) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.11e-01 | |||||||||||
Only 100 of 160 total aligned reads displayed.
TGAACTGATATTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCATTGAAATAATTACCTGCTAGTGATTATTTCAACC > NC_000913/3657504‑3657701 | tGAACTGATATTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGAt > 1:278572/1‑100 (MQ=255) gAACTGATATTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACTCGGATCATAGTCAATTGAtg > 2:269805/1‑100 (MQ=255) gAACTGATATTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGAtg > 1:1656550/1‑100 (MQ=255) cTGATATTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACTCGGATCATAGTCACTTGAtg < 2:1307315/97‑1 (MQ=255) cTGATATTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGa > 1:134636/1‑100 (MQ=255) cTGATATTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGa > 2:3854749/1‑100 (MQ=255) tGATATTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGAc < 2:3703291/100‑1 (MQ=255) tGATATTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGAACATAGTCACTTGATGTGAc > 1:3161758/1‑100 (MQ=255) natatTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGACCATAGTCACTTGATGTGACt > 2:1226043/2‑100 (MQ=255) gATATTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACt > 1:1127957/1‑100 (MQ=255) gATATTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGACAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATCATTACCCCGGTTGGCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACt < 2:1688833/100‑1 (MQ=255) atatTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCGTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGCTTGTCACCCGGATCATAGTCACATCAAGTGACTa < 1:1555127/100‑1 (MQ=38) tatTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTAt > 2:1762369/1‑100 (MQ=255) tatTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTAt < 1:3692018/100‑1 (MQ=255) tatTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCAACCGGAACATAGTCCCTTGATGTGACTa > 2:1591985/1‑99 (MQ=255) tttATCGCCGCCAGCCTGTCCACCTTTGTGAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTTCCCCGGTTGTCTCTCGTATTATAGTCACATCAAGTGACTAt < 2:3494624/98‑1 (MQ=255) ttAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGa > 1:3277441/1‑99 (MQ=255) ttAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGAt < 1:887022/100‑1 (MQ=255) aGCGCTGCCAGCCTGTTCAGCTTTGCCAGTTTGTTCGTTAAGTAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACATCAAGTGACTATGATcc < 1:100964/100‑1 (MQ=37) aGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATcc > 2:1307229/1‑100 (MQ=255) gcgcCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGAACATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCg > 1:1939964/1‑100 (MQ=255) 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2:3547806/97‑1 (MQ=255) gccAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTaa > 2:1631128/1‑100 (MQ=255) gccAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGAACATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTaa > 1:3447228/1‑100 (MQ=255) ccAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGCTGTCACCCGGACCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAAt > 2:3191121/1‑100 (MQ=255) ccTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATActc < 2:2898675/100‑1 (MQ=255) ccTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATActc < 1:643948/100‑1 (MQ=255) gTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATActctct > 1:3845143/1‑100 (MQ=255) gTTCAGCTTCGCCAGTATGTTCGATAAGCAGCAATAATTACCCAGGTTATCACCCGGAAAATAGTCAATTAATGTAACTATGATCCGATTAATActctc > 2:2120911/1‑99 (MQ=255) ttCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAAGTACCCCGGTTGTCACCCAGAGCATAGTCACTTGATATGACAATAATCCGAGTAATACtctctc > 1:3735813/1‑100 (MQ=255) aGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGc < 1:3429250/100‑1 (MQ=255) gCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCt > 2:3359139/1‑100 (MQ=255) cTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTa > 2:3556523/1‑100 (MQ=255) tCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACg > 2:2034593/1‑100 (MQ=255) tCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATAATCTCTACGATACg > 1:2086061/1‑100 (MQ=255) gCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGAACATAGTCACTTAATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGc > 2:2959632/1‑99 (MQ=255) ccAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAg > 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gTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTTTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATc < 1:58088/100‑1 (MQ=255) gTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATc < 2:3588354/100‑1 (MQ=255) aaGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAAt > 2:1199937/1‑100 (MQ=255) gcagcaATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTg > 2:1451144/1‑100 (MQ=255) agcaATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTgcg > 2:1614831/1‑100 (MQ=255) agcaATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGAGCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTgc > 2:2870046/1‑99 (MQ=255) gcaATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTgcgc > 1:569797/1‑100 (MQ=255) gcaATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTgcgc > 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gATCATAGTCACATCAAGTGACTATGATCCGATTTATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCATTGAAATAATTACCTGCTa > 2:2900571/1‑100 (MQ=38) gATCATAGTCACATCAAGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCATTGAAATAATTACCTGCTa > 1:2825885/1‑100 (MQ=38) gATCATAGTCACATCAAGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAACTGCGCACTATCATTGAAATAATTAACTGCTa > 1:948219/1‑100 (MQ=38) cATAGTCACATCAAGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCATTGAAATAATTACCTGCTAGTg > 2:3300007/1‑100 (MQ=39) cATAGTCACATCAAGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCATTGAAATAATTACCTGCTAGTg > 1:2397039/1‑100 (MQ=39) aTAGTCACATCAAGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCATTGAAATAATTACCTGCTAGTGa > 1:145714/1‑100 (MQ=39) tAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCATTGAAATAATTACCTGCTAGTg < 1:219319/98‑1 (MQ=255) tAGTCACTTGATGTGACTATAATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCATTGAAATAATTACCTGCTAGTGat > 2:637454/1‑100 (MQ=255) aGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCATTGAAATAATTACCTGCTATTGatt > 2:3268682/1‑100 (MQ=255) aGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCATTGAAATAATTACCTGCTAGTGatt > 2:2565584/1‑100 (MQ=255) gTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCATTGAAATAATTACCTGCTAGTGatta < 2:2011890/100‑1 (MQ=255) gTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCATTGAAATAATTACCTGCTAGTGatta > 2:3760994/1‑100 (MQ=255) cTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCATTGAAATAATTACCTGCTAGTGATTATTTc < 1:1751439/100‑1 (MQ=255) cTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCATTGAAATAATTACCTGCTAGTGATTATTTc < 2:2441683/100‑1 (MQ=255) tGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCATTGAAATAATTACCTGCTAGTGATTATTTCaa < 2:432647/100‑1 (MQ=255) tGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCATTGAAATAATTACCTGCTAGTGATTATTTCaa < 1:503822/100‑1 (MQ=255) gATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCATTGAAATAATTACCTGCTAGTGATTATTTCAAc > 2:2314693/1‑100 (MQ=255) aTGTGACTATGATCCTATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCATTGAAATAATTACCTGCTAGTGATTATTTCAAcc < 1:409619/100‑1 (MQ=255) tgtgACTATGATCCGATTTATACTCTCTCCGCTTCGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCATTGAAATAATTACCTGCTAGTGATTATTTCAAcn < 1:3496979/99‑2 (MQ=255) | TGAACTGATATTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCATTGAAATAATTACCTGCTAGTGATTATTTCAACC > NC_000913/3657504‑3657701 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |