| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,410,053 | (T)9→8 | intergenic (+47/‑80) | rlmB → / → yjfI | 23S rRNA mG2251 2'‑O‑ribose methyltransferase, SAM‑dependent/DUF2170 family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,410,045 | 0 | T | . | 96.2% | 654.8 / 18.1 | 157 | intergenic (+39/‑88) | rlmB/yjfI | 23S rRNA mG2251 2'‑O‑ribose methyltransferase, SAM‑dependent/DUF2170 family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (6/0); new base . (73/77); total (80/77) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.84e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.80e-01 | |||||||||||
Only 100 of 172 total aligned reads displayed.
CCTGAACGTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGGTTTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTTTATTAATATTTAAACTTAATCTATATGGAATAATATATGACATGGA > NC_000913/4409946‑4410142 | ccTGAACGTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGGt > 1:820781/1‑100 (MQ=255) tGAACGTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGGttt < 2:2517066/100‑1 (MQ=255) tttCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGGttttttttg < 2:1404643/100‑2 (MQ=255) ttCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGGttttttttgt > 1:605462/1‑98 (MQ=255) ttCGGTTGCGACCAGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAA‑TATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGGttttttttgtc < 2:1758860/100‑4 (MQ=255) tCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGGttttttttgtc < 2:557301/100‑4 (MQ=255) 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cAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTttatt < 1:2548016/100‑1 (MQ=255) cAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTAGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTttatt > 2:2686505/1‑100 (MQ=255) cAGCTAATTTCTCAGAATTATG‑AAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTttatta < 1:2685981/100‑1 (MQ=255) gCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTTTATTaa > 1:1302798/1‑100 (MQ=255) tAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTTTATTAata < 1:1562831/100‑1 (MQ=255) tAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTTTATTAat < 2:2057095/99‑1 (MQ=255) aaTTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGGTTTTTTTTT‑TTTTTTTCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTTATTTTATTAatat > 2:210599/1‑100 (MQ=255) 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NC_000913/4409946‑4410142 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |