| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,128,352 | T→A | H15L (CAC→CTC) | metJ ← | transcriptional repressor, S‑adenosylmethionine‑binding |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,128,352 | 0 | T | A | 98.3% | 398.4 / ‑2.3 | 116 | H15L (CAC→CTC) | metJ | transcriptional repressor, S‑adenosylmethionine‑binding |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/0); new base A (58/56); total (60/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.96e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.02e-01 | |||||||||||
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
TCACCTGACGACGCGTGCGTTCATCGGTGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATACTTAATCCTCTTCGTCAATAAATTGAGACCAGACCACACAGTTGATG > NC_000913/4128257‑4128448 | tCACCTGACGACGCGTGCGTTCATCGGTGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTc < 2:2090019/100‑1 (MQ=255) cACCTGACGACGCGTGCGTTCATCGGTGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCa > 1:132118/1‑100 (MQ=255) cACCTGACGACGCGTGCGTTCATCGGTGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCa > 2:1723976/1‑100 (MQ=255) aCCTGACGACGCGTGCGTTCATCGGTGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAg > 1:1309223/1‑100 (MQ=255) aCCTGACGAAGCGTGCGTTCATCGGTGAGGATTTTTAACACCATAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAg < 1:2462894/100‑1 (MQ=255) tGACGACGCGTGCGTTCATCGGTGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGt > 1:994071/1‑100 (MQ=255) tGACGACGCGTGCGTTCATCGGTGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGt > 2:1266494/1‑100 (MQ=255) tGACGACGCGTGCGTTCATCGGTGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGt > 2:2571481/1‑100 (MQ=255) gacgacGCGTGCGTTCATCGGTGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGTa > 1:974388/1‑100 (MQ=255) gacgacGCGTGCGTTCATCGGTGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGTa < 1:2259434/100‑1 (MQ=255) acgacgCGTGCGTTCATCGGTGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGTAt > 1:202083/1‑100 (MQ=255) cgacgCGTGCGTTCATCGGTGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGTATg < 1:2641907/100‑1 (MQ=255) cgcgTGCGTTCATCGGTGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGTATGGGc > 1:1821166/1‑100 (MQ=255) gcgtgcgtTCATCGGTGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGTATGGGCt < 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gtTCATCGGTGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGTATGGGCTGatata < 2:1810669/100‑1 (MQ=255) aTCGGTGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGTATGGGCTGatat < 2:2972007/95‑1 (MQ=255) tCGGTGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTcgc > 2:1085766/1‑100 (MQ=255) cGGTGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTcgcc < 1:505963/100‑1 (MQ=255) cGGTGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTcgcc < 1:658378/100‑1 (MQ=255) cGGTGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTcgcc > 2:959561/1‑100 (MQ=255) ggTGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTcgccg > 2:401015/1‑100 (MQ=255) gTGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTcgccgc < 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gATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCAt < 1:2300368/100‑1 (MQ=255) gATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCAt > 1:2056823/1‑100 (MQ=255) aTTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCAtt > 1:2736708/1‑100 (MQ=255) aTTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCAtt > 2:942120/1‑100 (MQ=255) tttAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAg < 1:1468165/100‑1 (MQ=255) ttAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGc > 2:2064202/1‑100 (MQ=255) ttAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGc > 1:2410366/1‑100 (MQ=255) aaCACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCa < 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ttAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGAt < 2:2688799/100‑1 (MQ=255) tAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATa < 1:1555363/100‑1 (MQ=255) tAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATa > 1:1409793/1‑100 (MQ=255) gagGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATACtt < 2:11926/100‑1 (MQ=255) ggAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATACTTaa < 1:2547782/100‑1 (MQ=255) ggAATGGAAACCGTAATCTTGTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATACTTaa > 2:1006892/1‑100 (MQ=255) aaTGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCCCTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTCACCGCTCCATTCAGCCATGAGATACTTAATc > 1:1090172/1‑100 (MQ=255) aaTGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATACTTAATc > 1:2560298/1‑100 (MQ=255) ctGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATACTTAATcc < 1:2930947/99‑1 (MQ=255) aTGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATACTTAATcc < 1:733050/100‑1 (MQ=255) aTGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATACTTAATcc < 2:1872316/100‑1 (MQ=255) aTGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATACTTAATcc < 2:1514680/100‑1 (MQ=255) aTGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATACTTAATcc < 1:2788655/100‑1 (MQ=255) tGGAAGCGGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATACTTAATCct < 1:2416491/100‑1 (MQ=255) tGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATACTTAATCct > 1:2310139/1‑100 (MQ=255) 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tttGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATACTTAATCCTCTTCGTCAATAAATTg < 1:959572/100‑1 (MQ=255) ttGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATACTTAATCCTCTTCGTCAATAAATTga < 2:2182007/100‑1 (MQ=255) tGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATACTTAATCCTCTTCGTCAATAAATTgag > 2:97562/1‑100 (MQ=255) gACTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGATCAGCGTATCGGCTGAGCTATTAGCCGCTACATTAAGCCATGAGATATTTAATCCTCTTCGTCAATAAATAgaga > 2:2365038/1‑100 (MQ=255) cTTGTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATACTTAATCCTCTTCGTCAATAAATTGagacc > 2:12532/1‑100 (MQ=255) gTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATACTTAATCCTCTTCGTCAATAAATTGagaccaga > 2:2500825/1‑100 (MQ=255) gTTCACTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGCTACTTACTCCTCTTCGTCACTAAATTGagaccaga > 1:1800366/1‑100 (MQ=255) ttCACTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATACTTAATCCTCTTCGTCAATAAATTGagaccagac > 1:2901466/1‑100 (MQ=255) aCTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATACTTAATCCTCTTCGTCAATAAATTGAGACCAGACcac < 1:353387/100‑1 (MQ=255) aCTCTTCTTGCCGAGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATACTTAATCCTCTTCGTCAATAAATTGAGACCAGACcac > 1:2502875/1‑100 (MQ=255) ctctTCTTGCCGAGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATACTTAATCCTCTTCGTCAATAAATTGAGACCAGACcaca > 2:27006/1‑100 (MQ=255) ctctTCTTGCCGAGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATACTTAATCCTCTTCGTCAATAAATTGAGACCAGACcaca > 2:1520186/1‑100 (MQ=255) tcttctTGCCGAGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATACTTAATCCTCTTCGTCAATAAATTGAGACCAGACcacac < 1:2181855/100‑1 (MQ=255) tcttctTGCCGAGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATACTTAATCCTCTTCGTCAATAAATTGAGACCAGACcacac < 1:1617487/100‑1 (MQ=255) ttcttGCTGAGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTTAGCCATGAGATACTTAATCCTCTTCGTCAATAAATTGAGAACAGACCACACAg > 2:2586441/1‑100 (MQ=255) ttGCCGAGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATACTTAATCCTCTTCGTCAATAAATTGAGACCAGACCACACAGTTg < 2:1309212/100‑1 (MQ=255) ttGCCGAGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATACTTAATCCTCTTCGTCAATAAATTGAGACCAGACCACACAGTTg < 2:611506/100‑1 (MQ=255) ttGCCGAGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATACTTAATCCTCTTCGTCAATAAATTGAGACCAGACCACACAGTTg < 1:2311548/100‑1 (MQ=255) gCCGAGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATACTTAATCCTCTTCGTCAATAAATTGAGACCAGACCACACAGTTGAt > 1:541029/1‑100 (MQ=255) | TCACCTGACGACGCGTGCGTTCATCGGTGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATACTTAATCCTCTTCGTCAATAAATTGAGACCAGACCACACAGTTGATG > NC_000913/4128257‑4128448 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |