| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,333,850 | (T)6→7 | pseudogene (553/4605 nt) | yfaS ← | pseudogene, bacterial alpha2‑macroglobulin YfaS variant family; putative membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,333,844 | 1 | . | T | 95.4% | 379.1 / 9.7 | 108 | pseudogene (559/4605 nt) | yfaS | pseudogene, bacterial alpha2‑macroglobulin YfaS variant family; putative membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/3); new base T (45/58); total (47/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 127 total aligned reads displayed.
AGATGAAATTGCTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGAT‑A‑TTT‑TTTCAGCGGGGAAAACTGGTTGTTCTGTACATAACGGGAAGGTTTAATAATGGCATTGCCGAGCTGTAATTCGGGTAACGCCTGAGTCACA > NC_000913/2333745‑2333938 | agaTGAAATTGCTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGat‑a > 1:972613/1‑100 (MQ=255) gaTGAAATTGCTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGat‑a‑t > 2:419768/1‑100 (MQ=255) tGAAATTGCTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGAT‑A‑ttt > 1:1004343/1‑100 (MQ=255) tGAAATTGCTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGAT‑A‑ttt < 1:2753351/100‑1 (MQ=255) tGAAATTGCTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGACTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGAT‑A‑ttt < 2:2395886/100‑1 (MQ=255) gAAATTGCTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGAT‑A‑ttt‑t < 2:2615259/100‑1 (MQ=255) aaTTGCTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGAT‑A‑ttt‑ttt < 1:2793573/100‑1 (MQ=255) aaTTGCTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGAT‑A‑ttt‑ttt > 2:2412172/1‑100 (MQ=255) aaTTGCTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGAT‑A‑ttt‑ttt < 1:3049601/100‑1 (MQ=255) aaTTGCTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGAT‑A‑ttt‑ttt > 2:2863708/1‑100 (MQ=255) aTTGCTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGAT‑A‑ttt‑tttt < 2:365156/100‑2 (MQ=255) ttGCTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGAT‑A‑ttt‑ttttc < 1:869790/100‑3 (MQ=255) tGCTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGAT‑A‑ttt‑ttttca > 1:268518/1‑97 (MQ=255) gCTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGAT‑A‑ttt‑ttttcag < 2:912474/100‑5 (MQ=255) gCTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGAT‑A‑ttt‑ttttcag > 2:2635873/1‑96 (MQ=255) cTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGAT‑A‑ttt‑ttttcagc < 1:419769/100‑6 (MQ=255) gATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGAT‑ATTTT‑TTTCAGCggg < 2:1813502/100‑1 (MQ=255) aTGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGAT‑ATTTT‑TTTTAGCgggg > 1:1635048/1‑100 (MQ=255) aTGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGAT‑ATTTT‑TTTCAGCgggg < 2:534540/100‑1 (MQ=255) aTGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGAT‑ATTTT‑TTTCAGCgggg < 2:1004342/100‑1 (MQ=255) aTGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGAT‑ATTTT‑TTTCAGCgggg < 1:2851905/100‑1 (MQ=255) gcgcCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGAT‑ATTTT‑TTTCAGCGGGGaa > 2:1913664/1‑100 (MQ=255) cgcCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGAT‑ATTTT‑TTTCAGCgggg > 2:3275095/1‑97 (MQ=255) cgcCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGAT‑ATTTT‑TTTCAGCGGGGaaa > 2:2918625/1‑100 (MQ=255) ccTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGAT‑ATTTT‑TTTCAGCGGGGAAAAc > 2:195737/1‑100 (MQ=255) ccTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGAT‑ATTTT‑TTTCAGCGGGGAAAAc > 1:1721029/1‑100 (MQ=255) cTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGAT‑ATTTT‑TTTCAGCGGGGAAAACt < 1:3321329/100‑1 (MQ=255) cTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGAT‑ATTTT‑TTTCAGCGGGGAAAACt < 2:2541366/100‑1 (MQ=255) ccAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGAT‑ATTTT‑TTTCAGCGGGGAAAACTGgt < 1:2182531/100‑1 (MQ=255) ccAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGAT‑ATTTT‑TTTCAGCGGGGAAAACTGgt < 1:195738/100‑1 (MQ=255) cAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCTTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGAT‑ATTTT‑TTTCAGCGGGGAAAACTGgtt < 1:3234893/100‑1 (MQ=255) cAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGAT‑ATTTT‑TTTCAGCGGGGAAAACTGgtt > 2:1179598/1‑100 (MQ=255) cAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGAT‑ATTTT‑TTTCAGCGGGGAAAACTGgtt > 2:1424554/1‑100 (MQ=255) cAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGAT‑ATTTT‑TTTCAGCGGGGAAAACTGgtt > 1:3095486/1‑100 (MQ=255) gTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGAT‑ATTTT‑TTTCAGCGGGGAAAACTGgttgt > 1:911197/1‑100 (MQ=255) tttACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGAT‑ATTTT‑TTTCAGCGGGGAAAACTGGTTGTTc < 1:1274626/100‑1 (MQ=255) tttACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGAT‑ATTTT‑TTTCAGCGGGGAAAACTGGTTGTTc < 2:2562320/100‑1 (MQ=255) ttACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGAT‑ATTTT‑TTTCAGCGGGGAAAACTGGTTGTTCt > 1:2104325/1‑100 (MQ=255) ttACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGAT‑ATTTT‑TTTCAGCGGGGAAAACTGGTTGTTCt > 1:590084/1‑100 (MQ=255) tACCCCTTGCTGCGGGTCGAACCGTTTAGCCCGCCACAGTGGATAAAGGGACTTTTTCACCGAGGGATAA‑TTT‑TTTTAAGGGGGAAAAATGggtg > 2:1582446/1‑95 (MQ=255) tACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGAT‑ATTTT‑TTTCAGCGGGGAAAACTGGTTGTTCTg > 1:2217873/1‑100 (MQ=255) nccccTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGAT‑ATTTT‑TTTCAGCGGGGAAAACTGGTTGTTCTGt > 1:2594276/2‑100 (MQ=255) aCCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGAT‑ATTTT‑TTTCAGCGGGGAAAACTGGTTGTTCTGt < 1:2678125/100‑1 (MQ=255) ccccTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATATTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGAT‑ATTTT‑TTTCAGCGGGGAAAACTGGTTGTTCGGTa > 2:280701/1‑100 (MQ=255) ccccTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGAT‑ATTTT‑TTTCAGCGGGGAAAACTGGTTGTTCTGTa > 1:1481610/1‑100 (MQ=255) cccTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGAT‑ATTTT‑TTTCAGCGGGGAAAACTGGTTGTTCTGTAc < 1:68873/100‑1 (MQ=255) ccTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGAT‑ATTTT‑TTTCAGCGGGGAAAACTGGTTGTTCTGTACa > 2:1162245/1‑100 (MQ=255) cTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGAT‑ATTTT‑TTTCAGCGGGGAAAACTGGTTGTTCTGTAc < 2:2839151/98‑1 (MQ=255) 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gggAT‑ATTTT‑TTTCAGCGGGGAAAACTGGTTGTTCTGTACATAACGGGAAGGTTTAATAATGGCATTGCCGAGCTGTAATTCGGGTAACGCCTGAGTcac < 1:161566/100‑1 (MQ=255) ggAT‑ATTTT‑TTTCAGCGGGGAAAACTGGTTGTTCTGTACATAACGGGAAGGTTTAATAATGGCATTGCCGAGCTGTAATTCGGGTAACGCCTGAGTcaca < 2:1059290/100‑1 (MQ=255) | AGATGAAATTGCTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGAT‑A‑TTT‑TTTCAGCGGGGAAAACTGGTTGTTCTGTACATAACGGGAAGGTTTAATAATGGCATTGCCGAGCTGTAATTCGGGTAACGCCTGAGTCACA > NC_000913/2333745‑2333938 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |