| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,361,104 | T→C | 41.6% | intergenic (+488/‑72) | gltD → / → gltF | glutamate synthase, 4Fe‑4S protein, small subunit/periplasmic protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,361,104 | 0 | T | C | 41.6% | 68.2 / 148.7 | 135 | intergenic (+488/‑72) | gltD/gltF | glutamate synthase, 4Fe‑4S protein, small subunit/periplasmic protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (39/39); new base C (28/28); total (68/67) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 137 total aligned reads displayed.
CACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACA > NC_000913/3361005‑3361202 | cACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACAtt > 1:1799749/1‑100 (MQ=255) ccAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATGca > 2:649041/1‑100 (MQ=255) cAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATCcac < 1:1167341/100‑1 (MQ=255) gCACCTTATCATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATCcaca < 1:2893512/99‑1 (MQ=255) ccgatcttattCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAAc < 1:1196807/94‑1 (MQ=255) agattattaTTCACATGAACGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAAc > 1:452565/4‑100 (MQ=255) 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1:3548868/1‑100 (MQ=255) tataAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCtttt < 2:2425072/100‑1 (MQ=255) tataAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATCCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCtttt < 1:1403057/100‑1 (MQ=255) ataAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCttttt > 2:1941061/1‑100 (MQ=255) taAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTtttta < 1:47046/100‑1 (MQ=255) agaTTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTttttatt > 2:2986463/3‑100 (MQ=255) aaaTTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATCCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTttttatt < 2:496280/100‑1 (MQ=255) aaaTTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATCTCTGAACGAGTTATTTATTTACATCCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTttttatt < 2:1634341/100‑1 (MQ=255) aaaTTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGACTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTttttatt < 1:830603/100‑1 (MQ=255) aaTTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTCTTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATCAACCAACAGATATATATACTGCTTCAGCTttttattt > 2:364119/1‑100 (MQ=255) aaTTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATCCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTttttattt < 2:4360509/100‑1 (MQ=255) cgatcttAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATCCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTttttatttt < 2:3251383/95‑1 (MQ=255) cATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTaaa < 2:2513137/100‑1 (MQ=255) cATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTaaa > 1:1742959/1‑100 (MQ=255) aaTTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTaaa > 1:1941118/2‑100 (MQ=255) aTTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTaaaa < 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |