| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,214,649 | A→T | 31.2% | I124F (ATC→TTC) | metA → | homoserine O‑transsuccinylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,214,649 | 0 | A | T | 31.2% | 206.4 / 139.2 | 154 | I124F (ATC→TTC) | metA | homoserine O‑transsuccinylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (49/57); new base T (25/23); total (74/80) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.02e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.76e-01 | |||||||||||
Only 100 of 156 total aligned reads displayed.
ACTTTGAAGATATTCAGGATCAGAACTTTGACGGTTTGATTGTAACTGGTGCGCCGCTGGGCCTGGTGGAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGATCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCGACGCTGTTTGTCTGCTGGGCGGTACAGGCCGCGCTCAATATCCTCTACGGCATTCCTA > NC_000913/4214551‑4214748 | cTTTGAAGATATTCAGGATCAGAACTTTGACGGTTTGATTGTAACTGGTGCGCCGCTGGGCCTGGTGGAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGATc < 2:1056344/100‑1 (MQ=255) tttGAAGATATTCAGGATCAGAACTTTGACGGTTTGATTGTAACTGGTGCGCCGCTGGGCCTGGTGGAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGTTCa < 1:1043637/100‑1 (MQ=255) ttGAAGATATTCAGGATCAGAACTTTGACGGTTTGATTGTAACTGGTGCGCCGCTGGGCCTGGTGGAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGTTCaa < 1:3557111/100‑1 (MQ=255) ttGAAGATATTCAGGATCAGAACTTTGACGGTTTGATTGTAACTGGTGCGCCGCTGGGCCTGGTGGAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGATCaa < 2:79172/100‑1 (MQ=255) tGAAGATATTCAGGATCAGAACTTTGACGGTTTGATTGTAACTGGTGCGCCGCTGGGCCTGGTGGAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGATCaaa > 2:380941/1‑100 (MQ=255) gAAGATATTCAGGATCAGAACTTTGACGGTTTGATTGTAACTGGTGCGCCGCTGGGCCTGGTGGAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGATCAAAc < 1:642481/100‑1 (MQ=255) gAAGATATTCAGGATCAGAACTTTGACGGTTTGATTGTAACTGGTGCGCCGCTGGGCCTGGTGGAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGATCAAAc < 1:748950/100‑1 (MQ=255) gATATTCAGGATCAGAACTTTGACGGTTTGATTGTAACTGGTGCGCCGCTGGGCCTGGTGGAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGATCAAACAgg > 2:2732843/1‑100 (MQ=255) gATATTCAGGATCAGAACTTTGACGGTTTGATTGTAACTGGTGCGCCGCTGGGCCGGGTTGATTTTAATGATGTCTCTTACTGGCCGCAGATCAAACggg < 1:2456238/100‑1 (MQ=255) tatTCAGGATCAGAACTTTGACGGTTTGATTGTAACTGGTGCGCCGCTGGGCCTGGTGGAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGATCAAACAGGTg > 2:1009293/1‑100 (MQ=255) ttCAGGATCAGAACTTTGACGGTTTGATTGTAACTGGTGCGCCGCTGGGCCTGGTGGAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGATCAAACAGGTGCt > 1:1942776/1‑100 (MQ=255) ttCAGGATCAGAACTTTGACGGTTTGATTGTAACTGGTGCGCCGCTGGGCCTGGTGGAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGATCAAACAGGTGCt > 2:3189190/1‑100 (MQ=255) tCAGGATCAGAACTTTGACGGTTTGATTGTAACTGGTGCGCCGCTGGGCCTGGTGGAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGATCAAACAGGTGCTg > 2:4257975/1‑100 (MQ=255) cAGGATCAGAACTTTGACGGTTTGATTGTAACTGGTGCGCCGCTGGGCCTGGTGGAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGATCAAACAGGTGCTgg < 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aGAACTTTGACGGTTTGATTGTAACTGGTGCGCCGCTGGGCCTGGTGGAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGATCAAACAGGTGCTGGAGTGGTc > 2:1510416/1‑100 (MQ=255) gAACTTTGACGGTTTGATTGTAACTGGTGCGCCGCTGGGCCTGGTGGAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGATCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCg > 2:905790/1‑100 (MQ=255) aCTTTGACGGTTTGATTGTAACTGGTGCGCCGCTGGGCCTGGTGGAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGTTCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGaa < 2:3286074/100‑1 (MQ=255) tttGACGGTTTGATTGTAACTGGTGCGCCGCTGGGCCTGGTGGAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGATCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAg > 2:123050/1‑100 (MQ=255) ttGACGGTTTGATTGTAACTGGTGCGCCGCTGGGCCTGGTGGAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGTTGAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAg > 1:2483634/1‑99 (MQ=255) ttGACGGTTTGATTGTAACTGGTGCGCCGCTGGGCCTGGTGGAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGATCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGa < 1:2590727/100‑1 (MQ=255) gACGGTTTGATTGTAACTGGTGCGCCGCTGGGCCTGGTGGAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGATCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATc < 2:2195554/100‑1 (MQ=255) aCGGTTTGATTGTAACTGGTGCGCCGCTGGGCCTGGTGGAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCGGCAGATCAAACAGGTGCTGGTGTGGTCGAAAGATCa > 2:4351781/1‑100 (MQ=255) aCGGTTTGATGGTAACTTGTGCGCCGCTGGGCCTGGTGGAGTTCAATGATGGCTCTTACTTGCCTCAGATCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCa < 1:4169268/100‑1 (MQ=255) cGGTTTGATTGTAACTGGTGCGCCGCTGGGCCTGGTGGAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGTTCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCAc > 2:1936816/1‑100 (MQ=255) cGGTTTGATTGTAACTGGTGCGCCGCTGGGCCTGGTGGAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGATCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCAc > 2:562479/1‑100 (MQ=255) ggTTTGATTGTAACTGGTGCGCCGCTGGGCCTGGTGGAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGATCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACg < 2:1759893/100‑1 (MQ=255) ggTTTGATTGTAACTGGTGCGCCGCTGGGCCTGGTGGAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGATCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACg < 2:4241661/100‑1 (MQ=255) ggTTTGATTGTAACTGGTGCGCCGCTGGGCCTGGTGGAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGATCAAACAGGTGCCGGAGTGGTCGAAAGATCACg < 1:104861/100‑1 (MQ=255) tttGATTGTAACTGGTGCGGCGCTGGGCCTGGTGGAGTTTAATGATGTCTCTTACTGGCCGCAGATCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACg < 1:991015/98‑1 (MQ=255) tttGATTGTAACTGGTGCGCCGCTGGGCCTGGTGGAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGTTCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTc > 1:209482/1‑100 (MQ=255) tGATTGTAACTGGTGCGCCGCTGGGCCTGGTGGATTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGATCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAATGATTACGTCAc < 1:2314203/100‑1 (MQ=255) tGATTGTAACTGGTGCGCCGCTGGGCCTGGTGGAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGATCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCAc > 1:4104101/1‑100 (MQ=255) gATTGTAACTGGTGCGCCGCTGGGCCTGGTGGAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGTTCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCAcc > 1:4267233/1‑100 (MQ=255) gATTGTAACTGGTGCGCCGCTGGGCATGGTGCAGATTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGATCCAAACGGTGCCGGAGTCGTCGAAAGATCAAGTCAcc > 1:3654020/1‑100 (MQ=255) ttGTAACTGGTGCGCCGCTGGGCCTGGTGGAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGATCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTc > 2:163737/1‑100 (MQ=255) ttGTAACTGGTGCGCCGCTGGGCCTGGTGGAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGATCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTc > 2:2387716/1‑100 (MQ=255) tGTAACTGGTGCGCCGCTGGGCCTGGTGGAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGATCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCg > 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tGCGCCGCTGGGCCTGGTGGAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGATCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCGACGCTGttt < 2:3332854/100‑1 (MQ=255) cgccgcTGGGCCTGGTGGAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGTTCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCGACGCTGTTTGt > 2:44967/1‑100 (MQ=255) gccgcTGGGCCTGGTGGAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGTTCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCGACGCTGTTTGTc < 1:3923953/100‑1 (MQ=255) gccgcTGGGCCTGGTGGAGTTTAATGATGGCGCTTACTGGCCGCAGATCAAACAGGTGCTGGAGTGTTCGAAAGATCACGTCACCTCGACGCTGTTTGTc < 1:2645228/100‑1 (MQ=255) ccgcTGGGCCTGGTGGAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGATCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCGACGCTGTTTGTct > 2:3487667/1‑100 (MQ=255) cgcTGGGCCTGGTGGAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGATCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCGACGCTGTTTGTctg > 2:2586147/1‑100 (MQ=255) cgcTGGGCCTGGTGGAGTTTAATGATGTAGCTTACTGGCCGCAGTTCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCGACGCTGTTTGTctg > 1:1510117/1‑100 (MQ=255) cTGGGCCTGGTGGAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGTTCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCGACGCTGTTTGTctgct < 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ngTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGTTCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCGACGCTGTTTGTCTGCTGGGCGGTACAGGc > 1:3352938/2‑100 (MQ=255) aGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGATCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCGACGCTGTTTGTCTGCTGGGCGGTACAg > 1:4138047/1‑98 (MQ=255) aGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGATCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCGACGCTGTTTGTCTGCTGGGCGGTACAGGc < 2:3194843/100‑1 (MQ=255) aGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGATCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCGACGCTGTTTGTCTGCTGGGCGGTACAGGc > 2:3113258/1‑100 (MQ=255) aGTTTAATGATGTCGCGTACTGGCCGCAGATCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCGACGCTGTTTGTCTGCTGGGCGGTACAGGc < 1:3245643/100‑1 (MQ=255) tAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGATCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCGACGCTGTTTGTCTGCTGGGCGGTACAGGCcgcg > 2:3576737/1‑100 (MQ=255) aaTGATGTCGCTTACTGGCCGCAGTTCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCGACGCTGTTTGTCTGCTGGGCGGTACAGGCCgcgc > 1:1336547/1‑100 (MQ=255) aaTGATGTCGCTTACTGGCCGCAGATCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCGACGCTGTTTGTCTGCTGGGCGGTACAGGCCgcgc < 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2:3914335/1‑100 (MQ=255) cGCAGATCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCGACGCTGTTTGTCTGCTGGGCGGTACAGGCCGCGCTCAATATCCTCTACGGCAt > 1:32736/1‑100 (MQ=255) cGCAGATCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCGACGCTGTTTGTCTGCTGGGCGGTACAGGCCGCGCTCAATATCCTCTACGGCAt > 2:1424842/1‑100 (MQ=255) cGCAGATCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCGACGCTGTTTGTCTGCTGGGCGGTACAGGCCGCGCTCAATATCCTCTACGGCAt > 2:2057044/1‑100 (MQ=255) gCAGTTCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCGACGCTGTTTGTCTGCTAGGCGGTACAGGCCGCGCTCAATATCCTCTACGGCAtt < 1:1968431/100‑1 (MQ=255) gCAGATCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCGACGCTGTTTGTCTGCTGGGCGGTACAGGCCGCGCTCAATATCCTCTACGGCAtt < 1:3695354/100‑1 (MQ=255) cAGATCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCGACGCTGTTTGTCTGCTGGGCGGTACAGGCCGCGCTCAATATCCTCTACGGCATTc < 2:1394984/100‑1 (MQ=255) aGATCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCGACGCTGTTTGTCTGCTGGGCGGTACAGGCCGCGCTCAATATCCTCTACGGCATTcc < 2:3862875/100‑1 (MQ=255) aGATCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCGACGCTGTTTGTCTGCTGGGCGGTACAGGCCGCGCTCAATATCCTCTACGGCATTcc < 2:3377460/100‑1 (MQ=255) aGATCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCGACGCTGTTTGTCTGCTGGGCGGTACAGGCCGCGCTCAATATCCTCTACGGCATTcc < 1:4071188/100‑1 (MQ=255) aTCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCGACGCTGTTTGTCTGCTGGGCGGTACAGGCCGCGCTCAATATCCTCTACGGCATTCCTa > 2:143800/1‑100 (MQ=255) aTCAAACAGGTGCTGGAGCGGTCGAAAGATCACGTCACCTCGACGCTGTTTGTATGCTGACCGGTACAGGCCGCGCTCAATATCCTATACAGCATTcaaa > 1:3734116/1‑97 (MQ=255) | ACTTTGAAGATATTCAGGATCAGAACTTTGACGGTTTGATTGTAACTGGTGCGCCGCTGGGCCTGGTGGAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGATCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCGACGCTGTTTGTCTGCTGGGCGGTACAGGCCGCGCTCAATATCCTCTACGGCATTCCTA > NC_000913/4214551‑4214748 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |