Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 693,030 | C→A | 15.3% | V117L (GTA→TTA) | ybeZ ← | heat shock protein, putative NTPase; PhoH‑like protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 693,030 | 0 | C | A | 15.3% | 408.9 / 51.9 | 150 | V117L (GTA→TTA) | ybeZ | heat shock protein, putative NTPase; PhoH‑like protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (59/65); new base A (7/16); total (69/81) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.72e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 166 total aligned reads displayed.
GGTTTTACCCGTACCCGCCGGGCCAACGCCGAAGGTAATGTCATGGTCGAGAATATTGGCGATGTACTGCGCCTGGTTTGGCGTGCGCGGCTTAATTACGCCGCGTTTGGTTTTGATATTGACCGCTTTGCCGTACTCCGGCACGCTCTCCGCGCTTTGCTCCAGTACCCGCGCTTCTTTAATCGCAAGGTGGATCTG > NC_000913/692932‑693129 | ggtTTTACCCGTACCCGCCGGGCCAACGCCGAAGGTAATGTCATGGTCGAGAATATTGGCGATGTACTGCGCCTGGTTTGGCGTGCGCGGCTTAATTAcg > 2:2202556/1‑100 (MQ=255) ggtTTTACCCGTACCCGCCGGGCCAACGCCGAAGGTAATGTCATGGTCGAGAATATTGGCGATGTACTGCGCCTGGTTTGGCGTGCGCGGCTTAATTAcg > 1:4411779/1‑100 (MQ=255) gtTTTACCCGTACCCGCCGGGTCAACGCCGAAGGTAATGTCATGGTCGAGAATATTGGCGATGTACTGCGCCTGGTTTGGCGTGCGCGGCGTAATTAagc < 1:1941965/100‑1 (MQ=255) gtTTTACCCGTACCCGCCGGGCCAACGCCGAAGGTAATGTCATGGTCGAGAATATTGGCGCTGTACTGCGCCTGGTTTGGCGTGCGCGGCTTAATTAcgc > 1:3007467/1‑100 (MQ=255) gtTTTACCCGTACCCGCCGGGCCAACGCCGAAGGTAATGTCATGGTCGAGAATATTGGCGATGTACTGCGCCTGGTTTGGCGTGCGCGGCTTAATTAcgc > 1:3559107/1‑100 (MQ=255) gtTTTACCCGTACCCGCCGGGCCAACGCCGAAGGTAATGTCATGGTCGAGAATATTGGCGATGTACTGCGCCTGGTTTGGCGTGCGCGGCTTAATTAcgc > 2:2086552/1‑100 (MQ=255) gtTTTACCCGTACCCGCCGGGCCAACGCCGAAGGTAATGTCATGGTCGAGAATATTGGCGATGTACTGCGCCTGGTTTGGCGTGCGCGGCTTAATTAcgc > 2:1972599/1‑100 (MQ=255) gtTTTACCCGTACCCGCCGGGCCAACGCCGAAGGTAATGTCATGGTCGAGAATATTGGCGATGTACTGCGCCTGGTTTGGCGTGCGCGGCTTAATTAcgc > 2:4380227/1‑100 (MQ=255) tttACCCATACCCGCCGGGCCAACGCCGAAGGTAATGTCATGGTCGAGAATATTGGCTATGTACTGCGCCTGGTTTGGCGTGCGCGGCTTAATTAcgccg > 1:3098521/1‑100 (MQ=255) tacccgtacccgCCGGGGCAACGCCGAAGGTAATGTCATGGTCGAGAATATTGGCGCTGTACTGCGTCTGGTTTGGCGTGCGCGGCTTAATTATGCcgcg > 2:2450595/1‑100 (MQ=255) acccgtacccgCCGGGCCAACGCCGAAGGTAATGTCATGGTCGAGAATATTGGCGATGTACTGCGCCTGGTTTGGCGTGCGCGGCTTAATTACGCCGCGt > 1:1989489/1‑100 (MQ=255) ccgtacccgCTGGGCCAACGCCGAAGGTAATGTCATGGTCGAGAATATTGGCGATGTACTGCGCCTTGTTTGGCGTGCGCGGCGTAATTAAGCcgcgcac < 1:2898073/100‑4 (MQ=255) ccgtacccgCCGGGCCAACGCCGAAGGTAATGTCATGGTCGAGAATATTGGCGATGTACTGCGCCTGGTTTGGCGTGCGCGGCGTAATTAAGCcgcgcac < 1:101548/100‑4 (MQ=255) ccgtacccgCCGGGCCAACGCCGAAGGTAATGTCATGGTCGAGAATATTGGCGATGTACTGCGCCTGGTTTGGCGTGCGCGGCGTAATTAAGCcgcgcac < 1:3559955/100‑4 (MQ=255) ccgtacccgCCGGGCCAACGCCGAAGGTAATGTCATGGTCGAGAATATTGGCGATGTACTGCGCCTGGTTTGGCGTGCGCGGCGTAATTAAGCcgcgcac < 1:90872/100‑4 (MQ=255) cgtacccgCCGGGCCAACGCCGAAGGTAATGTCATGGTCGAGAATATTGGCGATGTACTGCGCCTGGTTTGGCGTGCGCGGCTTAATTACGCCGCGTTTg > 1:3165608/1‑100 (MQ=255) cgtacccgCCGGGCCAACGCCGAAGGTAATGTCATGGTCGAGAATATTGGCGATGTACTGCGCCTGGTTTGGCGTGCGCGGCGTAATTAAGCcgcgcacg < 2:1260753/100‑5 (MQ=255) cgtacccgCCGGGCCAACGCCGAAGGTAATGTCATGGTCGAGAATATTGGCGATGTACTGCGCCTGGTTTGGCGTGCGCGGCGTAATTAAGCcgcgcacg < 2:391157/100‑5 (MQ=255) cgtacccgCCGGGCCAACGCCGAAGGTAATGTCATGGTCGAGAATATTGGCGATGTACTGCGCCTGGTTTGGCGTGCGCGGCGTAATTAAGCcgcgcacg < 2:3621678/100‑5 (MQ=255) cgtacccgCCGGGCCAACGCCGAAGGTAATGTCATGGTCGAGAATATTGGCGATGTACTGCGCCTGGTTTGGCGTGCGCGGCGTAATTAAGCcgcgcacg < 2:2587983/100‑5 (MQ=255) cgtacccgCCGGGCCAACGCCGAAGGTAATGTCATGGTCGAGAATATTGGCGATGTACTGCGCCTGGTGTGGCGTGCGCGGCTTAATTACGCCGCGTTTg > 2:3706678/1‑100 (MQ=255) 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1:862340/1‑100 (MQ=255) cgccgGGCCAACGCCGAAGGTAATGTCATGGTCGAGAATATTGGCGATGTACTGCGCCTGGTTTGGCGTGCGCGGCTTAATTACGCCGCGTTTGGTTTTg > 1:4372894/1‑100 (MQ=255) cgccgGGCCAACGCCGAAGGTAATGTCATGGTCGAGAATATTGGCGATGTACTGCGCCTGGTTTGGCGTGCGCGGCTTAATTACGCCGCGTTTGGTTTTg < 2:2621156/100‑1 (MQ=255) gccgGGCCAACGCCGAAGGTAATGTCATGGTCGAGAATATTGGCGATGTACTGCGCCTGGTTTGGCGTGCGCGGCTTAATTACGCCGCGTTTGGTTTTGa < 1:3327512/100‑1 (MQ=255) gccgGGCCAACGCCGAAGGTAATGTCATGGTCGAGAATATTGGCGATGTACTGCGCCTGGTTTGGCGTGCGCGGCTTAATTACGCCGCGTTTGGTTTTGa < 2:1248479/100‑1 (MQ=255) cgGGCCAACGCCGAAGGTAATGTCATGGTCGAGAATATTGGCGATGTACTGCGCCTGGTTTGGCGTGCGCGGCTTAATTACGCCGCGTTTGGTTTTGata > 2:1710231/1‑100 (MQ=255) cgGGCCAACGCCGAAGGTAATGTCATGGTCGAGAATATTGGCGATGTACTGCGCCTGGTTTGGCGTGCGCGGCTTAATTACGCCGCGTTTGGTTTTGata < 2:4285084/100‑1 (MQ=255) cgGGCCAACGCCGAAGGTAATGTCATGGTCGAGAATATTGGCGATGTACTGCGCCTGGTTTGGCGTGCGCGGCTTAATTACGCCGCGTTTGGTTTTGata < 1:2753822/100‑1 (MQ=255) gggCCAACGCCGAAGGTAATGTCATGGTCGAGAATATTGGCGATGTACTGCGCCTGGTTTGGCGTGCGCGGCTTAATTACGCCGCGTTTGGTTTTGatat > 1:791962/1‑100 (MQ=255) gCCAACGCCGAAGGTAATGTCATGGTCGAGAATATTGGCGATGTACTGCGCCTGGTTTGGCGTGCGCGGCTTAATTACGCCGCGTTTGGTTTTGATATTg > 1:981964/1‑100 (MQ=255) gCCAACGCCGAAGGTAATGTCATGGTCGAGAATATTGGCGATGTACTGCGCCTGGTTTGGCGTGCGCGGCTTAATTACGCCGCGTTTGGTTTTGATATTg > 1:1256497/1‑100 (MQ=255) gCCAAAGCCGAAGGTAATGTCATGGTCGAGAATATTGGCGATGTACTGCGCCTGGTTTGGCGTGCGCGGCTTAATTACGCCGCGTTTGGTTTTGATATTg < 1:3790145/100‑1 (MQ=255) ccAACGCCGAAGGTAATGTCATGGTCGAGAATATTGGCGATGTACTGCGCCTGGTTTGGCGTGCGCGGCTTAATTACGCCGCGTTTGGTTTTGATATTGa < 1:1156683/100‑1 (MQ=255) cAACGCCGAAGGTAATGTCATGGTCGAGAATATTGGCGATGTACTGCGCCTGGTTTGGCGTGCGCGGCTTAATTACGCCGCGTTTGGTTTTGATATTGAc > 2:2875228/1‑100 (MQ=255) cGCCGAAGGTAATGTCATGGTCGAGAATATTGGCGATGTACTGCGCCTGGTTTGGCGTGCGCGGCTTAATTAGGCCGCGTTTGGTTTTGCTATTGACCGc > 1:2030838/1‑100 (MQ=255) cGAAGGTAATGTCATGGTCGAGAATATTGGCGATGTACTGCGCCTGGTTTGGCGTGCGCGGCTTAATTACGCCGCGTTTGGTTTTGATATTGACCGCttt > 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ttGGCGTGCGCGGCTTAATTACGCCGCGTTTGGTTTTGATATTGACCGCTTTGCCGTACTCCGGCACGCTCTCCGCGCTTTGCTCCAGTACCCGCGcttc < 2:2808898/100‑1 (MQ=255) tGGCGTGCGCGGCTTAATTACGCCGCGTTTGGTTCTGATATTGACCGCTTTGCCGTACTCCGGCACGCTCTCCGCGCTTTGCTCCAGTACCCGCGcttct < 2:3545639/100‑1 (MQ=255) gCGTGCGCGGCTTAATTACGCCGCGTTTGGTTTTGATATTGACCGCTTTGCCGTACTCCGGCACGCTCTCCGCGCTTTGCTCCAGTACCCGCGCTTCttt < 2:54738/100‑1 (MQ=255) caaacgcgGCGTAATTAAGCCGCGTTTGGTTTTGATATTGACCGCTTTGCCGTACTCCGGCACGCTCTCCGCGCTTTGCTCCAGTACCCGCGCTTCTTTa > 1:2067473/5‑100 (MQ=255) gTGCGCGGCTTAATTACGCCGCGTTTGGTTTTGATATTGACCGCTTTGCCGTACTCCGGCACGCTCTCCGCGCTTTGCTCCAGTACCCGCGCTTCTTTaa > 1:355050/1‑100 (MQ=255) gTGCGCGGCTTAATTACGCCGCGTTTGGTTTTGATATTGACCGCTTTGCCGTACTCCGGCACGCTCTCCGCGCTTTGCTCCAGTACCCGCGCTTCTTTaa < 1:3989612/100‑1 (MQ=255) aaacgcgGCGTAATTAAGCCGCGTTTGGTTTTGATATTGACCGCTTTGCCGTACTCCGGCACGCTCTCCGCGCTTTGCTCCAGTACCCGCGCTTCTTTaa > 2:4146307/4‑100 (MQ=255) tGCGCGGCTTAATTACGCCGCGTTTGGTTTTGATATTGACCGCTTTGCCGTACTCCGGCACGCTCTCCGCGCTTTGCTCCAGTACCCGCGCTTCTTTAAt > 2:4406693/1‑100 (MQ=255) gcgcGGCTTAATTAGGCCGCGTTTGGTTTTGATATTGACCGCTTTGCCGTACTCCGGCACGCTCTCCGGGCTTTGCTCCAGTACCCGCGCTTCTTTAATc > 1:3672473/1‑100 (MQ=255) gcgcGGCTTAATTACGCCGCGTTTGGTTTTGATATTGACCGCTTTGCCGTACTCCGGCACGCTCTCCGCGCTTTGCTCCAGTACCCGCGCTTCTTTAATc < 2:835194/100‑1 (MQ=255) cgcgGCTTAATTACGCCGCGGTTGGTTTTGAGATTGACCGCTTTGCCGTACTCCGGCACGCTCTCCGCGCTTTGCTCCAGTACCCGCGCTTCTGTAATCg < 1:703125/100‑1 (MQ=255) ttAATTACGCCGCGTTTGGTTTTGATATTGACCGCTTTGCCGTACTCCGGCACGTTCTCCGCGCTTTGCTCCAGTACCCGCGCTTCTTTAATCGCAAGGt > 2:1980501/1‑100 (MQ=255) tAATCACGCCGCTTTTAGATCTGATATTGACCCCTTTGCCTTACTCCGGCACGCTCTCCGCGCTTTGCTCCAGTACCCGCGCTTCTTTAATCGCAAGGTg < 2:2569883/100‑1 (MQ=255) ttACGCCGCGTTTGGTTTTGATATTGACCGCTTTGCCGTACTCCGGCACGCTCTCCGCGCTTTGCTCCAGTACCCGCGCTTCTTTAATCGCAAGGTGGAt > 2:2305124/1‑100 (MQ=255) ttACGCCGCGTTTGGTTTTGATATTGACCGCTTTGCCGTACTCCGGCACGCTCTCCGCGCTTTGCTCCAGTACCCGCGCTTCTTTAATCGCAAGGTGGAt > 1:827021/1‑100 (MQ=255) tACGCCGCGTTTGGTTTTGATATTGACCGCTTTGCCGTACTCCGGCACGCTCTCCGCGCTTTGCTCCAGTACCCGCGCTTCTTTAATCGCAAGGTGGATc > 1:121580/1‑100 (MQ=255) cgccgcGTTTGGTTTTGATATTGACCGCTTTGCCGTACTCCGTCACGCTCTCCGCGCTTTGCTCCAGTACCCGCGCTTCTTTAATCGCAAGGTGGATCTg < 1:4077659/100‑1 (MQ=255) cgccgcGTTTGGTTTTGATATTGACCGCTTTGCCGTACTCCGGCACGCTCTCCGCGCTTTGCTCCAGTACCCGCGCTTCTTTAATCGCAAGGTGGATCTg > 1:942636/1‑100 (MQ=255) cgccgcGTTTGGTTTTGATATTGACCGCTTTGCCGTACTCCGGCACGCTCTCCGCGCTTTGCTCCAGTACCCGCGCTTCTTTAATCGCAAGGTGGATCTg > 1:1554287/1‑100 (MQ=255) | GGTTTTACCCGTACCCGCCGGGCCAACGCCGAAGGTAATGTCATGGTCGAGAATATTGGCGATGTACTGCGCCTGGTTTGGCGTGCGCGGCTTAATTACGCCGCGTTTGGTTTTGATATTGACCGCTTTGCCGTACTCCGGCACGCTCTCCGCGCTTTGCTCCAGTACCCGCGCTTCTTTAATCGCAAGGTGGATCTG > NC_000913/692932‑693129 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |