| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,115,214 | C→T | K122K (AAG→AAA) | glpX ← | fructose 1,6‑bisphosphatase II |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,115,214 | 0 | C | T | 98.3% | 402.4 / ‑2.6 | 117 | K122K (AAG→AAA) | glpX | fructose 1,6‑bisphosphatase II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/2); new base T (59/56); total (59/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.44e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.88e-01 | |||||||||||
Only 100 of 117 total aligned reads displayed.
CAACGGTTTGCCGAGCGCCGCCGCTACATTGCGCAGGTTATCCGCCAGCGGCAGGTTCAGATCAATGGTGCCTTTGGCTCCCGGCCCGACAATCAGCTTCTCCATATACATATCCGGCGCATTGAGGAAGCAGCCTTTATCGCCTACTGCCAGCACCGCCAGCGCGTTAGCCTGGCCCATCGCCGTCATGCG > NC_000913/4115118‑4115309 | cAACGGTTTGCCGAGCGCCGCCGCTACATTGCGCAGGTTATCCGCCAGCGGCAGGTTCAGATCAATGGTGCCTTTGGCTCCCGGCCCGACAATCAGTTtc < 1:146542/100‑1 (MQ=255)cAACGGTTTGCCGAGCGCCGCCGCTACATTGCGCAGGTTATCCGCCAGCGGCAGGTTCAGATCAATGGTGCCTTTGGCTCCCGGCCCGACAATCAGTTtc > 1:1126221/1‑100 (MQ=255)cAACGGTTTGCCGAGCGCCGCCGCTACATTGCGCAGGTTATCCGCCAGCGGCAGGTTCAGATCAATGGTGCCTTTGGCTCCCGGCCCGACAATCAGTTtc < 2:1385862/100‑1 (MQ=255)cAACGGTTTGCCGAGCGCCGCCGCTACATTGCGCAGGTTATCCGCCAGCGGCAGGTTCAGATCAATGGTGCCTTTGGCTCCCGGCCCGACAATCAGTTtc > 2:335657/1‑100 (MQ=255)cAACGGTTTGCCGAGCGCCGCCGCTACATTGCGCAGGTTATCCGCCAGCGGCAGGTTCAGATCAATGGTGCCTTTGGCTCCCGGCCCGACAATCAGTTtc > 2:2479807/1‑100 (MQ=255) aaCGGTTTGCCGAGCGCCGCCGCTACATTGCGCAGGTTATCCGCCAGCGGCAGGTTCAGATCAATGGTGCCTTTGGCTCCCGGCCCGACAATCAGTTtct > 1:3232697/1‑100 (MQ=255) 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cGAGCGCCGCCGCTACATTGCGCAGGTTATCCGCCAGCGGCAGGTTCAGATCAATGGTGCCTTTGGCTCCCGGCCCGACAATCAGTTTCTCCATATACat > 2:13024/1‑100 (MQ=255) gAGCGCCGCCGCTACATTGCGCAGGTTATCCGCCAGCGGCAGGTTCAGATCAATGGTGCCTTTGGCTCCCGGCCCGACAATCAGTTTCTCCATATACata < 1:3326970/100‑1 (MQ=255) cgccgccgcTACATTGCGCAGGTTATCCGCCAGCGTCAGGTTCAGATCAATGGTGCCTTTGGCTCCCGGCCCGACAATCAGTTTTTCCATATACatat < 1:2313071/98‑1 (MQ=255) cgccgcTACATTGCGCAGGTTATCCGCCAGCGGCAGGTTCAGATCAATGGTGCCTTTGGCTCCCGGCCCGACAATCAGTTTCTCCATATACATATCCGgc > 1:2049634/1‑100 (MQ=255) gccgcTACATTGCGCAGGTTATCCGCCAGCGGCAGGTTCAGATCAATGGTGCCTTTGGCTCCCGGCCCGACAATCAGTTTCTCCATATACATATCCGgcg < 1:399238/100‑1 (MQ=255) gccgcTACATTGCGCAGGTTATCCGCCAGCGGCAGGTTCAGATCAATGGTGCCTTTGGCTCCCGGCCCGACAATCAGTTTCTCCATATACATATCCGgcg < 1:308173/100‑1 (MQ=255) gcTACATTGCGCAGGTTATCCGCCAGCGGCAGGTTCATATCAATGGTGCCTTTGGCTCCCGGCCCGACAATCAGTTTCTCCATATACATATCAGGCGCAt > 2:1835050/1‑100 (MQ=255) gcTACATTGCGCAGGTTATCCGCCAGCGGCAGGTTCAGATGAATGGTGCCTTTGGCTCCCGGCCCGACACTCAGTTTCTCCATATACATATCCGGCGCAt > 2:1900817/1‑100 (MQ=255) gcTACATTGCGCAGGTTATCCGCCAGCGGCAGGTTCAGATCAATGGTGCCTTTGGCTCCCGGCCCGACAATCAGTTTCTCCATATACATATCCGGCGCAt > 1:2799996/1‑100 (MQ=255) tACATTGCGCAGGTTATCCGCCAGCGGCAGGTTCAGATCAATGGTGCCTTTGGCTCCCGGCCCGACAATCAGTTTCTCCATATACATATCCGGCGCATTg < 2:1081859/100‑1 (MQ=255) cATTGCGCAGGTTATCCGCCAGCGGCAGGTTCAGATCAATGGTGCCTTTGGCTCCCGGCCCGACAATCAGTTTCTCCATATACATATCCGGCGCATTGAg < 2:3232684/100‑1 (MQ=255) cATTGCGCAGGTTATCCGCCAGCGGCAGGTTCAGATCAATGGTGCCTTTGGCTCCCGGCCCGACAATCAGTTTCTCCATATACATATCCGGCGCATTGAg < 1:2703086/100‑1 (MQ=255) aTTGCGCAGGTTATCCGCCAGCGGCAGGTTCAGATCAATGGTGCCTTTGGCTCCCGGCCCGACAATCAGTTTCTCCATATACATATCCGGCGCATTGAgg < 2:365178/100‑1 (MQ=255) gcgcAGGTTATCCGCCAGCGGCAGGTTCAGATCAATGGTGCCTTTGGCTCCCGGCCCGACAATCAGTTTCTCCATATACATATCCGGCGCATTGAGGAag > 2:1647251/1‑100 (MQ=255) gcgcAGGTTATCCGCCAGCGGCAGGTTCAGATCAATGGTGCCTTTGGCTCCCGGCCCGACAATCAGTTTCTCCATATACATATCCGGCGCATTGAGGAag > 2:2973303/1‑100 (MQ=255) gcgcAGGTTATCCGCCAGCGGCAGGTTCAGATCAATGGTGCCTTTGGCTCCCGGCCCGACAATCAGTTTCTCCATATACATATCCGGCGCATTGAGGAag < 1:1941459/100‑1 (MQ=255) cgcAGGTTATCCGCCAGCGGCAGGTTCAGATCAATGGTGCCTTTGGCTCCCGGCCCGACAATCAGTTTCTCCATATACATATCCGGCGCATTGAGGAagc > 2:1327708/1‑100 (MQ=255) cgcAGGTTATCCGCCAGCGGCAGGTTCAGATCAATGGTGCCTTTGGCTCCCGGCCCGACAATCAGTTTCTCCATATACATATCCGGCGCATTGAGGAagc > 2:3090863/1‑100 (MQ=255) cgcAGGTTATCCGCCAGCGGCAGGTTCAGATCAATGGTGCCTTTGGCTCCCGGCCCGACAATCAGTTTCTCCATATACATATCCGGCGCATTGAGGAagc > 2:2450786/1‑100 (MQ=255) tccgatctCCGCCAGCGGCAGGTTCAGATCAATGGTGCCTTTGGCTCCCGGCCCGACAATCAGTTTCTCCATATACATATCCGGCGCATTGAGGAagcag < 2:3359262/93‑1 (MQ=255) cAGGTTATCCGCCAGCGGCAGGTTCAGATCAATGGTGCCTTTGGCTCCCGGCCCGACAATCAGTTTCTCCATATACATATCCGGCGCATTGAGGAagcag > 2:1573186/1‑100 (MQ=255) cAGGTTATCCGCCAGCGGCAGGTTCAGATCAATGGTGCCTTTGGCTCCCGGCCCGACAATCAGTTTCTCCATATACATATCCGGCGCATTGAGGAagcag > 2:3142704/1‑100 (MQ=255) cAGGTTATCCGCCAGCGGCAGGTTCAGATCAATGGTGCCTTTGGCTCCCGGCCCGACAATCAGTTTCTCCATATACATATCCGGCGCATTGAGGAagcag > 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ccAGCGGCAGGTTCAGATCAATGGTGCCTTTGGCTCCCGGCCCGACAATCAGTTTCTCCATATACATATCCGGCGCATTGAGGAAGCAGCCTTTATCGcc < 1:1785340/100‑1 (MQ=255) ccAGCGGCAGGTTCAGATCAATGGTGCCTTTGGCTCCCGGCCCGACAATCAGTTTCTCCATATACATATCCGGCGCATTGAGGAAGCAGCCTTTATCGcc < 2:1581264/100‑1 (MQ=255) cAGCGGCAGGTTCAGATCAATGGTGCCTTTGGCTCCCGGCCCGACAATCAGTTTCTCCATATACATATCCGGCGCATTGAGGAAGCAGCCTTTATCGCCt < 1:2103453/100‑1 (MQ=255) cAGCGGCAGGTTCAGATCAATGGTGCCTTTGGCTCCCGGCCCGACAATCAGTTTCTCCATATACATATCCGGCGCATTGAGGAAGCAGCCTTTATCGCCt < 2:433081/100‑1 (MQ=255) aGCGGCAGGTTCAGATCAATGGTGCCTTTGGCTCCCGGCCCGACAATCAGTTTCTCCATATACATATCCGGCGCATTGAGGAAGCAGCCTTTATCGCCTa > 1:422710/1‑100 (MQ=255) gCGGCAGGTTCAGATCAATGGTGCCTTTGGCTCCCGGCCCGACAATCAGTTTCTCCATATACATATCCGGCGCATTGAGGAAGCAGCCTTTATCGCCTAc < 1:801994/100‑1 (MQ=255) ggTTCAGATCAATGGTGCCTTTGGCTCCCGGCCCGACAATCAGTTTCTCCATATACATATCCGGCGCATTGAGGAAGCAGCCTTTATCGCCTACTGCCAg < 2:3296647/100‑1 (MQ=255) ggTTCAGATCAATGGTGCCTTTGGCTCCCGGCCCGACAATCAGTTTCTCCATATACATATCCGGCGCATTGAGGAAGCAGCCTTTATCGCCTACTGCCAg < 1:937316/100‑1 (MQ=255) gTTCAGATCAATGGTGCCTTTGGCTCCCGGCCCGACAATCAGTTTCTCCATATACATATCCGGCGCATTGAGGAAGCAGCCTTTATCGCCTACTGCCAGc < 1:2479815/100‑1 (MQ=255) ttCAGATCAATGGTGCCTTTGGCTCCCGGCCCGACAATCAGTTTCTCCATATACATATCCGGCGCATTGAGGAAGCAGCCTTTATCGCCTACTGCCAGCa > 2:1346789/1‑100 (MQ=255) cAGATCAATGGTGCCTTTGGCTCCCGGCCCGACAATCAGTTTCTCCATATACATATCCGGCGCATTGAGGAAGCAGCCTTTATCGCCTACTGCCAGCAcc < 1:1900821/100‑1 (MQ=255) cAGATCAATGGTGCCTTTGGCTCCCGGCCCGACAATCAGTTTCTCCATATACATATCCGGCGCATTGAGGAAGCAGCCTTTATCGCCTACTGCCAGCAcc < 2:657008/100‑1 (MQ=255) gATCAATGGTGCCTTTGGCTCCCGGCCCGACAATCAGTTTCTCCATATACATATCCGGCGCATTGAGGAAGCAGCCTTTATCGCCTACTGCCAGCACCGc > 1:2452149/1‑100 (MQ=255) gATCAATGGTGCCTTTGGCTCCCGGCCCGACAATCAGTTTCTCCATATACATATCCGGCGCATTGAGGAAGCAGCCTTTATCGCCTACTGCCAGCACCGc > 1:3137777/1‑100 (MQ=255) gATCAATGGTGCCTTTGGCTCCCGGCCCGACAATCAGTTTCTCCATATACATATCCGGCGCATTGAGGAAGCAGCCTTTATCGCCTACTGCCAGCACCGc > 2:1408982/1‑100 (MQ=255) gATCAATGGTGCCTTTGGCTCCCGGCCCGACAATCAGTTTCTCCATATACATATCCGGCGCATTGAGGAAGCAGCCTTTATCGCCTACTGCCAGCACCGc > 2:892087/1‑100 (MQ=255) aTCAATGGTGCCTTTGGCTCCCGGCCCGACAATCAGTTTCTCCATATACATATCCGGCGCATTGAGGAAGCAGCCTTTATCGCCTACTGCCAGCACCGcc < 1:289866/100‑1 (MQ=255) aTCAATGGTGCCTTTGGCTCCCGGCCCGACAATCAGTTTCTCCATATACATATCCGGCGCATTGAGGAAGCAGCCTTTATCGCCTACTGCCAGCACCGcc < 1:341674/100‑1 (MQ=255) cAATGGTGCCTTTGGCTCCCGGCCCGACAATCAGTTTCTCCATATACATATCCGGCGCATTGAGGAAGCAGCCTTTATCGCCTACTGCCAGCACCGCCAg < 1:3142716/100‑1 (MQ=255) cAATGGTGCCTTTGGCTCCCGGCCCGACAATCAGTTTCTCCATATACATATCCGGCGCATTGAGGAAGCAGCCTTTATCGCCTACTGCCAGCACCGCCAg < 1:3362927/100‑1 (MQ=255) aaTGGTGCCTTTGGCTCCCGGCCCGACAATCAGTTTCTCCATATACATATCCGGCGCATTGAGGAAGCAGCCTTTATCGCCTACTGCCAGCACCGCCAgc > 1:1865080/1‑100 (MQ=255) aTGGTGCCTTTGGCTCCCGGCCCGACAATCAGTTTCTCCATATACATATCCGGCGCATTGAGGAAGCAGCCTTTATCGCCTACTGCCAGCACCGCCAgcg < 1:1436373/100‑1 (MQ=255) aTGGTGCCTTTGGCTCCCGGCCCGACAATCAGTTTCTCCATATACATATCCGGCGCATTGAGGAAGCAGCCTTTATCGCCTACTGCCAGCACCGCCAgcg < 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ttGGCTCCCGGCCCGACAATCAGTTTCTCCATATACATATCCGGCGCATTGAGGAAGCAGCCTTTATCGCCTACTGCCAGCACCGCCAGCGCGTTAGCCt < 1:1327711/100‑1 (MQ=255) tGGCTCCCGGCCCGACAATCAGTTTCTCCATATACATATCCGGCGCATTGAGGAAGCAGCCTTTATCGCCTACTGCCAGCACCGCCAGCGCGTTAGCCTg < 2:1749612/100‑1 (MQ=255) gCTCCCGGCCCGACAATCAGTTTCTCCATATACATATCCGGCGCATTGAGGAAGCAGCCTTTATCGCCTACTGCCAGCACCGCCAGCGCGTTAGCCTGGc < 2:2925392/100‑1 (MQ=255) gCTCCCGGCCCGACAATCAGTTTCTCCATATACATATCCGGCGCATTGAGGAAGCAGCCTTTATCGCCTACTGCCAGCACCGCCAGCGCGTTAGCCTGGc > 2:1718622/1‑100 (MQ=255) gCTCCCGGCCCGACAATCAGTTTCTCCATATACATATCCGGCGCATTGAGGAAGCAGCCTTTATCGCCTACTGCCAGCACCGCCAGCGCGTTAGCCTGGc > 2:1628432/1‑100 (MQ=255) gCTCCCGGCCCGACAATCAGTTTCTCCATATACATATCCGGCGCATTGAGGAAGCAGCCTTTATCGCCTACTGCCAGCACCGCCAGCGCGTTAGCCTGGc > 2:2472128/1‑100 (MQ=255) gCTCCCGGCCCGACAATCAGTTTCTCCATATACATATCCGGCGCATTGAGGAAGCAGCCTTTATCGCCTACTGCCAGCACCGCCAGCGCGTTAGCCTGGc > 1:2925403/1‑100 (MQ=255) cTCCCGGCCCGACAATCAGTTTCTCCATATACATATCCGGCGCATTGAGGAAGCAGCCTTTATCGCCTACTGCCAGCACCGCCAGCGCGTTAGCCTGGcc > 1:725158/1‑100 (MQ=255) cTCCCGGCCCGACAATCAGTTTCTCCATATACATATCCGGCGCATTGAGGAAGCAGCCTTTATCGCCTACTGCCAGCACCGCCAGCGCGTTAGCCTGGcc > 1:677050/1‑100 (MQ=255) cccGGCCCGACAATCAGTTTCTCCATATACATATCCGGCGCATTGAGGAAGCAGCCTTTATCGCCTACTGCCAGCACCGCCAGCGCGTTAGCCTGGCCCa > 1:223708/1‑100 (MQ=255) ggCCCGACAATCAGTTTCTCCATATACATATCCGGCGCATTGAGGAAGCAGCCTTTATCGCCTACTGCCAGCACCGCCAGCGCGTTAGCCTGGCCCATCg > 1:1155430/1‑100 (MQ=255) ggCCCGACAATCAGTTTCTCCATATACATATCCGGCGCATTGAGGAAGCAGCCTTTATCGCCTACTGCCAGCACCGCCAGCGCGTTAGCCTGGCCCATCg > 1:3013240/1‑100 (MQ=255) ccGACAATCAGTTTCTCCATATACATATCCGGCGCATTGAGGAAGCAGCCTTTATCGCCTACTGCCAGCACCGCCAGCGCGTTAGCCTGGCCCATCGCCg > 1:227864/1‑100 (MQ=255) cGACAATCAGCTTCTCCATATACATATCCGGCGCATTGAGGAAGCAGCCTTTATCGCCTACTGCCAGCACCGCCAGCGCGTTAGCCTGGCCCATCGCCGt < 1:1464914/100‑1 (MQ=255) ctaTCAGTTTCTCCATATACATATCCGGCGCATTGAGGAAGCAGCCTTTATCGCCTACTGCCAGCACCGCCAGCGCGTTAGCCTGGCCCATCGCCGTCAt < 1:2681539/98‑1 (MQ=255) cAATCAGTTTCTCCATATACATATCCGGCGCATTGAGGAAGCAGCCTTTATCGCCTACTGCCAGCACCGCCAGCGCGTTAGCCTGGCCCATCGCCGTCAt > 2:2260205/1‑100 (MQ=255) aTCAGTTTCTCCATATACATATCCGGCGCATTGAGGAAGCAGCCTTTATCGCCTACTGCCAGCACCGCCAGCGCGTTAGCCTGGCCCATCGCCGTCAtag > 2:2681530/1‑98 (MQ=255) aTCAGTTTCTCCATATACATATCCGGCGCATTGAGGAAGCAGCCTTTATCGCCTACTGCCAGCACCGCCAGCGCGTTAGCCTGGCCCATCGCCGTCATgc > 1:973676/1‑100 (MQ=255) tCAGCTTCTCCATATACATATCCGGCGCATTGAGGAAGCAGCCTTTATCGCCTACTGCCAGCACCGCCAGCGCGTTAGCCTGGCCCATCGCCGTCATgcg < 1:2214078/100‑1 (MQ=255) | CAACGGTTTGCCGAGCGCCGCCGCTACATTGCGCAGGTTATCCGCCAGCGGCAGGTTCAGATCAATGGTGCCTTTGGCTCCCGGCCCGACAATCAGCTTCTCCATATACATATCCGGCGCATTGAGGAAGCAGCCTTTATCGCCTACTGCCAGCACCGCCAGCGCGTTAGCCTGGCCCATCGCCGTCATGCG > NC_000913/4115118‑4115309 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |