| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,470,410 | (T)7→6 | 100% | coding (1280/1332 nt) | gtrS → | serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,470,404 | 0 | T | . | 82.8% | 465.4 / 117.5 | 163 | coding (1274/1332 nt) | gtrS | serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (20/8); new base . (57/78); total (77/86) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.42e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.84e-01 | |||||||||||
Only 100 of 182 total aligned reads displayed.
ATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTAT > NC_000913/2470306‑2470500 | tttATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGttt < 1:3749755/99‑1 (MQ=255) ttATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATTTAGAGATTTGAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTATTTCCTCCTTTGCTTATACATAACAGTCGttttt < 1:2647174/100‑1 (MQ=255) aTGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGtttttta < 2:1519252/100‑2 (MQ=255) aTGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGtttttta < 1:856357/100‑2 (MQ=255) tgtgTCTTTGTTCGTGGAAGGATATAGATGTTTAAGCTAGCATTTATTTTGAATCTTTTTTTTGTTCGATCTTTGCTTAGAAATAACAGTCGtttttta < 1:3925502/99‑2 (MQ=255) tgtgTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGttttttaa < 1:1919214/100‑3 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |