| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,376,291 | T→C | 16.7% | intergenic (+26/‑26) | efp → / → ecnA | polyproline‑specific translation elongation factor EF‑P/entericidin A membrane lipoprotein, antidote entericidin B |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,376,291 | 0 | T | C | 16.7% | 455.1 / 79.6 | 203 | intergenic (+26/‑26) | efp/ecnA | polyproline‑specific translation elongation factor EF‑P/entericidin A membrane lipoprotein, antidote entericidin B |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (81/88); new base C (22/12); total (103/100) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.11e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.77e-01 | |||||||||||
Only 100 of 205 total aligned reads displayed.
CGCTGTTTGTACAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTGTAACACCGCTCGCGG > NC_000913/4376192‑4376387 | cGCTGTTTGTACAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGCATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCt > 2:1831468/1‑100 (MQ=255)cGCTGTTTGTACAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCt > 1:2498819/1‑100 (MQ=255) cTGTTTGTACAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGc < 2:547978/100‑1 (MQ=255) tGTTTGTACAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCa < 2:1101912/100‑1 (MQ=255) tGTTTGTACAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCa < 1:73874/100‑1 (MQ=255) gTTTGTACAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCAGCCTGCAGGCCGCAc < 1:1222846/100‑1 (MQ=255) tttGTACAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATATCCGTTCTGGTGACTACGTCTCTCGCGTGAAGCAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCAcc < 1:1900792/100‑1 (MQ=255) tttGTACAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCAGCCTGCAGGCCGCAcc < 2:3107412/100‑1 (MQ=255) tttGTACAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCAGCCTGCAGGCCGCAcc < 2:651619/100‑1 (MQ=255) tttGTACAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCAGCCTGCAGGCCGCAcc < 1:3660804/100‑1 (MQ=255) tttGTACAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCAGCCTGCAGGCCGCAcc < 1:4167919/100‑1 (MQ=255) ttGTACAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCa < 1:2086563/100‑1 (MQ=255) ttGTACAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCAGCCTGCAGGCCGCACCa < 1:389442/100‑1 (MQ=255) ttGTACAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCAGCCTGCAGGCCGCACCa < 1:1480872/100‑1 (MQ=255) ttGTACAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCAGCCTGCAGGCCGCACCa < 2:816929/100‑1 (MQ=255) tGTACAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCAt > 1:2277204/1‑100 (MQ=255) tGTACAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCAGCCTGCAGGCCGCACCa < 1:413111/99‑1 (MQ=255) gTACAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATc < 2:4231044/100‑1 (MQ=255) aCAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCAc > 1:4006213/1‑100 (MQ=255) cAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACt < 1:1042706/100‑1 (MQ=255) aaaTCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACtt < 2:431726/100‑1 (MQ=255) aaaTCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACtt > 1:4102162/1‑100 (MQ=255) aaTCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTa > 1:1606931/1‑100 (MQ=255) aaTCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTa > 1:4038347/1‑100 (MQ=255) cGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTc < 2:1608820/100‑1 (MQ=255) cGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTc < 2:3633058/100‑1 (MQ=255) cGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTc < 2:1988044/100‑1 (MQ=255) tgCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCa < 1:3817834/99‑1 (MQ=255) ggCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCa > 2:2257858/1‑100 (MQ=255) ggCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCa > 1:646133/1‑100 (MQ=255) ggCGAAGTCATCAAAGTGGATACACGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTACAGGCTGCACCCTCACTTATTc > 1:114781/1‑99 (MQ=255) gCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGATTACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAg < 1:2316789/100‑1 (MQ=255) cGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGGGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAgg < 1:1099996/100‑1 (MQ=255) gAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGt < 2:3197830/100‑1 (MQ=255) aGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCa > 2:3249561/1‑100 (MQ=255) tcatcaAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCaga > 2:4124287/1‑100 (MQ=255) gatcaAAGGGGATACCCGCTCTGGAGAATACATATCACGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCag > 1:1674864/2‑98 (MQ=255) catcaAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCagag > 1:4113630/1‑100 (MQ=255) catcaAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCagag > 2:2111454/1‑100 (MQ=255) catcaAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCagag < 2:2573599/100‑1 (MQ=255) catcaAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCagag > 1:3762563/1‑100 (MQ=255) atcaAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTTCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCaga > 2:2857148/1‑98 (MQ=255) atcaAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAgaga < 2:1941414/100‑1 (MQ=255) atcaAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAgaga < 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cccGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGGTGAAACGCCt > 2:1264653/1‑100 (MQ=255) cccGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCt < 1:965469/100‑1 (MQ=255) cccGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCt > 2:1745060/1‑100 (MQ=255) ccGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAGGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCtt < 2:330998/100‑1 (MQ=255) ccGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCtt > 1:3745967/1‑100 (MQ=255) gCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTan < 1:1143972/100‑2 (MQ=255) ctGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGATTGTGGTGCGGCCTGCCGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGt > 1:2904035/1‑100 (MQ=255) tGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGtt > 2:1428422/1‑100 (MQ=255) ggTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTc < 2:3224836/100‑1 (MQ=255) gAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTg < 2:3059782/100‑1 (MQ=255) aaTACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACTATCTCTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGt < 1:1630523/100‑1 (MQ=255) tACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGttt > 2:2313929/1‑100 (MQ=255) aCGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGtttt < 2:2467423/100‑1 (MQ=255) cGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTttg > 2:1240242/1‑100 (MQ=255) ctctcGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTttgctt > 2:742538/1‑100 (MQ=255) 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atggtgCAGCCTGCAGGCCGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTg > 2:2729798/2‑100 (MQ=255) atggtgCAGCCTGCAGGCCGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTg > 1:1248355/2‑100 (MQ=255) tggtgCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTg > 2:1214073/1‑99 (MQ=255) tggtgCAGCCTGCAGGCCGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTGt > 2:3772357/1‑100 (MQ=255) tggtgCAGCCTGCAGGCCGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTGt > 2:1558981/1‑100 (MQ=255) ggtgCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTGTa < 1:3319615/100‑1 (MQ=255) ggtgCAGCCTGCAGGCCGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTGTa > 2:1623712/1‑100 (MQ=255) ggtgCAGCCTGCAGGCCGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCGGCTCACGGGCTGTa > 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cTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTGTAACACCGc > 2:453539/1‑99 (MQ=255) tGCAGGCCGCACCACCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTGTAACACCGCTc > 2:2744848/1‑100 (MQ=255) ggCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTGTAACACCGCTCGCgg > 1:579093/1‑100 (MQ=255) ggCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTGTAACACCGCTCGCgg > 2:2579943/1‑100 (MQ=255) | CGCTGTTTGTACAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTGTAACACCGCTCGCGG > NC_000913/4376192‑4376387 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |