| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 2304696 | NA (NA) | 18 (0.120) | 5/164 | NT | 24.9% | noncoding (280/655 nt) | REP161 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 12 REP sequences | REP161 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 12 REP sequences |
| ? | NC_000913 | = 2304728 | 59 (0.380) | noncoding (312/655 nt) | REP161 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 12 REP sequences | REP161 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 12 REP sequences | |||||
Only 100 of 177 total aligned reads displayed.
AAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGC > NC_000913/2304629‑2304827 | aaGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGC > 2:1731762‑M2/1‑100 (MQ=255)aaGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGC > 2:1913433‑M2/1‑100 (MQ=255) gCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCa > 1:1656415‑M2/1‑99 (MQ=255) gCCCCAGCCGGTTGCCTGAGGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACAGCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCa > 1:1447781‑M2/1‑99 (MQ=255) gCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCa < 2:2814788‑M2/100‑2 (MQ=255) cccAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTCCACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCat < 1:3999021‑M2/100‑3 (MQ=255) cccAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCat < 2:954839‑M2/100‑3 (MQ=255) ccAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCatc < 1:500883‑M2/100‑4 (MQ=255) ccAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTACTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCatc < 1:3097893‑M2/100‑4 (MQ=255) cgagcCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCatcc > 1:2547207‑M2/3‑96 (MQ=255) cAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCatcc < 2:1463994‑M2/100‑5 (MQ=255) cAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCCCCACCCCGTAGGTTGGCTAAGGCGGTTACGCCGCatac < 2:1288061‑M2/100‑5 (MQ=255) aaGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCatccg > 2:4110076‑M2/1‑95 (MQ=255) ccgcctGCCTGAAGAGACGCTCGCGCGTCTTACCAGGCCTACACCGCTGTGATGTGCGCCACCCCGTAGGTTAGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGAc < 1:407431/94‑1 (MQ=11) ccGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTGGGACAAGGCGGTTACGCGGCatcc < 1:1870813‑M2/96‑5 (MQ=255) ccGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTAAACCGGTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACa < 1:915165/100‑1 (MQ=12) cGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACAt < 1:153973/100‑1 (MQ=32) ggTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCaaccggctcggacgttggatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccaacctacggggtggagc < 2:1691515‑M2/100‑65 (MQ=255) ggTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATc < 2:2312467/100‑1 (MQ=33) gTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCaaccggcttgggcgttagatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccgacctacggggtggagca < 2:3059774‑M2/100‑66 (MQ=255) gTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGACTACACAGCTGTGAAGTGCTACACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACAt > 1:818613/1‑98 (MQ=255) tGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCaaccggcttgggcgttagatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccgacctacggggtggagcact < 2:2243702‑M2/100‑68 (MQ=255) tGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCaaccggctcgggcgttagatgttggatgcggcgtaaccgccttatccaacctacggggtggagcact < 2:39718‑M2/100‑68 (MQ=255) tGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCaaccggctcggacgttggatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccaacctacggggtggagcact < 2:3491407‑M2/100‑68 (MQ=255) gCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCaaccggcttgggcgttagatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccgacctacggggtggagcactt < 2:2548858‑M2/100‑69 (MQ=255) gCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCaaccggcttgggcgttagatggcggaggcggcgtacccgcctgatccgacctacggggtgggtcact < 1:3350287‑M2/99‑68 (MQ=255) gCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCaaccggcttgggcgttagatgacggatgcggcgtaaccgccttatccgacctacggggtagagcactt < 2:897239‑M2/100‑69 (MQ=255) gCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAAc > 2:1309862/1‑100 (MQ=35) gCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGGTACGCCGCatccgagagc < 1:3874982‑M2/96‑11 (MQ=255) ccTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCaaccggcttgggcgttagatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccgacctacggggtggagcacttc < 2:2726059‑M2/100‑70 (MQ=255) ccTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCaaccggcttgggcgttagatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccgacctacggggtggagcacttc > 2:4218899‑M2/1‑31 (MQ=255) ccTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACg > 1:4365756/1‑100 (MQ=35) cggATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGt > 2:2981857/3‑100 (MQ=255) cTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTCGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGt > 2:475062/1‑100 (MQ=255) cTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGt < 2:4061459/100‑1 (MQ=40) tGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTc > 2:3769520/1‑100 (MQ=38) gATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTcc < 1:2636882/100‑1 (MQ=40) aTGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCg < 2:3219732/100‑1 (MQ=255) cGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCaaccggctcggacgttggatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccaacctacggggtggagcacttcacagcgg > 1:1691508‑M2/1‑24 (MQ=255) cGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTcc < 1:2086825/96‑1 (MQ=255) cGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGc > 1:3310425/1‑100 (MQ=40) gACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGcc < 2:1952902/100‑1 (MQ=255) aCGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGTCCGAGCCg > 1:973060/1‑100 (MQ=17) aCGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGCGCTCCCCCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCg < 2:4271616/100‑1 (MQ=255) cGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGcc > 1:2957808/1‑98 (MQ=40) cGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCgg < 2:2122108/100‑1 (MQ=255) cGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCgg > 2:325965/1‑100 (MQ=255) cGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCgg < 2:780080/100‑1 (MQ=255) cGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCgg < 2:1778168/100‑1 (MQ=255) cGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCgg < 1:1462770/100‑1 (MQ=255) gcgcGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTg > 1:1062851‑M2/1‑97 (MQ=255) cgcgTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTgcct > 2:3395361‑M2/1‑96 (MQ=255) cgcgTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCatccgacctacggggtggagcagatcggaag < 2:1663101‑M2/100‑32 (MQ=255) tcttcttATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTgcctg > 1:3084683‑M2/4‑95 (MQ=255) ccgatctatcaggCaaccggcttgggcgttagatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccgacctacggggtggagcacttcacagcggtgtaggcctg > 1:4061569‑M2/7‑14 (MQ=255) cgTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTgcctga < 2:3967894‑M2/100‑7 (MQ=255) cgTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTgcctga > 1:3426399‑M2/1‑94 (MQ=255) gTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTgcctgat < 2:1988784‑M2/100‑8 (MQ=255) gTCGTATTAGGTaacctgcttgggcgttagatgtcgtatgcggcgtaaccgccttattcgatctacggggtggagcacttcacagcggtgtaggcctgat > 1:2836594‑M2/1‑12 (MQ=255) tCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATg < 2:392613/100‑1 (MQ=40) tCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATg < 2:3247534/100‑1 (MQ=255) tCTTACCAGGCATCCCCCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATg < 2:821181/100‑1 (MQ=14) ttATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCg > 2:4169113/1‑100 (MQ=255) tATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCatccgacctacggggtggagcacttcacagcggtgtag < 2:1168480‑M2/100‑39 (MQ=255) aTCAGGCaaccggcttgggcgttagatgtcggatgcggcgtaaccgccttctccgacctacggggtggagcacttcacagcggtgtaggcctgataaggc < 1:1161099‑M2/100‑94 (MQ=255) aTCAGGCaaccggcttgggcgttagatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccgacctacggggtggagcacttcacagcggtgtaggcctgataagac > 1:446084‑M2/1‑7 (MQ=255) aTCAGGCaaccggcttgggcgttagatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccgacctacggggtggagcacttcacagcggtgtaggcctgataagac > 1:882420‑M2/1‑7 (MQ=255) aTCAGGCaaccggcttgggcgttagatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccgacctacggggtggagcacttcacagcggtgtaggcctgataaga > 2:4047423‑M2/1‑7 (MQ=255) aTCAGGCaaccggcttgggcgttagatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccgacctacggggtggagcacttcacagcggtgtaggcctgagatcg < 2:4061599‑M2/99‑93 (MQ=255) aTCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGAc < 2:623751/100‑1 (MQ=255) aTCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGAc > 2:590190/1‑100 (MQ=17) aTCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCCCATCCGACATCCAGCGGCCGAGGCGGTTGCCTGTTGCGa > 1:619166/1‑99 (MQ=11) tCAGGCaaccggcttgggcgttagatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccgacctacggggtggagcacttcacagcggtgtaggcctgataagacg > 1:2512954‑M2/1‑6 (MQ=255) tCAGGCaaccggcttgggcgttagatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccgacctacggggtggagcacttcacagcggtgtaggcctgataagacg < 2:880908‑M2/100‑95 (MQ=255) tCAGGCaaccggcttgggcgttagatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccgacctacggggtggagcacttcacagcggtgtaggcctgataagacg < 2:804151‑M2/100‑95 (MQ=255) tCAGGCaaccggcttgggcgttagatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccgacctacggggtggagcacttcacagcggtgtaggcctgataagacg > 2:3227756‑M2/1‑6 (MQ=255) tCAGGCaaccggcttgggcgttagatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccgacctacggggtggagcacttcacagcggtgtaggcagatcggga < 1:666587‑M2/98‑93 (MQ=255) cAGGCaaccggcttgggcgttagatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccgacctacggggtggagcacttcacagcggtgtaggcctgataagacgc < 2:649701‑M2/100‑96 (MQ=255) cAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGc > 1:1745744/1‑100 (MQ=40) cAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGc > 2:1927757/1‑100 (MQ=255) 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gCaaccggcttgggcgttagatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccgacctacggggtggagcacttcacagcggtgtaggcctgataagacgcgcc < 2:2149586‑M2/100‑99 (MQ=255) gCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTgg > 1:2262186/1‑100 (MQ=17) caaccggcttgggcgttagatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccgacctacggggtggagcacttcacagcggtgtaggcctgataagacgcgcca < 2:534095‑M2/100‑100 (MQ=255) caaccggcttgggcgttagatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccgacctacggggtggagcacttcacagcggtgtaggcctgataagacgcgcca < 1:2476279‑M2/100‑100 (MQ=255) caaccggcttgggcgttagatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccgacctacggggtggagcacttcacagcggtgtaggcctgataagacgcgcca < 2:2909888‑M2/100‑100 (MQ=255) caaccggcttgggcgttagatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccgacctacggggtggagcacttcacagcggtgtaggcctgataagacgcgcca < 2:1409611‑M2/100‑100 (MQ=255) | AAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGC > NC_000913/2304629‑2304827 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |