| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,729,400:1 | +T | 15.2% | intergenic (‑29/+43) | xylB ← / ← xylA | xylulokinase/D‑xylose isomerase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,729,399 | 1 | . | T | 15.2% | 563.7 / 107.6 | 171 | intergenic (‑28/+44) | xylB/xylA | xylulokinase/D‑xylose isomerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (78/67); new base T (17/9); total (95/76) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.93e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.53e-01 | |||||||||||
Only 100 of 179 total aligned reads displayed.
AACCACCTCACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGATAATGGTTTACCAGATTTTCCAGTTGTTCCTGGCGACCAC > NC_000913/3729300‑3729498 | aaCCACCTCACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCGAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCgg < 1:858254/100‑1 (MQ=255)aaCCACCTCACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCgg < 1:881683/100‑1 (MQ=255) accaccTCACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑t > 2:4403338/1‑100 (MQ=255) accaccTCACCCTGCGCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑t < 2:4196007/100‑1 (MQ=255) accTCACCCTGCTTGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGTCAAGATCTATCCCGATATATATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCACGG‑TATc > 1:3917138/1‑100 (MQ=255) ccTCACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCTAGGTGCCACGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTACAAAAATTCCCCG‑TATCg > 1:1366672/1‑100 (MQ=255) ccTCACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCg < 2:2093537/100‑1 (MQ=255) cTCACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGc < 2:1699420/100‑1 (MQ=255) tCACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCt > 1:1032939/1‑100 (MQ=255) tCACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCt < 1:217070/100‑1 (MQ=255) cACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTa < 2:3905833/100‑1 (MQ=255) cACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTa < 2:3924923/100‑1 (MQ=255) cccTTCTCGTTGATCAAAATAACTTTTACTCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTAcc < 2:4125508/100‑1 (MQ=255) 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tAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGGTTATCGGTAGCGAT‑ACCGGGcattttttt < 1:4397985/100‑9 (MQ=25) aCTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACt > 1:665857/1‑99 (MQ=255) cTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGc > 2:316909/1‑100 (MQ=255) cTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGc > 2:3928947/1‑100 (MQ=255) ttttACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGca < 1:189327/100‑1 (MQ=255) tttACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGcac < 1:1839701/100‑1 (MQ=255) cGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGtt > 2:4011116/1‑100 (MQ=255) cGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGtt > 1:2588937/1‑100 (MQ=255) cGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGtt < 1:2296184/100‑1 (MQ=255) gCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTa < 1:2804504/100‑1 (MQ=255) cccGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAg > 1:559510/1‑100 (MQ=255) cccGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCATTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACAGATAACCGGGCCAACGGAATGCACCGTTAg > 2:364083/1‑100 (MQ=255) ccGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGc < 2:846648/100‑1 (MQ=255) ccGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGc > 1:1148236/1‑100 (MQ=255) ccGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGc < 1:4067028/100‑1 (MQ=255) 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2:110063/1‑100 (MQ=255) ccGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGATAATGGTTTACCAGATTTTCCAGTTGTTCCTGGCGAc < 2:3141431/100‑1 (MQ=255) cGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGATAATGGTTTACCAGATTTTCCAGTTGTTCCTGGCGAcc > 2:3278728/1‑100 (MQ=255) cGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTACACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGATAATGGTTTACCAGATTTTCCAGTTGTTCCTGGCGAcc > 2:3582684/1‑100 (MQ=255) g‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGATAATGGTTTACCAGATTTTCCAGTTGTTCCTGGCGACCAc < 1:2390101/100‑1 (MQ=255) | AACCACCTCACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGATAATGGTTTACCAGATTTTCCAGTTGTTCCTGGCGACCAC > NC_000913/3729300‑3729498 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |