| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,620,227 | C→G | 18.1% | intergenic (+20/+11) | marB → / ← eamA | periplasmic mar operon regulator/cysteine and O‑acetyl‑L‑serine efflux system |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,620,227 | 0 | C | G | 18.1% | 262.8 / 56.3 | 113 | intergenic (+20/+11) | marB/eamA | periplasmic mar operon regulator/cysteine and O‑acetyl‑L‑serine efflux system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (33/58); new base G (10/10); total (44/69) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.13e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.80e-01 | |||||||||||
Only 100 of 117 total aligned reads displayed.
TGATTTAAATCACATGGGTACTGGCAGTGATAAGTCGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGATATACAGCCCGGTCATAATGAGCACCGCACCTAAAAATT > NC_000913/1620129‑1620326 | gATTTAAATCACATGGGTACTGGCAGTGATAAGTCGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACAtct > 1:1813398/1‑99 (MQ=255) ttAAATCACATGGGTACTGGCAGTGATAAGTCGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCggg > 1:2142746/1‑100 (MQ=255) ttAAATCACATGGGTACTGGCAGTGATAAGTCGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCggg < 1:3873435/100‑1 (MQ=255) tAAATCACATGGGTACTGGCAGTGATAAGTCGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGAGATGTCgggg < 1:2603531/100‑1 (MQ=255) aaccaacaTGGGTAATGGCAGTGATAAGTAGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAGTTTTTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGc < 2:2945382/95‑1 (MQ=255) aaaTCACATGGGTACTGGCAGTGATAAGTCGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGc < 2:3811151/100‑1 (MQ=255) aaTCACATGGGTACTGGCAGTGATAAGTCGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCt < 1:2937174/100‑1 (MQ=255) aTCACATGGGTACTGGCAGTGATAAGTCGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGCGATGTCGGGGcca < 2:2413297/100‑3 (MQ=255) aTCACATGGGTACTGGCAGTGATAAGTCGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTAGAATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCt < 2:2352770/99‑1 (MQ=255) tCACATGGGTACTGGCAGTGATAAGTCGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGAGATGTCGGGGccag < 2:40727/100‑4 (MQ=255) cacaTGGGTACTGGCAGTGATAAGTCGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGAGATGTCGGGGccaga < 2:1506540/100‑5 (MQ=255) cacaTGGGTACTGGCAGTGATAAGTCGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGAGATGTCGGGGccaga < 2:1371515/100‑5 (MQ=255) cacaTGGGTACTGGCAGTGATAAGTCGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCttat > 2:418152/1‑100 (MQ=255) acaTGGGTACTGGCAGTGATAAGTCGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCttatt < 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1:600840/1‑100 (MQ=255) ggCAGTGATAAGTCGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCAcc < 2:3563361/100‑1 (MQ=255) ggCAGTGATAAGTCGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCAcc > 1:2714755/1‑100 (MQ=255) gATAAGTCGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTAcn < 1:2093176/100‑2 (MQ=255) aTAAGTCGGATGCGCTCGACGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATTTAGTTTGTTCTGGCCCTGACATCTCGGTTCTTATTAACTTCCCACCttaa < 2:1754257/97‑3 (MQ=255) tAAGTCGGATGCGCTCGGCGTGCCTTATTATAATCAACAGGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGc < 1:677336/100‑1 (MQ=255) tAAGTCGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGc > 2:1371681/1‑100 (MQ=255) aaGTCGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCt < 1:669168/100‑1 (MQ=255) aGTCGGATGCGCTCGGCGTGACCTATTATAATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATATCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCtt > 2:636929/1‑100 (MQ=255) tCGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTa < 1:3136206/100‑1 (MQ=255) cGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGTCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTAc < 2:1924364/100‑1 (MQ=255) cGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTAc > 1:247635/1‑100 (MQ=255) ggATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACg < 1:2002222/100‑1 (MQ=255) gATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGc > 1:2815051/1‑100 (MQ=255) aTGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGcc > 2:1357367/1‑100 (MQ=255) cgcTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCAcc < 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2:124942/100‑1 (MQ=255) cTATAATAATCAACACGCTATGTAGATTGATCTAGCCCCGACATCTCGCGGCTTATTAACCTCCCACCTTCACCGCTTTAAGCCCCCGCAAACCAAATAc > 2:2344870/1‑100 (MQ=255) ttatAATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACAtt < 1:3807281/100‑1 (MQ=255) ttatAATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACAtt < 1:149578/100‑1 (MQ=255) ttatAATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACAtt > 1:1830596/1‑100 (MQ=255) tataATGAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACAtt < 2:393293/99‑1 (MQ=255) tataATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGTCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTg < 1:161036/100‑1 (MQ=255) tataATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTg > 1:3666478/1‑100 (MQ=255) 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1:3645516/100‑1 (MQ=255) gTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGATATACAGCCCGGTCAt > 1:1577118/1‑100 (MQ=255) tAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAACCAAATACATTGATATACAGCCCGGTCATa > 1:1606292/1‑100 (MQ=255) aGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGATATACAGCCCGGTCATaa < 1:3259889/100‑1 (MQ=255) gTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTGACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCTCCGCAAGCCAAATACTTTGATATACAGCCCGGTCATAAt < 2:3344987/100‑1 (MQ=255) gTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGATATACAGCCCGGTCATAAt > 1:3141981/1‑100 (MQ=255) gttaataagCCCCGAGATGTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAACCAAATACATTAATATACAGCCCGGTCATAATGa > 1:622785/9‑100 (MQ=38) ttaataagCCCCGAGATGTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGATATACAGCCCGGTCATAATGAg > 1:3910724/8‑100 (MQ=255) 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1:1450587/100‑1 (MQ=255) agCCCCGAGATGTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGATATACAGCCCGGTCATAATGAgcaccgc > 1:1169366/2‑100 (MQ=255) agCCCCGAGATGTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGATATACAGCCCGGTCATAATGAgcaccgc > 2:2458034/2‑100 (MQ=255) agCCCCGAGATGTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCACTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGATATACAGCCCGGTCATAATGAgcaccgc > 1:2331958/2‑100 (MQ=255) gCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGATATACAGCCCGGTCATAATGAgcaccgca < 1:1122070/100‑1 (MQ=255) ccccGACATCTCGGGGCTTATTAACTTTCCTCCTTTTCCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGATATACAGCCCGGTCATAATGAgcaccgcac < 1:1219478/100‑1 (MQ=255) ccccGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGATATACAGCCCGGTCATAATGAgcaccgcac > 2:2325299/1‑100 (MQ=255) cccGAGATGTCGGGGCCTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGATATACAGCCCGGTCATAATGAgcaccgcacc > 2:2018315/1‑100 (MQ=255) cccGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGATATACAGCCCGGTCATAATGAgcaccgcacc < 2:1606277/100‑1 (MQ=255) gACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGATATACAGCCCGGTCATAATGAGCACCGCACCTaa > 1:2240296/1‑100 (MQ=255) ctcGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGATATACAGCCCGGTCATAATGAGCACCGCACCTAAAAAtt > 1:2240917/1‑100 (MQ=255) ctcGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGATATACAGCCCGGTCATAATGAGCACCGCACCTAAAAAtt > 1:2696872/1‑100 (MQ=255) | TGATTTAAATCACATGGGTACTGGCAGTGATAAGTCGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGATATACAGCCCGGTCATAATGAGCACCGCACCTAAAAATT > NC_000913/1620129‑1620326 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |