| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 693,023 | T→G | 15.4% | K119T (AAG→ACG) | ybeZ ← | heat shock protein, putative NTPase; PhoH‑like protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 693,023 | 0 | T | G | 15.4% | 399.1 / 68.7 | 163 | K119T (AAG→ACG) | ybeZ | heat shock protein, putative NTPase; PhoH‑like protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (72/66); new base G (8/17); total (80/83) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.21e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.25e-01 | |||||||||||
Only 100 of 169 total aligned reads displayed.
GCCAGGTAGGTTTTACCCGTACCCGCCGGGCCAACGCCGAAGGTAATGTCATGGTCGAGAATATTGGCGATGTACTGCGCCTGGTTTGGCGTGCGCGGCTTAATTACGCCGCGTTTGGTTTTGATATTGACCGCTTTGCCGTACTCCGGCACGCTCTCCGCGCTTTGCTCCAGTACCCGCGCTTCTTTAATCGCAAGGT > NC_000913/692924‑693122 | gCCAGGTAGGTTTTACCCGTACCCGCCGGGCCAACGCCGAAGGTAATGTCATGGTCGAGAATATTGGCGATGTACTGCGCCTGGTTTGGCGTGCGCGGCt > 2:2234678/1‑100 (MQ=255)gCCAGGTAGGTTTTACCCGTACCCGCCGGGCCAACGCCGAAGGTAATGTCATGGTCGAGAATATTGGCGATGTACTGCGCCTGGTTTGGCGTGCGCGGCt > 1:239271/1‑100 (MQ=255) aggtaggtTTTACCCGTACCCGCCGGGCCAACGCCGAAGGTAATGTCATGGTCGAGAATATTGGCGATGTACTGCGCCTGGTTTGGCGTGCGCGGCTTaa > 1:99984/1‑100 (MQ=255) ggtaggtTTTACCCGTACCCGCCGGGCCAACGCCGAAGGTAATGTCATGGTCGAGAATATTGGCGATGTACTGCGCCTGGTTTGGCGTGCGCGGCTTAAt > 1:1090267/1‑100 (MQ=255) ggtaggtTTTACCCGTACCCGCCGGGCCAACGCCGAAGGTAATGTCATGGTCGAGAATATTGGCGATGTACTGCGCCTGGTTTGGCGTGCGCGGCTTAAt > 2:4411351/1‑100 (MQ=255) ggtaggtTTTACCCGTACCCGCCGGGCCAACGCCGAAGGTAATGTCATGGTCGAGAATATTGGCGATGTACTGCGCCTGGTTTGGCGTGCGCGGCTTAAt < 2:2630045/100‑1 (MQ=255) ggtaggtTTTACCCGTACCCGCCGGGCCAACGCCGAAGGTAATGTCATGGTCGAGAATATTGGCGATGTACTGCGCCTGGTTTGGCGTGCGCGGCTTAAt > 1:1770860/1‑100 (MQ=255) ggtaggtTTTACCCGTACCCGCCGGGCCAACGCCGAAGGTAATGTCATGGTCGAGAATATTGGCGATGTACTGCGCCTGGTTTGGCGTGCGCGGCTTAAt < 1:1809003/100‑1 (MQ=255) gtaggtTTTACCCGTACCCGCCGGGCCAACGCCGAAGGTAATGTCATGGTCGAGAATATTGGCGATGTACTGCGCCTGGTTTGGCGTGCGCGGCTTAAtt < 2:939134/100‑1 (MQ=255) gtaggtTTTACCCGTACCCGCCGGGCCAACGCCGAAGGTAATGTCATGGTCGAGAATATTGGCGATGTACTGCGCCTGGTTTGGCGTGCGCGGCTTAAtt < 2:1992643/100‑1 (MQ=255) taggtTTTACCCGTACCCGCCGGGCCAACGCCGAAGGTAATGTCATGGTCGAGAATATTGGCGATGTACTGCGCCTGGTTTGGCGTGCGCGGCTTAATTa < 1:3115224/100‑1 (MQ=255) taggtTTTACCCGTACCCGCCGGGCCAACGCCGAAGGTAATGTCATGGTCGAGAATATTGGCGATGTACTGCGCCTGGTTTGGCGTGCGCGGCTTAATTa > 2:1005103/1‑100 (MQ=255) aggtTGTACCCGTACCCGCCGGGCCAACGCCGAAGGTAAGGTCATGGTCGAGAATATTGGCGATGTACTGCGCCTGGTTTGGCGTGCGCGGCTTAAtt < 1:372883/98‑1 (MQ=255) gtTTTACCCGTACCCGCCGGGCCAACGCCGAAGGTAATGTCATGGTCGAGAATATTGGCGCTGTACTGCGCCTGGTTTGGCGTGCGCGGCTTAATTAcgc > 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2:616982/6‑100 (MQ=255) gTGCGCGGCTTAATTACGCCGCGTTTGGTTTTGATATTGACCGCTTTGCCGTACTCCGGCACGCTCTCCGCGCTTTGCTCCAGTACCCGCGCTTCTTTaa > 2:2438486/1‑100 (MQ=255) gTGCGCGGCTTAATTACGCCGCGTTTGGTTTTGATATTGACCGCTTTGCCGTACTCCGGCACGCTCTCCGCGCTTTGCTCCAGTACCCGCGCTTCTTTaa > 1:355050/1‑100 (MQ=255) aaacgcgGCGTAATTAAGCCGCGTTTGGTTTTGATATTGACCGCTTTGCCGTACTCCGGCACGCTCTCCGCGCTTTGCTCCAGTACCCGCGCTTCTTTaa < 1:928584/97‑1 (MQ=255) aaacgcgGCGTAATTAAGCCGCGTTTGGTTTTGATATTGACCGCTTTGCCGTACTCCGGCACGCTCTCCGCGCTTTGCTCCAGTACCCGCGCTTCTTTaa > 2:4146307/4‑100 (MQ=255) tGCGCGGCTTAATTACGCCGCGTTTGGTTTTGATATTGACCGCTTTGCCGTACTCCGGCACGCTCTCCGCGCTTTGCTCCAGTACCCGCGCTTCTTTAAt < 2:181949/100‑1 (MQ=255) gcgcGGCTTAATTAGGCCGCGTTTGGTTTTGATATTGACCGCTTTGCCGTACTCCGGCACGCTCTCCGGGCTTTGCTCCAGTACCCGCGCTTCTTTAATc > 1:3672473/1‑100 (MQ=255) cgcgGCTTAATTACGCCGCGTTTGGTTTTGATATTGACCGCTTTGCCGTACTCCGGCACGCTCTCCGCGCTTTGCTCCAGTACCCGCGCTTCTTTAATCg > 2:199376/1‑100 (MQ=255) cgcgGCTTAATTACGCCGCGGTTGGTTTTGAGATTGACCGCTTTGCCGTACTCCGGCACGCTCTCCGCGCTTTGCTCCAGTACCCGCGCTTCTGTAATCg < 1:703125/100‑1 (MQ=255) gcgGCTTAATTACGCCGCGTTTGGTTTTGATATTGACCGCTTTGCCGTACTCCGGCACGCTCTCCGCGCTTTGCTCCAGTACCCGCGCTTCTTTAATCGc < 1:2238093/100‑1 (MQ=255) gCTTAATTACGCCGCGTTTGGTTTTGATATTGACCGCTTTGCCGTACTCCGGCACGCTCTCCGCGCGTTGCTCCAGTACCCGCGCTTCTTTAATCGCAAg < 1:1972592/100‑1 (MQ=255) ttAATTACGCCGCGTTTGGTTTTGATATTGACCGCTTTGCCGTACTCCGGCACGTTCTCCGCGCTTTGCTCCAGTACCCGCGCTTCTTTAATCGCAAGGt > 2:1980501/1‑100 (MQ=255) | GCCAGGTAGGTTTTACCCGTACCCGCCGGGCCAACGCCGAAGGTAATGTCATGGTCGAGAATATTGGCGATGTACTGCGCCTGGTTTGGCGTGCGCGGCTTAATTACGCCGCGTTTGGTTTTGATATTGACCGCTTTGCCGTACTCCGGCACGCTCTCCGCGCTTTGCTCCAGTACCCGCGCTTCTTTAATCGCAAGGT > NC_000913/692924‑693122 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |