| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,181,786 | A→G | R348R (CGT→CGC) | potD ← | spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,181,786 | 0 | A | G | 99.1% | 401.0 / NA | 113 | R348R (CGT→CGC) | potD | spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base G (52/60); total (53/60) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.69e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
ATATACGAAAGAAAACTTTACTGTCCTGACTCATTAGCCACATCCTTGCTAACTAAAAAACGGGCGGTAATACCACCGCCCGCTTGCTGAATTAACGTCCTGCTTTCAGCTTCTGATAATACTCTTCATAAATGCTGCTGGCTGCGCCAACGTCATTCTGCCATTCGCCATTTTTAATGGTTTCAGCA > NC_000913/1181692‑1181879 | atatACGAAAGAAAACTTTACTGTCCTGACTCATTAGCCACATCCTTGCTAACTAAAAAACGGGCGGTAATACCACCGCCCGCTTGCTGAATTAGCGTcc < 1:874212/100‑1 (MQ=255)atatACGAAAGAAAACTTTACTGTCCTGACTCATTAGCCACATCCTTGCTAACTAAAAAACGGGCGGTAATACCACCGCCCGCTTGCTGAATTAGCGTcc < 1:1666822/100‑1 (MQ=255) taCGAAAGAAAACTTTACTGTCCTGACTCATTAGCCACATCCTTGCTAACTAAAAAACGGGCGGTAATACCACCGCCCGCTTGCTGAATTAGCGTCCTGc > 1:1066215/1‑100 (MQ=255) aggaaagaaaACGTTACTGTCCTGACTCATTACCCACATCCTAGCTAAATAAAAAAAGGGCAGTAAAACCACAGCCCGCTTGCAGACTTAACgaacagca > 1:1170575/3‑93 (MQ=255) cGAAAGGAAACTTTACTGTCCTGACTCATTAGCCACATTCTTGCTAACTAAAAAACGGGCGGTAATACCACCGCTCGCTTGCTGAATTAGCGTCCTGCtt > 2:39521/1‑100 (MQ=255) cGAAAGAAAACTTTACTGTCCTGACTCATTAGCCACCTCCTTGCTAACTAAAAAACGGGCGGTAATACCACCGCCCGCATGCTGAATTAGCGTCCTGCt < 2:1733591/99‑1 (MQ=255) 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tACTGTCCTGACTCATTAGCCACATCCTTGCTAACTAAAAAACGGGCGGTAATACCACCGCCCGCTTGCTGAATTAGCGTCCTGCTTTCAGCTTCTGata < 2:713430/100‑1 (MQ=255) tACTGTCCTGACTCATTAGCCACATCCTTGCTAACTAAAAAACGGGCGGTAATACCACCGCCCGCTTGCTGAATTAGCGTCCTGCTTTCAGCTTCTGata < 2:2655671/100‑1 (MQ=255) cTGTCCTGACTCATTAGCCACATCCTTGCTAACTAAAAAACGGGCGGTAATACCACCGCCCGCTTGCTGAATTAGCGTCCTGCTTTCAGCTTCTGataat < 1:426846/100‑1 (MQ=255) tGTCCTGACTCATTAGCCACATCCTTGCTAACTAAAAAACGGGCGGTAATACCACCGCCCGCTTGCTGAATTAGCGTCCTGCTTTCAGCTTCTGataata < 1:2322537/100‑1 (MQ=255) gTCCTGACTCATTAGCCACATCCTTGCTAACTAAAAAACGGGCGGTAATACCACCGCCCGCTTGCTGAATTAGCGTCCTGCTTTCAGCTTCTGATAATAc < 1:469901/100‑1 (MQ=255) tGACTCATTAGCCACATCCTTGCTAACTAAAAAACGGGCGGTAATACCACCGCCCGCTTGCTGAATTAGCGTCCTGCTTTCAGCTTCTGATAATACTCtt < 1:2531594/100‑1 (MQ=255) tGACTCATTAGCCACATCCTTGCTAACTAAAAAACGGGCGGTAATACCACCGCCCGCTTGCTGAATTAGCGTCCTGCTTTCAGCTTCTGATAATACTCtt > 1:1892843/1‑100 (MQ=255) gACTCATTAGCCACATCCTTGCTAACTAAAAAACGGGCGGTAATACCACCGCCCGCTTGCTGAATTAGCGTCCTGCTTTCAGCTTCTGATAATACTCTTc > 2:529610/1‑100 (MQ=255) aCTCATTAGCCACATCCTTGCTAACTAAAAAACGGGCGGTAATACCACCGCCCGCTTGCTGAATTAGCGTCCTGCTTTCAGCTTCTGATAATACTCTTCa < 2:2192683/100‑1 (MQ=255) cTCATTAGCCACATCCTTGCTAACTAAAAAACGGGCGGTAATACCACCGCCCGCTTGCTGAATTAGCGTCCTGCTTTCAGCTTCTGATAATACTCTTCAt > 1:1102741/1‑100 (MQ=255) tCATTAGCCACATCCTTGCTAACTAAAAAACGGGCGGTAATACCACCGCCCGCTTGCTGAATTAGCGTCCTGCTTTCAGCTTCTGATAATACTCTTCATa < 2:680605/100‑1 (MQ=255) tCATTAGCCACATCCTTGCTAACTAAAAAACGGGCGGTAATACCACCGCCCGCTTGCTGAATTAGCGTCCTGCTTTCAGCTTCTGATAATACTCTTCATa < 2:2746070/100‑1 (MQ=255) tCATTAGCCACATCCTTGCTAACTAAAAAACGGGCGGTAATACCACCGCCCGCTTGCTGAATTAGCGTCCTGCTTTCAGCTTCTGATAATACTCTTCATa > 1:1617614/1‑100 (MQ=255) cATTAGCCACATCCTTGCTAACTAAAAAACGGGCGGTAATACCACCGCCCGCTTGCTGAATTAGCGTCCTGCTTTCAGCTTCTGATAATACTCTTCATaa > 2:1974865/1‑100 (MQ=255) cATTAGCCACATCCTTGCTAACTAAAAAACGGGCGATACTACCACCGCCCGCTTGCTCAATTAGCGTCCTGCTTTCAGCTTCTGCTTATACTCTTCATa > 2:2503163/1‑99 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |