| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 308,054 | (C)7→6 | coding (1279/2526 nt) | ecpC ← | ECP production outer membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 308,048 | 0 | C | . | 97.9% | 423.2 / 1.6 | 95 | coding (1285/2526 nt) | ecpC | ECP production outer membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base . (50/43); total (51/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
ACAGCGAACTAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCGCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGTTGCCGCCCAGCTAAGCGTACTCAATGAGCCGG > NC_000913/307949‑308143 | acaGCGAACTAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCGc < 2:1919964/100‑1 (MQ=255) caGCGAACTAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCGcc < 2:1186914/100‑1 (MQ=255) caGCGAACTAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCGcc < 2:2545627/100‑1 (MQ=255) gCGAACTAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCGcccc < 1:107534/100‑1 (MQ=255) gCGAACTAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCGcccc < 2:2185830/100‑1 (MQ=255) gCGAACTAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCGcccc > 2:2099615/1‑100 (MQ=255) gCGAACTAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCGcccc > 2:643532/1‑100 (MQ=255) gAACTAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCGcccccc < 1:2040865/100‑1 (MQ=255) cTAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCGccccccaag > 2:2879271/1‑97 (MQ=255) tAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCGccccccaagc < 1:2851395/100‑5 (MQ=255) tAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCGccccccaagc < 2:61126/100‑5 (MQ=255) tAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCGccccccaagc < 2:61305/100‑5 (MQ=255) aaaGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGCGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCG‑CCCCCCAAGCg < 1:584304/100‑1 (MQ=255) aGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCG‑CCCCCCAAGCGGc < 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< 2:1375528/100‑1 (MQ=255) gCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCG‑CCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCTGATTATCGTATCCATATc > 2:1730935/1‑100 (MQ=255) cTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCG‑CCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCTGATTATCGTATCCATATcc > 2:1597853/1‑100 (MQ=255) tGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCG‑CCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCTGATTATCGTATCCATATccc < 1:1865016/100‑1 (MQ=255) tCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCG‑CCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGt < 2:698291/100‑1 (MQ=255) cACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCG‑CCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGtt < 1:2186090/100‑1 (MQ=255) cACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCG‑CCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGtt > 2:822574/1‑100 (MQ=255) cACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCG‑CCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGt > 2:1315853/1‑99 (MQ=255) aCTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCG‑CCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGTTg > 2:2458268/1‑100 (MQ=255) cTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCG‑CCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGtt > 1:2961375/1‑98 (MQ=255) cTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCG‑CCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGTTgc < 1:643534/100‑1 (MQ=255) ggCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCG‑CCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGTTgccg < 2:144825/100‑1 (MQ=255) ggCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCG‑CCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGTTgccg > 2:594649/1‑100 (MQ=255) ccAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCG‑CCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGTTgccgcc > 2:1037752/1‑100 (MQ=255) ccAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCG‑CCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGTTgccgcc > 1:2846597/1‑100 (MQ=255) cAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCG‑CCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGTTGCCGccc > 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |