| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 285,202 | T→A | 15.2% | intergenic (+34/‑193) | yagF → / → yagG | CP4‑6 prophage; dehydratase family protein/CP4‑6 prophage; putative sugar transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 285,202 | 0 | T | A | 15.2% | 378.5 / 52.2 | 145 | intergenic (+34/‑193) | yagF/yagG | CP4‑6 prophage; dehydratase family protein/CP4‑6 prophage; putative sugar transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (48/75); new base A (8/14); total (56/89) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.90e-01 | |||||||||||
Only 100 of 148 total aligned reads displayed.
TGTATTTATGACACCGATAAAATTATCGAGGTAATTAACGCCGGTAAAAAAGCGCTCGGAATTTAATTATTTTAAGAGATAAAACCGTCTGCGGAATATTTCCCGCAGACGGCTTTGTTGTTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGAGATATATCGTTGGCGTCACAAAAGCAAAATAACGTAATTCGGAA > NC_000913/285103‑285300 | tGTATTTATGACACCGATAAAATTATCGAGGTAATTAACGCCGGTAAAAAAGCGCTCGGAATTTAATTATTTTAAGAGATAAAACCGTCTGCGGAATAtt < 1:2796487/100‑1 (MQ=255) gTATTTATGACACCGATAAAATTATCGAGGTAATTAACTCAGGTAAAAAAGCGCTCGGGATTTAATTATTTTAAGAGATAAAACCGTCTGCGGAATAttt < 2:2122678/100‑1 (MQ=255) tATTTATGACACCGATAAAATTATCGAGGTAATTAACGCCGGTAAAAAAGCGCTCGGAATTTAATTATTTTAAGAGATAAAACCGTCTGCGGAATATTTc > 1:1500528/1‑100 (MQ=255) tATTTATGACACCGATAAAATTATCGAGGTAATTAACGCCGGTAAAAAAGCGCTCGGAATTTAATTATTTTAAGAGATAAAAACGTCTGCGGAATATTTc > 2:3162156/1‑100 (MQ=255) aTTTATGACACCGATAAAATTATCGAGGTAATTAACGCCGGTAAAAAAGCGCTCGGAATTTAATTATTTTAAGAGATAAAACCGTCTGCGGAATATTTcc < 2:2660661/100‑1 (MQ=255) aTTTATGACACCGATAAAATTATCGAGGTAATTAACGCCGGTAAAAAAGCGCTCGGAATTTAATTATTTTAAGAGATAAAACCGTCTGCGGAATATTTcc < 2:2301603/100‑1 (MQ=255) 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(MQ=38) aTAAAATTATCGAGGTAATTAACGCCGGTAAAAAAGCGCTCGCAATTTAATTATTTTAAGAGATAAAACCGTCTGCGGGAAATATTCCGCAGACGGtttt < 2:2742101/100‑1 (MQ=37) tAAAATTATCGAGGTAATTAACGCCGGTAAAAAAGCGCTCGGAATTTAATTATTTTAAGAGATAAAACCGTCTGCGGAATATTTCCCGCAGACGGCAttg > 1:3572674/1‑100 (MQ=255) aaaTTATCGAGGTAATTAACGCCGGTAAAAAAGCGCTCGGAATTTAATTATTTTAAGAGATAAAACCGTCTGCGGAATATTTCCCGCAGACGGCTttgtt > 1:2893724/1‑100 (MQ=255) aaaTTATCGAGGTAATTAACGCCGGTAAAAAAGCGCTCGGAATTTAATTATTTTAAGAGATAAAACCGTCTGCGGAATATTTCCCGCAGACGGCTttgtt > 1:1925596/1‑100 (MQ=255) aaaTTATCGAGGTAATTAACGCCGGTAAAAAAGCGCTCGGAATTTAATTATTTTAAGAGATAAAACCGTCTGCGGAATATTTCCCGCAGACGGCCttgtt > 1:1546318/1‑100 (MQ=255) aaaatcaatgTAATTAACGCCGGTAAAAAAGCGCTCGGAATTTAATTATTTTAAGAGATAAAACCGTCTGCGGAATATTTCCCGCAGCCGGCTTtgttgt < 2:718595/91‑1 (MQ=255) aTTATCGAGGTAATTAACGCCGGTAAAAAAGCGCTCGGAATTTAATTATTTTAAGAGATAAAACCGTCTGCGGAATATTTCCCGCAGACGGCTttgtt < 2:2255695/98‑1 (MQ=255) aTCGAGGTAATTAACGCCGGTAAAAAAGCGCTCGGAATTTAATTATTTTAAGAGATAAAACCGTCTGCGGAATATTTCCCGCAGACGGCTTTGTTGtttt < 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1:2325913/1‑100 (MQ=255) aaTTTTTCCCGCAGACGGCTTTGTTGTTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGAGATATATCGTTGGCGTCACAAAAGCAAAATAACGTAATTc < 2:2041019/100‑1 (MQ=255) atTTCCCGCAGACGGCTTTGTTGTTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGAGATATATCGTTGGCGTCACAAAAGCAAAATAACGTAATTCgg < 2:1689823/99‑1 (MQ=255) tttCCCGCAGACGGCTTTGTTTTTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGAGATATATCGTTGGCGTCACAAAAGCTAAATAACGTAATTCGGaa < 2:2325891/100‑1 (MQ=255) | TGTATTTATGACACCGATAAAATTATCGAGGTAATTAACGCCGGTAAAAAAGCGCTCGGAATTTAATTATTTTAAGAGATAAAACCGTCTGCGGAATATTTCCCGCAGACGGCTTTGTTGTTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGAGATATATCGTTGGCGTCACAAAAGCAAAATAACGTAATTCGGAA > NC_000913/285103‑285300 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |