| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,977,224:1 | +A | 15.1% | intergenic (‑85/+42) | motA ← / ← flhC | proton conductor component of flagella motor/flagellar class II regulon transcriptional activator, with FlhD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,977,223 | 1 | . | A | 15.1% | 538.2 / 103.2 | 166 | intergenic (‑84/+43) | motA/flhC | proton conductor component of flagella motor/flagellar class II regulon transcriptional activator, with FlhD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (73/68); new base A (17/8); total (90/76) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.91e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.75e-01 | |||||||||||
Only 100 of 170 total aligned reads displayed.
CTAATAAGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGAT > NC_000913/1977124‑1977321 | cTAATAAGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGt < 1:1927296/100‑1 (MQ=255) taataaGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑a > 2:862414/1‑100 (MQ=255) taagataagCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑Acgt > 2:912159/1‑100 (MQ=255) aagataagCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑Acgtc < 2:3784941/100‑1 (MQ=255) aagataagCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑‑AAAAAAAGCAGCGGT‑Acgtcg < 2:262738/100‑1 (MQ=255) agctaagCTCGACATAATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCTTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑‑AAAAAAAGCAGCGGT‑Acg > 1:4126260/4‑96 (MQ=255) agataagCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑Acgtcg > 2:738568/1‑100 (MQ=255) gataagCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAATGCGCGATTGGGGC‑AAAAACAAGCAGCGGT‑Acgtcgt > 1:491027/1‑100 (MQ=255) agCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGCTTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGttcc > 1:1000988/1‑97 (MQ=255) gCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCg > 2:1286207/1‑100 (MQ=255) gCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCg < 2:1614235/100‑1 (MQ=255) aCGACATCACCCTTTCACAATTGACCAGGATATGATGAACAGTATTCAGGCGTTAACGCGCAAAGGGCGC‑AAAAAAAAGGAGCGAT‑ACGTCGATAca > 1:1389207/1‑96 (MQ=255) gACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCgctgc > 1:2647985/1‑100 (MQ=255) atcatcCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTgg > 2:2705593/1‑100 (MQ=255) tcatcCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGa < 2:2509818/100‑1 (MQ=255) catcCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑AGGTCGTTACCGCTGCTGGaa > 2:4100677/1‑100 (MQ=255) atcCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAAt < 2:52052/100‑1 (MQ=255) ccTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGt < 2:1247236/100‑1 (MQ=255) cTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGTAACGACG‑TACCgctgcttttttttg < 1:3006528/100‑9 (MQ=25) cTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGtt > 2:403811/1‑100 (MQ=255) cTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGtt > 1:512165/1‑100 (MQ=255) cTTCCACTGTTGAACATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGTAACGACG‑TACCgctgcttttttttg < 1:809219/100‑9 (MQ=25) ttCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGTAACGACG‑TACCgctgcttttttttgc < 1:2191417/100‑10 (MQ=25) tCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTgc < 1:2255645/100‑1 (MQ=255) ccACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAGAGCAGTGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTgcg > 1:2973724/1‑100 (MQ=255) cACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTgcgc < 1:3191574/100‑1 (MQ=255) cACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTgc > 1:2670014/1‑98 (MQ=255) aCTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGcc < 2:2742308/100‑1 (MQ=255) tGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTc < 2:1074449/100‑1 (MQ=255) tGTTAACCATGACAGAATGTTCAGTCGTCAGGTGTTAACGCGAGAAAAAAAA‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGcc < 1:3164821/98‑1 (MQ=255) tGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCAcc < 1:3273999/100‑1 (MQ=255) gACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCg > 2:2817769/1‑100 (MQ=255) gACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCg > 2:1434168/1‑100 (MQ=255) aCCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGt > 2:792578/1‑100 (MQ=255) cATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTAt < 2:2296615/100‑1 (MQ=255) naGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGtt > 2:3230546/2‑100 (MQ=255) cAGGCTGTTCAGTCGGCAGGCGTTAACGCGCGATTGGTGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAg < 1:3185037/98‑1 (MQ=255) cAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGtt > 1:662935/1‑100 (MQ=255) cAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGtt > 2:3342547/1‑100 (MQ=255) cAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGt > 2:293495/1‑99 (MQ=255) ggATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTaa > 2:1061766/1‑100 (MQ=255) ggATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTaa > 1:3624353/1‑100 (MQ=255) gATGTTCAGCCGTCAGGCGTTCACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCACCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCATCACCGTACCAGTTaaa > 1:3500116/1‑100 (MQ=255) tGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACa < 1:847664/100‑1 (MQ=255) gTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAg > 1:494424/1‑100 (MQ=255) gTTCAGTAGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAg > 1:1521910/1‑100 (MQ=255) tCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGcc < 1:4363352/100‑1 (MQ=255) tCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGcc < 1:4100647/100‑1 (MQ=255) tCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGACTCACCGTATCAGTTAAACAGcc > 1:2179996/1‑100 (MQ=255) cAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCt < 2:4026147/100‑1 (MQ=255) cAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCt < 1:2167413/100‑1 (MQ=255) aGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTCAACAGCCTg > 1:1652773/1‑100 (MQ=255) aGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTg < 2:275132/100‑1 (MQ=255) cgtcAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTAc > 2:2230658/1‑100 (MQ=255) cgtcAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTAc < 2:3188870/100‑1 (MQ=255) 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aaaaaaaaGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGat > 2:3618121/1‑100 (MQ=255) aaaaaGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTACGCCTAACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGata > 1:1193137/1‑98 (MQ=255) aaaaGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGataata < 2:2468616/100‑1 (MQ=255) aaaGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAatat > 2:1019479/1‑100 (MQ=255) cagcagcGGTAACGACG‑TACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATc > 1:2304111/2‑100 (MQ=38) cagcagcGGTAACGACG‑TACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATc > 2:3431643/2‑100 (MQ=38) cagcagcGGTAACGACG‑TACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATc > 2:3551173/2‑100 (MQ=38) cagcagcGGTAACGACG‑TACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATc > 2:2265792/2‑100 (MQ=38) agcagcGGTAACGACG‑TACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCg > 1:2612233/1‑100 (MQ=38) agcagcGGTAACGACG‑TACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCg > 2:1852355/1‑100 (MQ=38) agcagcGGTAACGACG‑TACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCg > 2:2139004/1‑100 (MQ=38) agcagcGGTAACGACG‑TACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCg > 1:328623/1‑100 (MQ=38) agcagcGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCg < 2:4171874/100‑1 (MQ=255) gcagcGGTAACGACG‑TACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCgg > 1:2092852/1‑100 (MQ=255) gcagcGGTAACGACG‑TACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCgg > 2:1642105/1‑100 (MQ=255) gcagcGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCgg > 2:2043475/1‑100 (MQ=255) gT‑ACGTCGTTACCGCTGCGGGAATGTTGCGCCGCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCa < 1:3661453/96‑1 (MQ=255) | CTAATAAGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGAT > NC_000913/1977124‑1977321 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |