| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,835,622 | G→A | 100% | R36R (CGG→CGA) | ynjA → | carboxymuconolactone decarboxylase family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,835,622 | 0 | G | A | 97.6% | 369.6 / ‑0.4 | 123 | R36R (CGG→CGA) | ynjA | carboxymuconolactone decarboxylase family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/1); new base A (56/63); total (59/64) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.04e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.72e-01 | |||||||||||
Only 100 of 123 total aligned reads displayed.
GCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTATCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGCAAACGCTCACCGCTCGATCCGGTAGTACGATCGCTTGTCAGCGC > NC_000913/1835526‑1835717 | gccgcTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGAATc > 1:2590319/1‑100 (MQ=255) ccgcTTAGCAAAATTCCTTTACTTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCTCCATTCGCTGGTGGGGGCGAATcc < 2:3692683/100‑1 (MQ=255) gcTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGCATCCCg > 2:832334/1‑100 (MQ=255) gcTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGAATCCCg < 1:2303680/100‑1 (MQ=255) cTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGt < 1:2406097/100‑1 (MQ=255) cTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGAATCCCGt < 2:3772075/100‑1 (MQ=255) tAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGAATCCCGttt < 2:3855225/100‑1 (MQ=255) gCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGAATCCCGtttat > 1:2153722/1‑100 (MQ=255) gCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGAATCCCGtttat > 2:1422368/1‑100 (MQ=255) gCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGAATCCCGtttat > 1:1686303/1‑100 (MQ=255) cAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGACAAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGACGAATCGCGtttatc > 2:675275/1‑100 (MQ=255) aaaaTTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGAATCCCGtttatct < 2:2257282/100‑1 (MQ=255) aaaTTCCTTTAATTTTACGTCTACAGGCGTGGTTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGAATCCCGtttatctt < 1:1338288/100‑1 (MQ=255) aaaTTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGAATCCCGtttatctt > 2:2012017/1‑100 (MQ=255) aaTTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGAATCCCGtttatcttt > 2:2675975/1‑100 (MQ=255) aaTTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGAATCCCGtttatcttt < 2:769102/100‑1 (MQ=255) aTTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGAATCCCGtttatctttt < 2:2942750/100‑1 (MQ=255) tCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGTCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGAATCCCGtttatcttttat < 1:3130111/100‑1 (MQ=255) cTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGAATCCCGtttatcttttatct > 1:3224163/1‑100 (MQ=255) cTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGAATCCCGtttatcttttatct > 2:1030449/1‑100 (MQ=255) cTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGAATCCCGtttatcttttatct > 2:1194837/1‑100 (MQ=255) ttAATTTTACGTCCACCGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGAATCCCGTTTATCTTTTATCTgg < 2:1689362/100‑1 (MQ=255) tAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGAATCCCGTTTATCTTTTATCTGgt < 1:881640/100‑1 (MQ=255) aTTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGAATTCCGTTTATCTTTTATCTGgtgt < 2:2123371/100‑1 (MQ=255) aTTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGAATCCCGTTTATCTTTTATCTGgtgt < 1:3135539/100‑1 (MQ=255) aTTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGAATCCCGTTTATCTTTTATCTGgtgt > 1:348127/1‑100 (MQ=255) ttttACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGAATCCCGTTTATCTTTTATCTGGTGTc < 2:2247019/100‑1 (MQ=255) cGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGAATCCCGTTTATCTTTTATCTGGTGTCGAtgt > 1:3563702/1‑100 (MQ=255) gTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGAATCCCGTTTATCTTTTATCTGGTGTCGAtgtt < 2:2108049/100‑1 (MQ=255) gTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGAATCCCGTTTATCTTTTATCTGGTGTCGAtgtt > 1:3233621/1‑100 (MQ=255) tCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGAATCCCGTTTATCTTTTATCTGGTGTCGAtgttt > 1:1046934/1‑100 (MQ=255) ccACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGAATCCCGTTTATCTTTTATCTGGTGTCGAtgtttg < 2:807551/100‑1 (MQ=255) ccACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGAATCCCGTTTATCTTTTATCTGGTGTCGAtgtttg < 2:68054/100‑1 (MQ=255) acaGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGAATCCCGTTTATCTTTTATCTGGTGTCGAtgtttgtt < 1:1030460/100‑1 (MQ=255) acaGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAAGTGCTAAGCCACATTAGCTGGTGAAGACGAATCACGTTTATCTTTTATCTGGTATCGAtgtt > 2:3170142/1‑96 (MQ=255) caGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTTGCTGGTGGGGGCGAATCCCGTTTATCTTTTATCTGGTGTCGATGTttgttg > 2:2730642/1‑100 (MQ=255) ggCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGAATCCCGTTTATCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTtggn < 2:3315746/100‑2 (MQ=255) ggCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGAATCCCGTTTATCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTtggc > 1:3877106/1‑100 (MQ=255) cGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGAATCCCGTTTATCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTtggctg > 2:149451/1‑100 (MQ=255) cGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGAATCCCGTTTATCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTtggctg < 2:3859394/100‑1 (MQ=255) gTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGAATCCCGTTTATCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTtggctgg > 2:497376/1‑100 (MQ=255) ggCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGCTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGAATCCCGTTTATCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTTggctggct > 1:2383906/1‑100 (MQ=255) cTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGAATCCCGTTTATCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTTGGctggctgg > 2:1159610/1‑100 (MQ=255) gCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCTCCATTCGCTGGTGGGGGCGAATCCCGTTTATCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTTGGCTGGCTGGAg < 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cgCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGAATCCCGTTTATCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGCAAAc < 1:3170172/100‑1 (MQ=255) gCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGAATCCCGTTTATCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTTGTCTGGCTGGAGCGCAAACg > 2:1698926/1‑100 (MQ=255) aCGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGAATCCCGTTTATCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGCAAACGCTCAcc < 1:2321191/100‑1 (MQ=255) aCGGCGAGATGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGTCGAATCCCGTTTATCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGCAAACGCTCAcc < 1:2681767/100‑1 (MQ=255) cGGCGAGGTGCTAAGCCCCTTTCGCTGGTGGGGGCGAATCCCGTTTATCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTTGGTTGGCTGGAGCGCAAACGCTCa < 2:3033153/97‑1 (MQ=255) ggCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGAATCCCGTTTATCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGCAAACGCTCACCGc < 1:1505433/100‑1 (MQ=255) cGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGAATCCCGTTTATCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGCAAACGCTCACCGCTc > 2:3100642/1‑100 (MQ=255) gAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGAATCCCGTTTATCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGCAAACGCTCACCGCTCg > 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1:1851917/100‑1 (MQ=255) cTGGTGGGGGCGAATCCCGTTTATCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGCAAACGCTCACCGCTCGATCCGGTAGTACGATCGCtt > 2:2161973/1‑100 (MQ=255) cTGGTGGGGGCGAATCCCGTTTATCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGCAAACGCTCACCGCTCGATCCGGTAGTACGATCGCtt < 1:3647925/100‑1 (MQ=255) cTGGTGGGGGCGAATCCCGTTTATCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGCAAACGCTCACCGCTCGATCCGGTAGTACGATCGCtt < 1:1852454/100‑1 (MQ=255) tggtggGGGCGAATCCCGTTTATCTGTTATCTGGTGTCCATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGCAAACGCTCACCGCTCGATCCGGTAGTACGATCGCTTg < 2:3584844/100‑1 (MQ=255) gtggGGGCGAATCCCGTTTATCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGCAAACGCTCACCGCTCGATCCGGTAGTACGATCGCTTGTc > 2:3486528/1‑100 (MQ=255) gggggCGAATCCCGTTTATCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGCAAACGCTCACCGCTCGATCCGGTAGTACGATCGCTTGTCAg > 1:1196376/1‑100 (MQ=255) gggggCGAATCCCGTTTATCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGCAAACGCTCACCGCTCGATCCGGTAGTACGATCGCTTGTCAg > 1:1194721/1‑100 (MQ=255) ggggCGAATCCCGTTTATCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGCAAACGCTCACCGCTCGATCCGGTAGTACGATCGCTTGTCAg > 1:454611/1‑99 (MQ=255) gggCGAATCCCGTTTATCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGCAAACGCTCACCGCTCGATCCGGTAGTACGATCGCTTGTCAgcg > 2:3850361/1‑100 (MQ=255) gggCGAATCCCGTTTATCTTTTAACTGATGTAGATGTTTGTAGGCTGGCAGGATCGCAAACGCTCACCGCTCGATCCGGTAGTACGATCGTTTATCAg > 2:3072670/1‑98 (MQ=255) ggCGAATCCCGTTTATCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGCAAACGCTCACCGCTCGATCCGGTAGTACGATCGCTTGTCAgcgc > 2:2711358/1‑100 (MQ=255) | GCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTATCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGCAAACGCTCACCGCTCGATCCGGTAGTACGATCGCTTGTCAGCGC > NC_000913/1835526‑1835717 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |