| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,212,535 | A→G | 41.6% | intergenic (‑532/+168) | iraM ← / ← ycgX | RpoS stabilzer during Mg starvation, anti‑RssB factor/DUF1398 family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,212,535 | 0 | A | G | 41.6% | 72.6 / 176.4 | 154 | intergenic (‑532/+168) | iraM/ycgX | RpoS stabilzer during Mg starvation, anti‑RssB factor/DUF1398 family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (59/31); new base G (33/31); total (92/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.64e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.31e-01 | |||||||||||
Only 100 of 156 total aligned reads displayed.
CCAAAATACATGTGCGTTAAGTATTGAAACGGACGTGTGGCACGGCCGTTGTTTTTATAAATATGTTAACCGTTATAAAATAACGTATCAAAAGTCAAGTGATCACATTTCAAATATCAAGTTGATAGTATTAGTCTGGTGATTATTTATGGGTGACAATAAAAAGACAGTATTAATCATCCATAGAGATAGTCTCT > NC_000913/1212438‑1212634 | ccAAAATACATGTGCGTTAAGTATTGAAACGGACGTGTGGCACGGCCGTTGTTTTTATAAATATGTTAACCGTTATAAAATAACGTATCAAAAGTCAGGt > 1:3933736/1‑100 (MQ=255)ccAAAATACATGTGCGTTAAGTATTGAAACGGACGTGTGGCACGGCCGTTGTTTTTATAAATATGTTAACCGTTATAAAATAACGTATCAAAAGTCAAGt > 1:2133904/1‑100 (MQ=255) aTACATGTGCGTTAAGTATTGAAACGGACGTGTGGCACGGCCGTTGTTTTTATAAATATGTTAACCGTTATAAAATAACGTATCAAAAGTCAGGTGATca < 1:531854/100‑1 (MQ=255) cATGTGCGTTAAGTATTGAAACGGACGTGTGGCACGGCCGTTGTTTTTATAAATATGTTAACCGTTATAAAATAACGTATCAAAAGTCAAGTGATCACAt > 1:1397083/1‑100 (MQ=255) tgtgCGTTAAGTATCGAAACGGACGTGTGGCACGGCCGTTGTTTTTATAAATATGTTAACCGTTATAAAATAACGTATCAAAAGTCAAGTGATCACAttt > 2:2674879/1‑100 (MQ=255) gtgCGTTAAGTATTGAAACGGACGTGTGGCACGGCCGTTGTTTTTATAAATATGTTAACCGTTATAAAATAACGTATCAAAAGTCAGGTGATCACATTTc > 2:1233310/1‑100 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |