| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,361,104 | T→C | intergenic (+488/‑72) | gltD → / → gltF | glutamate synthase, 4Fe‑4S protein, small subunit/periplasmic protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,361,104 | 0 | T | C | 97.7% | 582.1 / ‑0.6 | 171 | intergenic (+488/‑72) | gltD/gltF | glutamate synthase, 4Fe‑4S protein, small subunit/periplasmic protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (3/1); new base C (77/90); total (80/91) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.41e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.45e-01 | |||||||||||
Only 100 of 171 total aligned reads displayed.
CCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAA > NC_000913/3361007‑3361200 | gCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATCcaca < 1:3317732/99‑1 (MQ=255) aCCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATCCACAAAc < 1:1210338/100‑1 (MQ=255) ccTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATCCACAAACa < 1:2174152/100‑1 (MQ=255) ccTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATCCACAAACa < 1:2452148/100‑1 (MQ=255) ccTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATCCACAAACa > 1:1948864/1‑100 (MQ=255) ccTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATCTCTGAACGAGTTATTTATTTACATCCACAAACa > 2:1558805/1‑100 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |