| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 317,566 | G→A | 16.0% | pseudogene (128/129 nt) | ykgQ → | pseudogene, putative dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 317,566 | 0 | G | A | 16.0% | 345.8 / 45.8 | 149 | pseudogene (128/129 nt) | ykgQ | pseudogene, putative dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (57/65); new base A (12/12); total (70/79) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.25e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.60e-01 | |||||||||||
Only 100 of 163 total aligned reads displayed.
CACAAATTAGTTCGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATCTTCACTCTGTCATATCTCCGGTAATATGGCGTCAGGCT > NC_000913/317467‑317665 | cacaAATTAGTTCGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACAtgattg < 1:340433/100‑1 (MQ=255)cacaAATTAGTTCGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACAtgattg > 1:1455159/1‑100 (MQ=255)cacaAATTAGTTCGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACAtgattg < 1:553149/100‑1 (MQ=255) acaAATTAGTTCGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACAtgattga > 1:111417/1‑100 (MQ=255) aaaTTAGTTCGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGata < 2:1122226/100‑1 (MQ=255) aaaTTAGTTCGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGata < 1:1618641/100‑1 (MQ=255) 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2:3275914/100‑1 (MQ=255) ggTTATGTTGGGGAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATAAATGATTAATATTAATCATGTATTTTACCTa > 2:370435/1‑100 (MQ=255) ggTTATGTTGGGGAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGT‑AAAATACATGATTAATATCAATCATGTAtttttacagc < 1:1278788/100‑7 (MQ=25) ggTTATGTTGGGGAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTCAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTATTTTACCTa < 1:2748008/100‑1 (MQ=255) ttATGTTGGGGAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTATTTTACCTAAg < 1:2879104/100‑1 (MQ=255) ttATGTTGGGGAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTATTTTACCTAAg < 2:3662592/100‑1 (MQ=255) ttATGTTGGGGAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTAATATCAATCATGTAtttttacagc < 2:1886689/99‑7 (MQ=37) aTGTTGGGGAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTATTTTACCTAAgac < 1:2605847/100‑1 (MQ=255) 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2:2784112/100‑1 (MQ=255) aTTTGTTAGTGGTTGTCTTGATGTAAAAATATATGATTGATATTAAGCATGTATTTTAGATAAGACGAAAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATc < 2:202023/100‑1 (MQ=255) tttGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATCt > 2:1258566/1‑100 (MQ=255) tGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATCTTc < 1:1496154/100‑1 (MQ=255) tCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATCTTCAct < 2:2849858/100‑1 (MQ=255) cGTTGTTGTCTTGCTGTAAAAATACTTGATTTATATTAATCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATCTTCActc < 1:3117538/100‑1 (MQ=255) cGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATCTTCActc < 1:1089322/100‑1 (MQ=255) tGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATCTTCACTCTg < 2:111413/100‑1 (MQ=255) 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2:733583/1‑100 (MQ=255) aaTACATGATTAATATCAATCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATCTTCACTCTGTCATATCTCCGGTAata > 1:3784725/1‑99 (MQ=255) tACATGTTTGTTTTTAATCATGTATTTTATTTATGATTAATATTACTTTTTAAAAGGGAGTGGTATGGATCTTCACTCTGTCATATCTCCGGTAATATgg < 1:1231052/100‑1 (MQ=255) cATGATTAATATCAATCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATCTTCACTCTGTCATATCTCCGGTAATATGGCg < 2:1664042/100‑1 (MQ=255) aTGATTGATATTAATCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATCTTCACTCTGTCATATCTCCGGTAATATGGCGt < 2:3482957/100‑1 (MQ=255) aTGATTGATATTAATCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATCTTCACTCTGTCATATCTCCGGTAATATGGCGt < 2:2017810/100‑1 (MQ=255) tgattgatATTAATCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATCTTCACTCTGTCATATCTCCGGTAATATGGCGTc < 1:1835615/100‑1 (MQ=255) gattgatATTAATCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATCTTCACTCTGTCATATCTCCGGTAATATGGCGTCa > 1:3598182/1‑100 (MQ=255) gattgatATTAATCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATCTTCACTCTGTCATATCTCCGGTAATATGGCGTCa < 1:2972001/100‑1 (MQ=255) gattgatATTAATCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATCTTCACTCTGTCATATCTCCGGTAATATGGCGTCa < 1:355465/100‑1 (MQ=255) tgatATTAATCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATCTTCACTCTGTCATATCTCCGGTAATATGGCGTCAGGc > 2:2571529/1‑100 (MQ=255) gatATTAATCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGCAGTGATATTGATCTTCACTCTGTAATATCTTCGGTAATATGGCGTCAGACt < 2:3626746/100‑1 (MQ=255) | CACAAATTAGTTCGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATCTTCACTCTGTCATATCTCCGGTAATATGGCGTCAGGCT > NC_000913/317467‑317665 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |