| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,196,408 | A→T | 20.7% | intergenic (+35/+459) | icd → / ← ymfD | isocitrate dehydrogenase; e14 prophage attachment site; tellurite reductase/e14 prophage; putative SAM‑dependent methyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,196,408 | 0 | A | T | 20.7% | 168.0 / 41.4 | 82 | intergenic (+35/+459) | icd/ymfD | isocitrate dehydrogenase; e14 prophage attachment site; tellurite reductase/e14 prophage; putative SAM‑dependent methyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (31/34); new base T (8/9); total (39/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.72e-01 | |||||||||||
TGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCAAAAAAAGTTATCAAAACCCCTCGGTAGTTTTGGGGTAGGCTGGCCG > NC_000913/1196309‑1196505 | tGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTACTGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTa > 2:322061/1‑100 (MQ=255)tGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTa < 2:1286229/100‑1 (MQ=255) gatggatgGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTaa < 1:262018/100‑1 (MQ=255) gcgcTAAACTGCTGAGATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCg < 1:1889414/100‑1 (MQ=255) gagcTAGACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGACAACATCTAATGCCGTACTCTGTTAAATTTATTAACGGAAGCGTAACGCTcc > 1:1145778/3‑98 (MQ=25) cgcTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTTACGCTCCCgt < 2:2428080/100‑1 (MQ=255) 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ttGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGGCTGCTAACGGtt < 1:1974211/100‑1 (MQ=255) ttGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGGCTGCTAACGGtt > 2:1070125/1‑100 (MQ=255) gTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGGCTGCTAACGGTTATc < 1:1761401/100‑1 (MQ=255) cgATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGGCTGCTAACGGTTATCAAAAtt > 1:305995/1‑100 (MQ=255) tatcGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTAt < 2:499905/99‑1 (MQ=255) catcGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCATAACGCTCTCGTTGTTATTTGTTAGACTGCTAACGGATATCAAATTTTGAt > 1:176069/1‑100 (MQ=255) atcGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAATTTTTTTAACGGGAGCGTAACGCTTCCGTTGTTTTTTGTTAGGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATc < 1:1492723/100‑1 (MQ=255) atcGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTAta > 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attaACGGAAGGGTAACGCTCTCGTTGTTTTTTGTTAGGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCAAAAAAAGTTATCAAAACCCCTCGGTAGTTTTggg < 2:1231060/100‑1 (MQ=255) aatgaaggtaGCGCAACGCTCCAGTTGTTATTTGATAGGCTGCTACACGTTATCAAAAGTTTATGAAAAAAAGTTATCAAAACCCCGCGGGAGtttt < 1:24301/88‑1 (MQ=255) ttaACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCAAAAAAAGTTATCAAAACCCCTCGGTAGTTTTgggg > 2:1291960/1‑100 (MQ=255) acaaCGGGAGCGTTACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCAAAAAAAGTTATCAAAACCCCTCGGTAGTTTTgggg > 2:921854/3‑100 (MQ=255) acaaCGGGAGCGTTACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCAAAAAAAGTTATCAAAACCCCTCGGTAGTTTTg > 1:2234621/3‑97 (MQ=255) taACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCAAAAAAAGTTATCAAAACCCCTCGGTAGTTTTGGGGt > 1:278946/1‑100 (MQ=255) aaCGGGAGCGTTACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCAAAAAAAGTTATCAAAACCCCTCGGTAGTTTTGGGGTa > 2:360474/1‑100 (MQ=255) aaCGGGAGCGTTACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCAAAAAAAGTTATCAAAACCCCTCGGTAGTTTTGGGGTa > 1:3445/1‑100 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2:882432/100‑1 (MQ=255) cGTAACGCTCCCGTTATTTTTTGTTAGGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCAAAAAAAGTTATCAAAACCCCTCGGTAGTTTTggg < 1:1481330/89‑1 (MQ=255) gTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCAAAAAAAGTTATCAAAACCCCTCGGTAGTTTTGGGGTAGGCTGGCCg < 2:1290445/100‑1 (MQ=255) gTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGGCTGCTAACGGGTATCAAAATCTTATCAAAAAAAGTTATCAAAACCCCCCGGTAGTTTTGGAGTAGGCTGGcc > 1:1536764/1‑99 (MQ=255) | TGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCAAAAAAAGTTATCAAAACCCCTCGGTAGTTTTGGGGTAGGCTGGCCG > NC_000913/1196309‑1196505 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |