| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 285,204 | C→T | 16.2% | intergenic (+36/‑191) | yagF → / → yagG | CP4‑6 prophage; dehydratase family protein/CP4‑6 prophage; putative sugar transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 285,204 | 0 | C | T | 16.2% | 299.0 / 42.0 | 135 | intergenic (+36/‑191) | yagF/yagG | CP4‑6 prophage; dehydratase family protein/CP4‑6 prophage; putative sugar transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (43/69); new base T (8/14); total (51/84) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.07e-03 | |||||||||||
Only 100 of 147 total aligned reads displayed.
TATTTATGACACCGATAAAATTATCGAGGTAATTAACGCCGGTAAAAAAGCGCTCGGAATTTAATTATTTTAAGAGATAAAACCGTCTGCGGAATATTTCCCGCAGACGGCTTTGTTGTTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGAGATATATCGTTGGCGTCACAAAAGCAAAATAACGTAATTCGGAAATA > NC_000913/285105‑285303 | tATTTATGACACCGATAAAATTATCGAGGTAATTAACGCCGGTAAAAAAGCGCTCGGAATTTAATTATTTTAAGAGATAAAACCGTCTGCGGAATATTTc > 1:1500528/1‑100 (MQ=255)tATTTATGACACCGATAAAATTATCGAGGTAATTAACGCCGGTAAAAAAGCGCTCGGAATTTAATTATTTTAAGAGATAAAAACGTCTGCGGAATATTTc > 2:3162156/1‑100 (MQ=255) aTTTATGACACCGATAAAATTATCGAGGTAATTAACGCCGGTAAAAAAGCGCTCGGAATTTAATTATTTTAAGAGATAAAACCGTCTGCGGAATATTTcc < 2:2660661/100‑1 (MQ=255) aTTTATGACACCGATAAAATTATCGAGGTAATTAACGCCGGTAAAAAAGCGCTCGGAATTTAATTATTTTAAGAGATAAAACCGTCTGCGGAATATTTcc > 1:1699978/1‑100 (MQ=255) aTTTATGACACCGATAAAATTATCGAGGTAATTAACGCCGGTAAAAAAGCGCTCGGAATTTAATTATTTTAAGAGATAAAACCGTCTGCGGAATATTTcc < 2:2301603/100‑1 (MQ=255) aTTTATGACACCGATAAAATTATCGAGGTAATTAACGCCGGTAAAAAAGCGCTCGGAATTTAATTATTTTAAGAAATAAAACCGTCTGCGGAATATTTcc > 1:2255715/1‑100 (MQ=255) 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aaaTTATCGAGGTAATTAACGCCGGTAAAAAAGCGCTCGGAATTTAATTATTTTAAGAGATAAAACCGTCTGCGGAATATTTCCCGCAGACGGCTttgtt > 1:1925596/1‑100 (MQ=255) aaaTTATCGAGGTAATTAACGCCGGTAAAAAAGCGCTCGGAATTTAATTATTTTAAGAGATAAAACCGTCTGCGGAATATTTCCCGCAGACGGCCttgtt > 1:1546318/1‑100 (MQ=255) aaaatcaatgTAATTAACGCCGGTAAAAAAGCGCTCGGAATTTAATTATTTTAAGAGATAAAACCGTCTGCGGAATATTTCCCGCAGCCGGCTTtgttgt < 2:718595/91‑1 (MQ=255) aTTATCGAGGTAATTAACGCCGGTAAAAAAGCGCTCGGAATTTAATTATTTTAAGAGATAAAACCGTCTGCGGAATATTTCCCGCAGACGGCTttgtt < 2:2255695/98‑1 (MQ=255) ttATCGAGGTAATTAACGCCGGTAAAAAAGCGCTCGGAATTTAATTATTTTAAGAGATAAAGCCGTCTGCGGGAAATATTCCGCAGACGGttttatctct < 1:3302035/100‑7 (MQ=18) tCGAGGTAATTAACGCCGGTAAAAAAGCGCTCGGAATTTAATTATTTTAAGAGATAAAGCCGTCTGCGGGAAATATTCCGCAGACGGttttatctcttaa < 1:2940604/100‑10 (MQ=18) gAGGTAATTAACGCCGGTAAAAAAGCGCTCGGAATTTAATTATTTTAAGAGATAAAACCGTCTGCGGAATATTTCCCGCAGACGGCTTTGTTGTTTTTGa > 1:3005075/1‑100 (MQ=255) gAGGTAATTAACGCCGGTAAAAAAGCGCTCGGAATTTAATTATTTTAAGAGATAAAACCGTCTGCGGAATATTTCCCGCAGACGGCTTTGTTGTTTTTGa < 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1:2325913/1‑100 (MQ=255) aaTTTTTCCCGCAGACGGCTTTGTTGTTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGAGATATATCGTTGGCGTCACAAAAGCAAAATAACGTAATTc < 2:2041019/100‑1 (MQ=255) tttCCCGCAGACGGCTTTGTTTTTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGAGATATATCGTTGGCGTCACAAAAGCTAAATAACGTAATTCGGaa < 2:2325891/100‑1 (MQ=255) cccGCAGACGGCTTTGTTGTTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGAGATATATCGTTGGCGTCACAAAAGCAAAATAACGTAATTCGGAAATa > 1:765129/1‑100 (MQ=255) | TATTTATGACACCGATAAAATTATCGAGGTAATTAACGCCGGTAAAAAAGCGCTCGGAATTTAATTATTTTAAGAGATAAAACCGTCTGCGGAATATTTCCCGCAGACGGCTTTGTTGTTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGAGATATATCGTTGGCGTCACAAAAGCAAAATAACGTAATTCGGAAATA > NC_000913/285105‑285303 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |