| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 2597686 = | NA (NA) | 17 (0.120) | 9/166 | NT | NA | noncoding (14/46 nt) | REP181 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences | REP181 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences |
| ? | NC_000913 | 2597714 = | NA (NA) | noncoding (42/46 nt) | REP181 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences | REP181 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences | |||||
Only 100 of 176 total aligned reads displayed.
TTACCACGATACAACTCAGCTTGCTTTTGCATCTTTATCACTCCTGGGTGTGAATTAACGTTTTAAAATCTTTTGCTGTCTGGTGTGCCGGATGTTTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGAACTACGTCCGACAAACAAATTTCGTGCGAATTACCGCTAAAATCGCGTTTTCCTGCAGACGCACACGTTTGC > NC_000913/2597587‑2597785 | ttACCACGATACAACTCAGCTTGCTTTTGCATCTTTATCACGCCTGGGTGTGAATTAACGTTTTAAAATCTTTTGCTGTCTGGTGTGCCGGATGTTTTGt < 2:4114831/100‑1 (MQ=255)atccggcccttttttctgatatgatacgcaaacgtgtgcgtctgcaggaaaacgcgattttagcggtaattcgcacgaaatttgtttgtcggacgtagtt < 2:2352712‑M1/1‑1 (MQ=255)atccggcccttttttctgatatgatacgcaaacgtgtgcgtctgcaggaaaacgcgattttagcggtaattcgcacgaaatttgtttgtcggacgtagtt < 1:3374663‑M1/1‑1 (MQ=255) tACCACGATACAACTCAGCTTGCTTTTGCATCTTTATCACTCCTGGGTGTGAATTAACGTTTTAAAATCTTTTGCTGTCTGGTGTGCCGGATGTTTTGTc < 1:2237248/100‑1 (MQ=255) tACCACGATACAACTCAGCTTGCTTTTGCATCTTTATCACTCCTGGGTGTGAATTAACGTTTTAAAATCTTTTGCTGTCTGGTGTGCCGGATGTTTTGTc < 1:2781528/100‑1 (MQ=255) ccACGATACAACTCAGCTTGCTTTTGCATCTTTATCACTCCTGGGTGTGAATTAACGTTTTAAAATCTTTTGCTGTCTGGTGTGCCTGATGTTTTGTc > 1:2733166/1‑98 (MQ=255) ccACGATACAACTCAGCTTGCTTTTGCATCTTTATCACTCCTGGGTGTGAATTAACGTTTTAAAATCTTTTGCTGTCTGGTGTGCCGGATGTTTTGTCgg > 2:1457183/1‑100 (MQ=255) ccACGATACAACTCAGCTTGCTTTTGCATCTTTATCACTCCTGGGTGTGAATTAACGTTTTAAAATCTTTTGCTGTCTGGTGTGCCGGATGTTTTGTCg > 2:2650289/1‑99 (MQ=255) ggcccttttttctgatatgatacgcaaacgtgtgcgtctgcaggaaaacgcgattttagcggtaattcgcacgaaatttgtttgtcggacgtagtTCGGa < 1:2753921‑M1/5‑1 (MQ=255) aTACAACTCAGCTTGCTTTTGCATCTTTATCACTCCTGGGTGTGAATTAACGTTTTAAAATCTTTTGCTGTCTGGTGTGCCGGATGTTTTGTCGGaagat > 2:1732291/1‑96 (MQ=255) aTACAACTCAGCTTGCTTTTGCATCTTTATCACTCCTGGGTGTGAATTAACGTTTTAAAATCTTTTGCTGTCTGGTGTGCCGGATGTTTTGTCGGATgcg < 2:2113723/100‑1 (MQ=255) aTACAACTCAGCTTGCTTTTGCATCTTTATCACTCCTGGGTGTGAATTAACGTTTTAAAATCTTTTGCTGTCTGGTGTGCCGGATGTTTTGTCGGATgcg > 2:3019390/1‑100 (MQ=255) cAACTCAGCTTGCTTTTGCATCTTTATCACTCCTGGGTGTGAATTAACGTTTTAAAATCTTTTGCTGTCTGGTGTGCCGGATGTTTTGTCGGATgcggcg > 2:3635231/1‑100 (MQ=255) cAACTCAGCTTGCTTTTGCATCTTTATCACTCCTGGGTGTGAATTAACGTTTTAAAATCTTTTGCTGTCTGGTGTGCCGGATGTTTTGTCGGATgcggcg < 1:3533130/100‑1 (MQ=255) cAACTCAGCTTGCTTTTGCATCTTTATCACTCCTGGGTGTGAATTAACGTTTTAAAATCTTTTGCTGTCTGGTGTGCCGGATGTTTTGTCGGATgcgg > 1:2133172/1‑98 (MQ=255) aaCTCAGCTTGCTTTTGCATCTTTATCACTCCTGGGTGTGAATTAACGTTTTAAAATCTTTTGCTGTCTGGTGTGCCGGATGTTTTGTCGGATGCGGCGt > 2:2610500/1‑100 (MQ=255) cTCAGCTTGCTTTTGCATCTTTATCACTCCTGGGGGTGAATTAACGTTTTAAAATCTTTTGCTGTCTGGTGTGCCGGATGTTTTGTCGGATgcggcg < 1:2012202/97‑1 (MQ=255) aGCTTGCTTTTGCATCTTTATCACTCCTGGGTGTGAATTAACGTTTTAAAATCTTTTGCTGTCTGGTGTGCCGGATGTTTTGTCGGATGCGGCGTGAACg < 1:3888717/100‑1 (MQ=255) aGCTTGCTTTTGCATCTTTATCACTCCTGGGTGTGAATTAACGTTTTAAAATCTTTTGCTGTCTGGTGTGCCGGATGTTTTGTCGGATGCGGCGTGAACg < 2:1109181/100‑1 (MQ=255) cttgcttTTGCATCTTTATCACTCCTGGGTGTGAATTAACGTTTTAAAATCTTTTGCTGTCTGGTGTGCCGGATGTTTTGTCGGATGCGGCGTGAACGcc < 2:4389964/100‑1 (MQ=255) cttgcttTTGCATCTTTATCACTCCTGGGTGTAAATTAACGTTTTAAAATCTTTTGCTGTCTGGTGTGCCGGATGTTTTGTCGGATGCGGCGTGAACGcc < 1:1781554/100‑1 (MQ=255) tgcttTTGCATCTTTATCACTCCTGGGTGTGAAGTAACGTTTTAAAATCTTTTGCTGTCTGGTGTGCCGGATGTTTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCtt > 1:2651157/1‑100 (MQ=255) gcttTTGCATCTTTATCACTCCTGGGTGTGAATTAACGTTTTAAAATCTTTTGCTGTCTGGTGTGCCGGATGTTTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTa > 2:3596297/1‑100 (MQ=255) cttTTGCATCTTTATCACTCCTGGGTGTGAATTAACGTTTTAAAATCTTTTGCTGTCTGGTGTGCCGGATGTTTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTAt > 2:3347267/1‑100 (MQ=255) cttTTGCATCTTTATCACTCCTGGGTGTGAATTAACGTTTTAAAATCTTTTGCTGTCTGGTGTGCCGGATGTTTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTAt < 2:489547/100‑1 (MQ=255) cttTTGCATCTTTATCACTCCTGGGTGTGAATTAACGTTTTAAAATCTTTTGCTGTCTGGTGTGCCGGATGTTTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTAt > 2:2544074/1‑100 (MQ=255) ttttGCATCTTTATCACTCCTGGGTGTGAATTAACGTTTTAAAATCTTTTGCTGTCTGGTGTGCCGGATGTTTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATc < 2:2218546/100‑1 (MQ=255) ttttGCATCTTTATCACTCCTGGGTGTGAATTAACGTTTTAAAATCTTTTGCTGTCTGGTGTGCCGGATGTTTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATc < 1:4372829/100‑1 (MQ=255) tacgcaaacgtgtgcgtctgcaggaaaacgcgattttagcggtaattcgcacgaaatttgtttgtcggacgtagtTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATc > 2:4058436‑M1/76‑100 (MQ=255) tttGCATCTTTATCACTCCTGGGTGTGAATTAACGTTTTAAAATCTTTTGCTGTCTGGTGTGCCGGATGTTTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATcc < 2:3788251/100‑1 (MQ=255) tttGCATCTTTATCACTCCTGGGTGTGAATTAACGTTTTAAAATCTTTTGCTGTCTGGTGTGCCGGATGTTTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATcc < 2:1859835/100‑1 (MQ=255) acgcaaacgtgtgcgtctgcaggaaaacgcgattttagcggtaattcgcacgaaatttgtttgtcggacgtagtTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTAtca < 1:4058406‑M1/26‑2 (MQ=255) acgcaaacgtgtgcgtctgcaggaaaacgcgattttagcggtaattcgcacgaaatttgtttgtcggacgtagtTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATcc > 2:3155131‑M1/75‑100 (MQ=255) acgcaaacgtgtgcgtctgcaggaaaacgcgattttagcggtaattcgcacgaaatttgtttgtcggacgtagtTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATcc > 2:3201630‑M1/75‑100 (MQ=255) acgcaaacgtgtgcgtctgcaggaaaacgcgattttagcggtaattcgcacgaaatttgtttgtcggacgtagtTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATcc > 2:3841675‑M1/75‑100 (MQ=255) gCATCTTTATCACTCCTGGGTGTGAATTAACGTTTTAAAATCTTTTGCTGTCTGGTGTGCCGGATGTTTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATTCGa > 1:527364/1‑99 (MQ=255) gCATCTTTATCACTCCTGGGTGTGAATTAACGTTTTAAAATCTTTTGCTGTCTGGTGTGCCGGATGTTTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGaa < 2:2794788/100‑1 (MQ=255) gCATCTTTATCACTCCTGGGTGTGAATTAACGTTTTAAAATCTTTTGCTGTCTGGTGTGCCGGATGTTTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGaa > 2:1010688/1‑100 (MQ=255) gCATCTTTATCACTCCTGGGTGTGAATTAACGTTTTAAAATCTTTTGCTGTCTGGTGTGCCGGATGTTTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGaa > 2:242088/1‑100 (MQ=255) gCATCTTTATCACTCCTGGGTGTGAATTAACGTTTTAAAATCTTTTGCTGTCTGGTGTGCCGGATGTTTTGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGac < 2:1484226/100‑2 (MQ=37) cATCTTTATCACTCCTGGGTGTGAATTAACGTTTTAAAATCTTTTGCTGTCTGGTGTGCCGGATGTTTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGAAc > 1:3222007/1‑100 (MQ=255) cATCTTTATCACTCCTGGGTGTGAATTAACGTTTTAAAATCTTTTGCTGTCTGGTGTGCCGGATGTTTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGAAc < 1:4250523/100‑1 (MQ=255) cATCTTTATCACTCCTGGGTGTGAATTAACGTTTTAAAATCTTTTGCTGTCTGGTGTGCCGGATGTTTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGAAc > 1:1034570/1‑100 (MQ=255) aTCTTTATCACTCCTGGGTGTGAATTAACGTTTTAAAATCTTTTGCTGTCTGGTGTGCCGGATGTTTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGAACt < 2:4256723/100‑1 (MQ=255) tCTTTATCACTCCTCGGTGTGAATTAACGTTTTAAAATCTTTTGCTGTCTGGTGTGCCGGATGTTTTGTCGCATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGaca < 1:2501475/98‑3 (MQ=25) cTTTATCACTCCTGGGTGTGAATTAACGTTTTAAAATCTTTTGCTGTCTGGTGTGCCGGATGTTTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGAACTAc > 2:3534198/1‑100 (MQ=255) cTTTATCACTCCTGGGTGTGAATTAACGTTTTAAAATCTTTTGCTGTCTGGTGTGCCGGATGTTTTGTCGGATACGGCGTGAACGCCTTATCCGAACTAc > 1:1079070/1‑100 (MQ=255) tttATCACTCCTGGGTGTGAATTAACGTTTTAAAATCTTTTGCTGTCTGGTGTGCCGGATGTTTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGAACTACg < 2:2826859/100‑1 (MQ=255) tCACTCCTGGGTGTGAATTAACGTTTTAAAATCTTTTGCTGTCTGGTGTGCCGGATGTTTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGAACTACGTCCg > 2:1763456/1‑100 (MQ=255) cACTCCTGGGTGTGAATTAACGTTTTAAAATCTTTTGCTGTCTGGTGTGCCGGATGTTTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGAACTACGTCCGa > 1:693879/1‑100 (MQ=255) aCTCCTGGGTGTGAATTAATGTTTTAAAATCTTTTGCTGTCTGGTGTGCCGGATGTTTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGAACTACGTCCGac < 2:1632884/100‑1 (MQ=255) cTCCTGGGTGTGAATTAACGTTTTAAAATCTTTTGCTGTCTGGTGTGCCGGATGTTTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGAACTACGTCCGaca > 2:2797124/1‑100 (MQ=255) caggaaaacgcgattttagcggtaattcgcacgaaatttgtttgtcggatgttttgTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGAACTACGTCCGacaaac > 2:3430757‑M1/57‑100 (MQ=255) tggttttgAGTTAACGTTTTAGATGTTTTTGCTGTCCGGTGTGCCTGATGTTTTGTCGGATTCGTCGTGAACGCCTTATCCGAACTACGTCCGacaaaca < 1:1450835/94‑1 (MQ=25) tGGGTGTGAATTAACGTTTTAAAATCTTTTGCTGTCTGGTGTGCCGGATGTTTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGAACTACGTCCGacaaaca < 1:4180500/100‑1 (MQ=255) tGGGTGTGAATTAACGTTTTAAAATCTTTTGCTGTCTGGTGTGCCGGATGTTTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGAACTACGTCCGacaaac > 2:3492821/1‑99 (MQ=255) ggTGTAAATCAACGTTTTAAAAGCATTAGCAAACAAGAGTGCCGGATGTTTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATACGAACTACGTCCGAcaaacaaa > 1:317777/1‑100 (MQ=21) gtgtGAATTAACGTTTTAAAATCTTTTGCTGTCTGGTGTGCCGGATGTTTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGAACTACGTCCGacaaacaa > 1:3568895/1‑98 (MQ=255) aaaacgcgattttagcggtaattcgcacgaaatttgtttgccggatgttttgTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGAACTACGTCCGACAAACAAAt > 2:2897791‑M1/53‑100 (MQ=255) tgtgAATTAACGTTTTAAAATCTTTTGCTGTCTGGTGTGCCGGATGTTTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGAACTACGTCCGACAAACAAAtt > 2:1907377/1‑100 (MQ=255) tgtgAATTAACGTTTTAAAATCTTTTGCTGTCTGGTGTGCCGGATGTTTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGAACTACGTCCGACAAACAAAtt < 1:1925574/100‑1 (MQ=255) gAATTAACGTTTTAAAATCTTTTGCTGTCTGGTGTGCCGGATGTTTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGAACTACGTCCGACAAACAAATTTCg > 1:113679/1‑100 (MQ=255) aaTTAACGTTTTAAAATCTTTTGCTGTCTGGTGTGCCGGATGTTTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGAACTACGTCCGACAAATAAATTTCGt < 2:1542921/100‑1 (MQ=255) ttAACGTTTTAAAATCTTTTGCTGTCTGGTGTGCCGGATGTTTTGTCGGATGCGGCGTGAATGCCTTATCCGAACTACGTCCGACAAACAAATTTCGTGc > 1:1089713/1‑100 (MQ=255) ttAACGTTTTAAAATCTTTTGCTGTCTGGTGTGCCGGATGTTTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGAACTACGTCCGACAAACAAATTTCGTGc < 1:4041876/100‑1 (MQ=255) ttAACGTTTTAAAATCTTTTGCTGTCTGGTGTGCCGGATGTTTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGAACTACGTCCGACAAACAAATTTCGTGc > 2:2752621/1‑100 (MQ=255) 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2:2697524/100‑1 (MQ=255) aaTCTTTTGCTGTCTGGTGTGCCGGATGTTTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGAACTACGTCCGACAAACAAATTTCGTGCGAATTACCGCTa < 2:2443126/100‑1 (MQ=255) aTCTTTTGCTGTCTGGTGTGCCGGATGTTTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGAACTACGTCCGACAAACAAATTTCGTGCGAATTACCGCTaa > 1:3345152/1‑100 (MQ=255) aTCTTTTGCCGTCTGGTGTGCCGGATGTTTTGTCGGATGCGGCGTGATCGCCTTATCCGAACTACGTCCGACAAACAAATTTCGTGCGAATTACCGc < 1:3051968/97‑1 (MQ=255) ttttGCTGTCTGGTGTGCCGGATGTTTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGAACTACGTCCGACAAACAAATTTCGTGCGAATTACCGCTAAAAt > 2:1675925/1‑100 (MQ=255) tggcgTCTTGTGTGCCGGATGGTTTGGGCGATGCGGCGCGAACGCCTTATCCGAACTACGTCCGACAACCAAATTTCGTGCGAATTCCCGCTAAACTcg < 1:3604966/95‑1 (MQ=25) gCTGTCTGGTGTGCCGGATGTTTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGAACTACGTCCGACAAACAAATTTCGTGCGAATTACCGCTAAAATcgcg < 1:2871642/100‑1 (MQ=255) gCTGTCTGGTGTGCCGGATGTTTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGAACTACGTCCGACAAACAAATTTCGTGCGAATTACCGCTAAAATcgcg > 2:2385062/1‑100 (MQ=255) 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gtTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGAACTACGTCCGACAAACAAATTTCGTGCGAATTACCGCTAAAATCGCGTTTTCCTGCAGACGCACACGttt < 2:3713477‑M1/98‑1 (MQ=255) gTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGAACTACGTCCGACAAACAAATTTCGTGCGAATTACCGCTAAAATCGCGTTTTCCTGCAGACGCACACGTTTg < 1:2058774/100‑1 (MQ=255) gTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGAACTACGTCCGACAAACAAATTTCGTGCGAATTACCGCTAAAATCGCGTTTTCCTGCAGACGCACACGTTTg < 1:1248271/100‑1 (MQ=255) TCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGAACTACGTCCGACAAACAAATTTCGTGCGAATTACCGCTAAAATCGCGTTTTCCTGCAGACGCACACGTTTGc > 2:410294‑M1/1‑100 (MQ=255) | TTACCACGATACAACTCAGCTTGCTTTTGCATCTTTATCACTCCTGGGTGTGAATTAACGTTTTAAAATCTTTTGCTGTCTGGTGTGCCGGATGTTTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGAACTACGTCCGACAAACAAATTTCGTGCGAATTACCGCTAAAATCGCGTTTTCCTGCAGACGCACACGTTTGC > NC_000913/2597587‑2597785 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |