| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,977,227 | T→A | 15.9% | intergenic (‑88/+39) | motA ← / ← flhC | proton conductor component of flagella motor/flagellar class II regulon transcriptional activator, with FlhD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,977,227 | 0 | T | A | 15.9% | 399.6 / 63.0 | 158 | intergenic (‑88/+39) | motA/flhC | proton conductor component of flagella motor/flagellar class II regulon transcriptional activator, with FlhD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (67/65); new base A (17/8); total (84/74) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.30e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.45e-01 | |||||||||||
Only 100 of 176 total aligned reads displayed.
TAAGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTGG > NC_000913/1977128‑1977326 | taagataagCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑Acgt > 2:912159/1‑100 (MQ=255) aagataagCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑‑AAAAAAAGCAGCGGT‑Acgtcg < 2:262738/100‑1 (MQ=255) agataagCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑Acgtcg > 2:738568/1‑100 (MQ=255) agataagCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑Acgtcg > 2:2784623/1‑100 (MQ=255) gatacgCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTCATGCGCGATTGGGGC‑AAAAACAAGCAGCGGT‑Acgtcgt > 1:492835/1‑100 (MQ=255) gataagCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAATGCGCGATTGGGGC‑AAAAACAAGCAGCGGT‑Acgtcgt > 1:491027/1‑100 (MQ=255) aagCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTAc > 2:1282882/1‑100 (MQ=255) agCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGCTTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGttcc > 1:1000988/1‑97 (MQ=255) agCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTAcc > 1:1581446/1‑100 (MQ=255) gCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCg < 2:1614235/100‑1 (MQ=255) aCGACATCACCCTTTCACAATTGACCAGGATATGATGAACAGTATTCAGGCGTTAACGCGCAAAGGGCGC‑AAAAAAAAGGAGCGAT‑ACGTCGATAca > 1:1389207/1‑96 (MQ=255) aCATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGTAACGACG‑TACCgctgct < 1:2979442/100‑1 (MQ=39) aCATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGTAACGACG‑TACCgctgct < 1:782402/100‑1 (MQ=38) aCATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGTAACGACG‑TACCgctgct < 1:3137907/100‑1 (MQ=38) catcatCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGctgctg > 2:2750760/1‑100 (MQ=255) catcatCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGctgctg < 2:1845239/100‑1 (MQ=255) catcCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑AGGTCGTTACCGCTGCTGGaa > 2:4100677/1‑100 (MQ=255) catcCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGaa > 2:2216999/1‑100 (MQ=255) atcCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAAt < 2:52052/100‑1 (MQ=255) cTTCCACTGTTGAGCATGACAGGATGTTCAGTAGTCAGGCGTTAACGCGAGAAAAAAAA‑AATAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGa < 1:2645716/95‑1 (MQ=255) 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ccACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTGGTCAGGCGTTAACTGGCGATAGGAAC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGt < 1:2578761/96‑1 (MQ=255) cACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTgcgc < 1:3191574/100‑1 (MQ=255) tGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTc < 2:1074449/100‑1 (MQ=255) ttGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCAc < 2:4202636/100‑1 (MQ=255) tGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCAcc > 2:137639/1‑100 (MQ=255) gACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCg > 2:2817769/1‑100 (MQ=255) gACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCg > 2:3747910/1‑100 (MQ=255) gACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCg < 1:3205358/100‑1 (MQ=255) cAGGCTGTTCAGTCGGCAGGCGTTAACGCGCGATTGGTGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAg < 1:3185037/98‑1 (MQ=255) cAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGtt > 2:3342547/1‑100 (MQ=255) cAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGtt > 1:662935/1‑100 (MQ=255) cAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGt > 2:293495/1‑99 (MQ=255) ggATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTaa > 1:3624353/1‑100 (MQ=255) gATGTTCAGCCGTCAGGCGTTCACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCACCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCATCACCGTACCAGTTaaa > 1:3500116/1‑100 (MQ=255) 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cgtcAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTAc < 2:3188870/100‑1 (MQ=255) tcAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTActc < 1:4280589/100‑1 (MQ=255) aGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTActctc < 2:2714333/100‑1 (MQ=255) ggCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTActctct > 1:4008438/1‑100 (MQ=255) ggCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTActctct > 2:3223993/1‑100 (MQ=255) gcgcTAACGCGCGATTTGGGC‑AAATAAACGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATCTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTActctc < 1:3707325/98‑1 (MQ=255) gCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTg > 2:2955454/1‑100 (MQ=255) 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1:2005562/100‑1 (MQ=255) tcgtTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTAGCAGTTAAACAGCCTGTGCTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTgg < 2:1165230/100‑1 (MQ=255) | TAAGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGC‑AAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTGG > NC_000913/1977128‑1977326 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |