| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,729,405 | C→G | 17.1% | intergenic (‑34/+38) | xylB ← / ← xylA | xylulokinase/D‑xylose isomerase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,729,405 | 0 | C | G | 17.1% | 467.0 / 78.4 | 174 | intergenic (‑34/+38) | xylB/xylA | xylulokinase/D‑xylose isomerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (78/64); new base G (20/10); total (100/74) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.11e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.67e-01 | |||||||||||
Only 100 of 180 total aligned reads displayed.
CTCACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGATAATGGTTTACCAGATTTTCCAGTTGTTCCTGGCGACCACTCTGAT > NC_000913/3729306‑3729504 | cTCACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGc < 2:661013/100‑1 (MQ=255)cTCACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGc < 1:3751780/100‑1 (MQ=255) tCACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCt > 1:1032939/1‑100 (MQ=255) tCACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAAGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCt < 1:2387718/100‑1 (MQ=255) cACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTa < 2:3924923/100‑1 (MQ=255) cACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTa < 2:3905833/100‑1 (MQ=255) cACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTa < 2:267785/100‑1 (MQ=255) cccTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTAcc < 1:1193737/100‑1 (MQ=255) cccTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTAcc > 2:1717466/1‑100 (MQ=255) cGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCAAGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAACAAAATGCCCAG‑TATCGCTACCGATAAcc > 1:2001449/1‑100 (MQ=255) gTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCg > 1:869572/1‑100 (MQ=255) tGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGGTTATCGGTAGCGAT‑ACCggg < 2:448060/100‑1 (MQ=38) tGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCggg > 1:3727094/1‑100 (MQ=255) gAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGc > 2:939765/1‑100 (MQ=255) gCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGGTTATCGGTAGCGAT‑ACCGGGcat < 2:3685349/100‑3 (MQ=37) aaTAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACgg < 2:1155649/100‑1 (MQ=255) aaTAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACgg < 1:1275612/100‑1 (MQ=255) attaCTTTTACGCTCGAGGTGCCAAGATCTATGCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGGTTATCGGTAGCGAT‑ACCGGGcatttttt < 1:346447/97‑8 (MQ=21) aTAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACAAATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGGTTATCGGTAGCGAT‑ACCGGGcatttttt < 1:2826031/100‑8 (MQ=25) tAACTTTTACGCCCGAGGTGACAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTACAAAAATGCCCGGTTATCGGTAGCGAT‑ACCGGGcattttttt < 1:1793325/100‑9 (MQ=21) aCTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACt > 1:665857/1‑99 (MQ=255) cTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGCTATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTg < 2:1913970/99‑1 (MQ=255) cTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGc > 2:316909/1‑100 (MQ=255) ttttACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGca < 1:189327/100‑1 (MQ=255) cGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGtt < 1:2296184/100‑1 (MQ=255) cGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGtt > 1:2588937/1‑100 (MQ=255) gCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTa < 1:2804504/100‑1 (MQ=255) cccGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCATTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACAGATAACCGGGCCAACGGAATGCACCGTTAg > 2:364083/1‑100 (MQ=255) 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> 1:333036/1‑100 (MQ=255) gCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTAtt > 2:258506/1‑100 (MQ=255) gCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTACTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTAt < 1:49239/99‑1 (MQ=255) cAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTg > 2:2408958/1‑100 (MQ=255) aGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTc > 2:4162946/1‑100 (MQ=255) aGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACAGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGt > 1:4086801/1‑99 (MQ=255) gATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCg < 1:3623431/100‑1 (MQ=255) aTCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTc > 2:3027967/1‑98 (MQ=255) cTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAAc < 1:156067/100‑1 (MQ=255) cTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAAc < 2:212589/100‑1 (MQ=255) cTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAAc > 2:2339894/1‑100 (MQ=255) cTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAAc > 2:3940095/1‑100 (MQ=255) tATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACa > 2:1418744/1‑100 (MQ=255) tCCCGATATACATATCGATCGTTCATTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGa > 1:2155736/1‑100 (MQ=255) ccGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGATa > 2:2536930/1‑100 (MQ=255) ccGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCAGTTAATTGTCGacc > 1:3002227/1‑93 (MQ=255) gATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTTCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGATAAt > 2:2857498/1‑100 (MQ=255) tataCATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TAGCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGATAATgg > 1:2354412/1‑100 (MQ=255) tataCATATCGATCCTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGATAATgn < 1:3556749/100‑2 (MQ=255) ataCATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGATAATGGt < 1:2010562/100‑1 (MQ=255) taCATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGATAATGGtt > 1:789805/1‑100 (MQ=255) cATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGATAATGGTTTa > 1:3855714/1‑100 (MQ=255) cATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGATAATGGTTTa > 2:4020354/1‑100 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |