| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,977,231 | Δ1 bp | 15.9% | intergenic (‑92/+35) | motA ← / ← flhC | proton conductor component of flagella motor/flagellar class II regulon transcriptional activator, with FlhD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,977,230 | 0 | T | . | 15.9% | 456.8 / 81.3 | 157 | intergenic (‑91/+36) | motA/flhC | proton conductor component of flagella motor/flagellar class II regulon transcriptional activator, with FlhD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (65/66); new base . (17/8); total (83/74) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.26e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.71e-01 | |||||||||||
Only 100 of 172 total aligned reads displayed.
GATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTGGG > NC_000913/1977131‑1977327 | gataagCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAATGCGCGATTGGGGC‑AAAAACAAGCAGCGGT‑Acgtcgt > 1:491027/1‑100 (MQ=255) agCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGCTTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGttcc > 1:1000988/1‑97 (MQ=255) gCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCg > 2:1286207/1‑100 (MQ=255) cACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCgc < 2:3343954/100‑1 (MQ=255) aCGACATCACCCTTTCACAATTGACCAGGATATGATGAACAGTATTCAGGCGTTAACGCGCAAAGGGCGC‑AAAAAAAAGGAGCGAT‑ACGTCGATAca > 1:1389207/1‑96 (MQ=255) gACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGTATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCAAAAAAAAA‑AAAAAAAAGCAGCGGTAACGACG‑TACCgctgc < 1:368511/100‑1 (MQ=255) aCATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGTAACGACG‑TACCgctgct < 1:782402/100‑1 (MQ=38) aCATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGTAACGACG‑TACCgctgct < 1:3137907/100‑1 (MQ=38) aCATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGTAACGACG‑TACCgctgct < 1:2979442/100‑1 (MQ=39) catcatCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGctgctg < 2:1845239/100‑1 (MQ=255) catcatCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGctgctg > 2:2750760/1‑100 (MQ=255) tcatcCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGa < 2:2509818/100‑1 (MQ=255) catcCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑AGGTCGTTACCGCTGCTGGaa > 2:4100677/1‑100 (MQ=255) catcCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGaa > 2:2216999/1‑100 (MQ=255) atcCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAAt < 2:52052/100‑1 (MQ=255) tcCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATg < 2:886818/100‑1 (MQ=255) ccTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGt < 2:1247236/100‑1 (MQ=255) cTTCCACTGTTGAGCATGACAGGATGTTCAGTAGTCAGGCGTTAACGCGAGAAAAAAAA‑AATAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGa < 1:2645716/95‑1 (MQ=255) cTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGTAACGACG‑TACCgctgcttttttttg < 2:1050275/100‑9 (MQ=25) cTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGtt > 2:403811/1‑100 (MQ=255) cTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGtt < 2:2912873/100‑1 (MQ=255) ttCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGTAACGACG‑TACCgctgcttttttttgc < 1:2191417/100‑10 (MQ=25) ccACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTGGTCAGGCGTTAACTGGCGATAGGAAC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGt < 1:2578761/96‑1 (MQ=255) tGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTc < 2:1074449/100‑1 (MQ=255) ttGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCAc < 2:4202636/100‑1 (MQ=255) tGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCAcc > 2:137639/1‑100 (MQ=255) gACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCg > 2:2817769/1‑100 (MQ=255) gACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCg < 1:3205358/100‑1 (MQ=255) gACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCg > 2:1434168/1‑100 (MQ=255) aCCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGt > 2:792578/1‑100 (MQ=255) ccATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTa < 2:2020588/100‑1 (MQ=255) cATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTAt < 2:2296615/100‑1 (MQ=255) naGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGtt > 2:3230546/2‑100 (MQ=255) cAGGCTGTTCAGTCGGCAGGCGTTAACGCGCGATTGGTGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAg < 1:3185037/98‑1 (MQ=255) cAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGtt > 2:3342547/1‑100 (MQ=255) cAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGt > 2:293495/1‑99 (MQ=255) ggATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTaa > 1:3624353/1‑100 (MQ=255) ggATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAATTaa > 2:3222663/1‑100 (MQ=255) tGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACa < 1:847664/100‑1 (MQ=255) gTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAg > 1:494424/1‑100 (MQ=255) gTTCAGTAGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAg > 1:1521910/1‑100 (MQ=255) tCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGcc < 1:4100647/100‑1 (MQ=255) cAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCt < 2:4026147/100‑1 (MQ=255) cAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCt < 1:2167413/100‑1 (MQ=255) aGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTg < 2:275132/100‑1 (MQ=255) cgtcAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTAc < 2:3188870/100‑1 (MQ=255) gtcAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTAct > 1:3189079/1‑100 (MQ=255) gtcAGGCGTTAACGCGCGAATGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGTT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGGAGCGCCTCACCGTATCAATTAAACAGCATATAc > 1:886996/1‑99 (MQ=255) tcAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTActc < 2:288056/100‑1 (MQ=255) aGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTActctc < 2:2714333/100‑1 (MQ=255) aGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTActctc > 2:2536291/1‑100 (MQ=255) aGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTActctc < 1:525475/100‑1 (MQ=255) aGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTActctc < 2:3619457/100‑1 (MQ=255) gCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTg > 2:2955454/1‑100 (MQ=255) gTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGtt < 1:3723327/100‑1 (MQ=255) 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agcagcGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCg < 1:2097821/100‑1 (MQ=255) gcagcGGTAACGACG‑TACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCgg > 2:1642105/1‑100 (MQ=255) gcagcGGTAACGACG‑TACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCgg > 1:2068531/1‑100 (MQ=255) gcagcGGTAACGACG‑TACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTCTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCg > 1:2654957/1‑99 (MQ=38) gcagcGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCgg < 2:1871801/100‑1 (MQ=255) ggT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCTCCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCAAGCCGTTGTGGGATAATATCGGCAgg > 1:3900671/1‑99 (MQ=255) aCGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTc > 1:1616198/1‑100 (MQ=255) gtcgtTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTg < 1:2869366/100‑1 (MQ=255) gtcgtTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTg > 2:2619967/1‑100 (MQ=255) tcgtTACCGCTGCTGGAATGTTTCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTgg < 1:2803648/100‑1 (MQ=255) tcgtTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTgg < 1:738567/100‑1 (MQ=255) tcgtTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTgg < 2:1164780/100‑1 (MQ=255) tcgtTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTgg < 1:2005562/100‑1 (MQ=255) tcgtTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTgg > 2:2587573/1‑100 (MQ=255) tcgtTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCACGATTCTgg < 2:1521916/100‑1 (MQ=255) tcgtTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTAGCAGTTAAACAGCCTGTGCTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTgg < 2:1165230/100‑1 (MQ=255) | GATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTGGG > NC_000913/1977131‑1977327 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |