| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,620,227 | C→G | 17.5% | intergenic (+20/+11) | marB → / ← eamA | periplasmic mar operon regulator/cysteine and O‑acetyl‑L‑serine efflux system |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,620,227 | 0 | C | G | 17.5% | 395.4 / 75.5 | 155 | intergenic (+20/+11) | marB/eamA | periplasmic mar operon regulator/cysteine and O‑acetyl‑L‑serine efflux system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (56/71); new base G (15/12); total (72/83) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.96e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.64e-01 | |||||||||||
Only 100 of 160 total aligned reads displayed.
TGATTTAAATCACATGGGTACTGGCAGTGATAAGTCGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGATATACAGCCCGGTCATAATGAGCACCGCACCTAAAAATT > NC_000913/1620129‑1620326 | gATTTAAATCACATGGGTACTGGCAGTGATAAGTCGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACAtctc < 1:4313694/100‑1 (MQ=255) aTTTAAATCACATGGGTACTGGCAGTGATAAGTCGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCg > 2:3231483/1‑100 (MQ=255) tttAAATCACATGGGTACTGGCAGTGATAAGTCGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCgg < 1:1244423/100‑1 (MQ=255) tttAAATCACATGGGTACTGGCAGTGATAAGTCGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCgg < 2:2452883/100‑1 (MQ=255) ttAAATCACATGGGTACTGGCAGTGATAAGTCGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCggg < 2:1452683/100‑1 (MQ=255) ttAAATCACATGGGTACTGGCAGTGATAAGTCGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCggg < 2:1124662/100‑1 (MQ=255) ttAAATCACATGGGTACTGGCAGTGATAAGTCGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCggg < 2:2600739/100‑1 (MQ=255) aaaTCACATGGGTACTGGCAGTGATAAGTCGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGAGATGTCGGGGc < 2:3994643/100‑1 (MQ=255) aaaTCACATGGGTACTGGCAGTGATAAGTCGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGc > 1:1832541/1‑100 (MQ=255) aaTCACATGGGTACTGGCAGTGATAAGTCGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGAGATGTCGGGGcc < 2:850708/100‑2 (MQ=255) aaTCACATGGGTACTGGCAGTGATAAGTCGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGAGATGTCGGGGcc < 1:72442/100‑2 (MQ=255) aaTCACATGGGTACTGGCAGTGATAAGTCGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGAGATGTCGGGGcc < 2:2780309/100‑2 (MQ=255) aaTCACATGGGTACTGGCAGTGATAAGTCGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCt < 2:188906/100‑1 (MQ=255) aTCACATGGGTACTGGCAGTGATAAGTCGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGAGATGTCGGGGcca < 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2:1620838/1‑100 (MQ=255) aGTCGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCtt > 2:4321291/1‑100 (MQ=255) gTCGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCttt < 1:3913011/100‑1 (MQ=255) gTCGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCttt < 1:664477/100‑1 (MQ=255) cGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTAc < 2:2483443/100‑1 (MQ=255) ggATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACg < 1:3365357/100‑1 (MQ=255) ggATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACg < 2:30582/100‑1 (MQ=255) ggATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACg < 2:3291640/100‑1 (MQ=255) 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ataATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGa > 1:3214193/1‑100 (MQ=255) ataATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGa < 1:3629370/100‑1 (MQ=255) acaaTCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGa < 2:2529217/98‑1 (MQ=255) aaTCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGata < 2:1158508/100‑1 (MQ=255) aaTCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGata < 2:786973/100‑1 (MQ=255) aTCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATCCATTGatat > 1:3013248/1‑100 (MQ=255) aTCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGatat > 1:3146373/1‑100 (MQ=255) aTCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGatat > 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ttGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGATATACAGCCCGGTCATAATGAgcacc < 1:1638092/99‑1 (MQ=255) taagCCCCGAGATGTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGATATACAGCCCGGTCATAATGAgcacc > 2:3880982/4‑100 (MQ=255) cTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGATATACAGCCCGGTCATAATGAgcacc > 2:3932554/1‑100 (MQ=255) tGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGATATACAGCCCGGTCATAATGAgcacca > 2:1638099/1‑99 (MQ=255) agCCCCGAGATGTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGATATACAGCCCGGTCATAATGAgcaccgc > 2:4032937/2‑100 (MQ=255) agCCCCGAGATGTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGATATACAGCCCGGTCATAATGAgcaccgc > 2:43826/2‑100 (MQ=255) ctccGCCATCTCGGGGCTTATTAAATTCCCCCCTTTACCGCTTTACGCCATCGCAAGCCAAATACCTTGATATACAGCCCGGTCATAATGAgcaccgcac < 1:2012670/98‑1 (MQ=255) ccccGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGATATACAGCCCGGTCATAATGAgcaccgcac < 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cGACATCACGGGGCAAATAAACTCCACACATATACCGACTTACGCCACCGCAAGCCAAAGACATTGATATACAGCCCGGTCATAATGAGCACCGCAACTa > 1:3756604/1‑100 (MQ=255) tctcGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGATATACAGCCCGGTCATAATGAGCACCGCACCTAAAAAt < 1:790834/100‑1 (MQ=255) tctcGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGATATACAGCCCGGTCATAATGAGCACCGCACCTAAAAAt < 2:3519533/100‑1 (MQ=255) ctcGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGATATACAGCCCGGTCATAATGAGCACCGCACCTAAAAAtt > 2:426176/1‑100 (MQ=255) | TGATTTAAATCACATGGGTACTGGCAGTGATAAGTCGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGATATACAGCCCGGTCATAATGAGCACCGCACCTAAAAATT > NC_000913/1620129‑1620326 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |