| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 234,308 | T→C | 22.1% | T159A (ACA→GCA) | gloB ← | hydroxyacylglutathione hydrolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 234,308 | 0 | T | C | 22.1% | 298.3 / 85.8 | 164 | T159A (ACA→GCA) | gloB | hydroxyacylglutathione hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (65/62); new base C (16/20); total (82/82) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.72e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 164 total aligned reads displayed.
TTACGATAATAATCATTTATGGACAAATCGTGCGGAAGAATACTCAAAGCAAACTTCATATTTGATAAGGTATATTCATGAGCACAACATACCAATGTATCGTCAGGTAACGCACTTAACTTTTTAAGTGATTGATACATTTGTGATGCTGTCCCTTCAAACAACCGACCACACCCACCAGAAAACAGTGTGT > NC_000913/234211‑234403 | tACGATAATAATCATTTATGGACAAATCGTGCGGAAGAATACTCAAAGCAAACTTCATATTTGATAAGGTATATTCATGAGCACAACATACCAATGCATc < 1:3176897/100‑1 (MQ=255) aCGATAATAATCATTTATGGACAAATCGTGCGGAAGAATACTCAAAGCAAACTTCATATTTGATAAGGTATATTCATGAGCACAACATACCAATGTAt > 1:1490255/1‑98 (MQ=255) gATAATAATCATTTATGGACAAATCGTGCGGAAGAATACTCAAAGCAAACTTCATATTTGATAAGGTATATTCATGAGCACAACATACCAATGTATCGTc < 1:3062767/100‑1 (MQ=255) ataataATCATTTATGGACAAATCGTGCGGAAGAATACTCAAAGCAAACTTCATATTTGATAAGGTATATTCATGAGCACAACATACCAATGTATCGTCa < 2:2990929/100‑1 (MQ=255) ataataATCATTTATGGACAAATCGTGCGGAAGAATACTCAAAGCAAACTTCATATTTGATAAGGTATATTCATGAGCACAACATACCAATGTATCGTCa < 1:1958620/100‑1 (MQ=255) ataataAGCATTTATGGACAAATCGTGCGGAAGAATACTCAAAGCAAACTTCATATGTGATAAGGTATATTCATGAGCACAACATACCAATGTATCGTc < 2:3191067/99‑1 (MQ=255) taataaTCATTTATGGACAAATCGTGCGGAAGAATACTCAAAGCAAACTTCATATTTGATAAGGTATATTCATGAGCACAACATACCAATGTATCGTCAg > 2:3749005/1‑100 (MQ=255) ataatCATTTATGGACAAATCGTGCGGAAGAATACTCAAAGCAAACTTCATATTTGATAAGGTATATTCATGAGCACAACATACCAATGTATCGTCAGGt < 1:791641/100‑1 (MQ=255) taatCATTTATGGACAAATCGTGCGGAAGATTACTCAAAGCAAAATTCATATTTTATAAGCTATATTTATGAGCACAACATACCAATGTTGGGTCAgg > 2:1179246/1‑98 (MQ=255) taatCATTTATGGACAAATCGTGCGGAAGAATACTCAAAGCAAACTTCATATTTGATAAGGTATATTCATGAGCACAACATACCAATGTATCGTCAGGTa > 1:1114303/1‑100 (MQ=255) taatCATTTATGGACAAATCGTGCGGAAGAATACTCAAAGCAAACTTCATATTTGATAAGGTATATTCATGAGCACAACATACCAATGTATCGTCAGGTa > 1:544569/1‑100 (MQ=255) aatCATTTATGGACAAATCGTGCGGAAGAATACTCAAAGCAAACTTCATATTTGATAAGGTATATTCATGAGCACAACATACCAATGTATCGTCAGGTaa > 1:1409313/1‑100 (MQ=255) aatCATTTATGGACAAATCGTGCGGAAGAATACTCAAAGCAAACTTCATATTTGATAAGGTATATTCATGAGCACAACATACCAATGTATCGTCAGGTaa > 2:2592993/1‑100 (MQ=255) atCATTTATGGACAAATCGTGCGGAAGAATACTCAAAGCAAACTTCATATTTGATAAGGTATATTCATGAACACAACATACCAATGTAACGTCAGGTAAc > 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1:2091718/1‑100 (MQ=255) ggAAGAATACTCAAAGCAAACTTCATATTTGATAAGGTATATTCATGAACACAACATACCAATGTATCGTCAGTTAATGAACTTTACTTTTTAAGtgc > 2:2913573/1‑97 (MQ=255) ggAAGAATACTCAAAGCAAACTTCATATTTGATAAGATATATTCATGAGCACAACATACCAATGTATCGTCAGGTAACGCACTTAACTTTTTAAGtgatt > 1:3587593/1‑100 (MQ=255) gaagaaTACTCAAAGCAAACTTCATATTTGATAAGGTATATTCATGAGCACAACATACCAATGTATCGTCAGGTAACGCACTTAACTTTTTAAGtgattg < 2:149943/100‑1 (MQ=255) gaagaaTACTCAAAGCAAACTTCATATTTGATAAGGTATATTCATGAGCACAACATACCAATGTATCGTCAGGTAACGCACTTAACTTTTTAAGtgattg > 2:3697721/1‑100 (MQ=255) gaagaaTACTCAAAGCAAACTTCATATTTGATAAGGTATATTCATGAGCACAACATACCAATGTATCGTCAGGTAACGCACTTAACTTTTTAAGtgatt > 2:2460412/1‑99 (MQ=255) agaaTACTCAAAGCAAACTTCATATTTGATAAGGTATATTCATGAGCACAACATACCAATGTATCGTCAGGTAACGCACTTAACTTTTTAAGtgattgat > 1:3835364/1‑100 (MQ=255) agaaTACTCAAAGCAAACTTCATATTTGATAAGGTATATTCATGAGCACAACATACCAATGTATCGTCAGGTAACGCACTTAACTTTTTAAGtgattgat > 2:3097815/1‑100 (MQ=255) gaaTACTCAAAGCAAACTTCATATTTGATAAGGTATATTCATGAGCACAACATACCAATGTATCGTCAGGTAACGCACTTAACTTTTTAAGTGATTGATa < 2:909811/100‑1 (MQ=255) ncTCAAAGCAAACTTCATATTTGATAAGGTATATTCATGAGCACAACATACCAATGCATCGTCAGGTAACGCACTTAACTTTTTAAGTGATTGATACAtt > 2:249156/2‑100 (MQ=255) cTCAAAGCAAACTTCATATTTGATAAGGTATATTCATGAGCACAACATACCAATGTATCGTCAGGTAACGCACTTAACTTTTTAAGTGATTGATACAttt > 1:3356699/1‑100 (MQ=255) cTCAAAGCAAACTTCATATTTGATAAGGTATATTCATGAGCACAACATACCAATGTATCGTCAGGTAACGCACTTAACTTTTTAAGTGATTGATACAttt > 1:3089944/1‑100 (MQ=255) cTCAAAGCAAACTTCATATTTGATAAGGTATATTCATGAGCACAACATACCAATGCATCGTCAGGTAACGAACTTAACTTTTTAAGTGATTGATACAttt > 2:365045/1‑100 (MQ=255) tCAAAGCAAACTTCATATTTGATAAGGTATATTCATGAGCACAACATACCAATGCATCGTCAGGTAACGCACTTAACTTTTTAAGTGATTGATACATTtg > 1:1381978/1‑100 (MQ=255) cAAAGCAAACTTCATATTTGATAAGGTATATTCATGAGCACAACATACCAATGTATCGTCAGGTAACGCACTTAACTTTTTAAGTGATTGATACATTtgt < 1:3204659/100‑1 (MQ=255) cAAAGCAAACTTCATATTTGATAAGGTATATTCATGAGCACAACATACCAATGTATCGTCAGGTAACGCACTTAACTTTTTAAGTGATTGATACATTtgt > 2:3708733/1‑100 (MQ=255) aaGCAAACGTCATATTTGATAAGGTATATTCATGAGCACAACATTCCTATGTATCGTCAGGTAACGCACTTAACTTTTTAAGTGATTGATACATTTGTGa < 1:67250/100‑1 (MQ=255) cAAACTTCATATTTGATAAGGTATATTCATGAGCACAACATACCAATGTATCGTCAGGTAACGCACTTAACTTTTTAAGTGATTGATACATTTGTGATGc > 2:831419/1‑100 (MQ=255) cAAACTTCATATTTGATAAGGTATATTCATGAGCACAACATACCAATGTATCGTCAGGTAACGCACTTAACTTTTTAAGTGATTGATACATTTGTGATGc < 1:1129830/100‑1 (MQ=255) cAAACTTCATATTTGATAAGGTATATTCATGAGCACAACATACCAATGTATCGTCAGGTAACGCACTTAACTTTTTAAGTGATTGATACATTTGTGATGc < 2:1661668/100‑1 (MQ=255) cTTCATATTTGATAAGGTATATTCATGAGCACAACATACCAATGTATCGTCAGGTAACGCACTTAACTTTTTAAGTGATTGATACATTTGTGATGCTGt > 1:720616/1‑99 (MQ=255) cTTCATATTTGATAAGGTATATTCATGAGCACAACATACCAATGTATCGTCAGGTAACGCACTTAACTTTTTAAATGATTGATACATTTGTGATGCTGt > 2:652356/1‑99 (MQ=255) cTTCATATTTGATAAGGTATATTCATGAGCACAACATACCAATGTATCGTCAGGAAACGCAATTAACTTATTAAGCAATTGATACATTTGTGATGCTGTc > 1:170175/1‑100 (MQ=255) 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1:2459975/100‑1 (MQ=255) atTTGATAAGGTATATTCATGAGCACAACATACCAATGTATCGTCAGGTAACGCACTTAACTTTTTAAGTGATTGATACATTTGTGATGCTGTCCCTTCa > 1:190481/1‑100 (MQ=255) atTTGATAAGGTATATTCATGAGCACAACATACCAATGTATCGTCAGGTAACGCACTTAACTTTTTAAGTGATTGATACATTTGTGATGCTGTCCCTTCa < 2:3456443/100‑1 (MQ=255) atTTGATAAGGTATATTCATGAGCACAACATACCAATGCATCGTCAGGTAACGCACTTAACTTTTTAAGTGATTGATACATTTGTGATGCTGTCCCTTCa < 2:2924993/100‑1 (MQ=255) ttGATAAGGTATATTCATGAGCACAACATACCAATGTATCGTCAGGTAACGCACTTAACTTTTTAAGTGATTGATACATTTGTGATGCTGTCCCTTCaaa < 1:880454/100‑1 (MQ=255) ttGATAAGGTATATTCATGAGCACAACATACCAATGCATCGTCAGGTAACGCACTTAACTTTTTAAGTGATTGATACATTTGTGATGCTGTCCCTTCaaa < 2:2440751/100‑1 (MQ=255) gATAAGGTATATTCATGAGCACAACATACCAATGTATCGTCAGGTAACGCACTTAACTTTTTAAGTGATTGATACATTTGTGATGCTGTCCCTTCAaaca < 1:3820145/100‑1 (MQ=255) aaGGTATATTCATGAGCACAACATACCAATGTATCGTCAGGTAACGCTCTTATCTTTTTAAGTGTTTGATATATTTGTGATGCTGTGCCTTCAaacaac < 2:527513/99‑1 (MQ=255) 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ccAATGTATCGTCAGGTAACGCACTTAACTTTTTAAGTGATTGATACATTTGTGATGCTGTCCCTTCAAACAACCGACCACACCCACCAGAAAACAgtgt > 1:1810588/1‑100 (MQ=255) cAATGTATCGTCAGGTAACGCACTTAACTTTTTAAGTGATTGATACATTTGTGATGCTGTCCCTTCAAACAACCGACCACACCCACCAGAAAACAgtgtg < 1:1043403/100‑1 (MQ=255) cAATGTATCGTCAGGTAACGCACTTAACTTTTTAAGTGATTGATACATTTGTGATGCTGTCCCTTCAAACAACCGACCACACCCACCAGAAAACAgtgtg < 1:2779478/100‑1 (MQ=255) cAATGTATCGTCAGGTAACGCACTTAACTTTTTAAGTGATTGATACATTTGTGATGCTGTCCCTTCAAACAACCGACCACACCCACCAGAAAACAgtgtg < 2:3092927/100‑1 (MQ=255) | TTACGATAATAATCATTTATGGACAAATCGTGCGGAAGAATACTCAAAGCAAACTTCATATTTGATAAGGTATATTCATGAGCACAACATACCAATGTATCGTCAGGTAACGCACTTAACTTTTTAAGTGATTGATACATTTGTGATGCTGTCCCTTCAAACAACCGACCACACCCACCAGAAAACAGTGTGT > NC_000913/234211‑234403 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |