| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,408,546 | A→T | 16.7% | H166L (CAC→CTC) | ydaN → | putative Zn(II) transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,408,546 | 0 | A | T | 16.7% | 234.1 / 33.9 | 97 | H166L (CAC→CTC) | ydaN | putative Zn(II) transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (44/36); new base T (9/7); total (54/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.83e-01 | |||||||||||
TCTGGAAGAGGGCACGGGTCCGACCGATTGCGGGGGATGGCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGACCTTGAAGATAATCTCCTTGATCAGCAAATTCCACCGCGTGGATTCCTGGCTCTGCTGCGCAAACAATTAATTGTGATGCGTCG > NC_000913/1408448‑1408645 | tCTGGAAGAGGGCACGGGTCCGACCGATTGCGGGGGATGGCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCAc < 2:1531852/100‑1 (MQ=255) cTGGAAGAGGGCACGGGTCCGACCGATTGCGGGGGATGGCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACg > 2:1464066/1‑100 (MQ=255) cTGGAAGAGGGCACGGGTCCGACCGATTGCGGGGGATGGCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCCATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCAc < 1:2552272/99‑1 (MQ=255) tGGAAGAGGGCACGGGTCCGACCGATTGCGGGGGATGGCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGa > 1:813339/1‑100 (MQ=255) gAAGAGGGCACGGGTCCGACCGATTGCGGGGGATGGCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATa > 2:2509240/1‑100 (MQ=255) aaGAGGGCACGGGTCCGACCGATTGCGGGGGATGGCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATaa < 2:2067227/100‑1 (MQ=255) agagGGGACGGGTCCGACCGATTGCGGGGGCTGGCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATTATTCCAGTGAATTTATCGTGCAGCTGCTCGATaa < 1:1288574/99‑1 (MQ=255) gagGGCACGGGTCCGACCGATTGCGGGGGATGGCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGTGCAGCTGCTCGATaaat < 2:978571/100‑2 (MQ=255) gagGGCACGGGTCCGACCGATTGCGGGGGATGGCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGTGCAGCTGCTCGATaaat < 2:1685551/100‑2 (MQ=255) agGGCACGGGTCCGACCGATTGCGGGGGATGGCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAAt > 2:1492767/1‑100 (MQ=255) gggCACGGGTCCGACCGATTGCGGGGGATGGCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGTGCAGCTGCTCGATaaattc < 1:1623284/100‑4 (MQ=255) gCACGGGTCCGACCGATTGCGGGGGATGGCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTAt > 2:1337388/1‑100 (MQ=255) gCACGGGTCCGACCGATTGCGGGGGATGGCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTAt > 2:1916575/1‑100 (MQ=255) cACGGGTCCGACCGATTGCGGGGGATGGCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGTGCAGCTGCTCGATaaattcagt < 2:1754764/100‑7 (MQ=38) cACGGGTCCGACCGATTGCGGGGGATGGCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGTGCAGCTGCTCGATaaattcact < 2:2543623/100‑7 (MQ=38) cACGGGTCCGACCGATTGCGGGGGATGGCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATc > 1:50991/1‑100 (MQ=255) aCGGGTCCGACCGATTGCGGGGGATGGCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGTGCAGCTGCTCGATaaattcactg < 2:1799712/100‑8 (MQ=38) aCGGGTCCGACCGATTGCGGGGGATCGCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATc < 1:893254/99‑1 (MQ=255) gttCCGACCGATTGCGGGGGATAGCGGGTGGATGTTTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGCATTTATCGAGCAGCGGCACGATAAAATTATCGAcc < 1:614934/98‑1 (MQ=255) ggTCCGACCGATTGCGGGGGATGGCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGAcc < 2:1623263/100‑1 (MQ=255) ggTCCGACCGATTGCGGGGGATGGCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGAcc > 1:2008502/1‑100 (MQ=255) gTCCGACCTATTGCGGCGGATGGCTGGGGGATGTGTGCGATGCGTTGACAGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTa < 1:462748/93‑1 (MQ=255) gTCCGACCGATTGCGGGGGATGGCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGACCt < 2:779634/100‑1 (MQ=255) ccgaccgaTTGCGGGGGATGGCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGACCTTg < 2:901362/100‑1 (MQ=255) cgaccgaTTGCGGGGGATGGCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGACCTTGa < 1:803801/100‑1 (MQ=255) cgaccgaTTGCGGGGGATGGCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGACCTTGa < 2:1611254/100‑1 (MQ=255) gaccgaTTGCGGGGGATGGCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGACCTTGaa > 2:591696/1‑100 (MQ=255) gaccgaTTGCGGGGGATGGCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGACCTTGaa < 1:494326/100‑1 (MQ=255) gaccgaTTGCGGGGGATGGCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGACCTTGaa > 2:1412011/1‑100 (MQ=255) gaccgaTTGCGGGGGATGGCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGACCTTGaa > 2:777829/1‑100 (MQ=255) accgaTTGCGGGGGATGGCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGACCTTGAAg < 2:1854227/100‑1 (MQ=255) cgaTTGCGGGGGATGGCTGGTGGATGTGTGCGAGGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGACCTTGAAGAt < 2:1694831/100‑1 (MQ=255) gtttGCGGCGGATGGCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGACCTTGAAGa < 1:2070707/96‑1 (MQ=255) gaTTGCGGGGGATGGCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGACCTTGAAGATa > 1:1195134/1‑100 (MQ=255) gaTTGCGGGGGATGGCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTGGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGACCTTGAAGATa > 1:1380595/1‑100 (MQ=255) cGGGGGATGGCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGACCTTGAAGATAAtctc < 2:1573689/100‑1 (MQ=255) gggATGGCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGACCTTGAAGATAATCTCCtt > 1:1421992/1‑100 (MQ=255) gggATGGCTGGTGGATGTATGCGATACGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGACCTTGAAGATAATCTCCtt > 1:1998131/1‑100 (MQ=255) gATGGCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGACCTTGAAGATAATCTCCTTGa < 1:1492758/100‑1 (MQ=255) tGGCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGACCTTGAAGATAATCTCCTTGATc < 2:1134335/100‑1 (MQ=255) ggCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGACCTTGAAGATAATCTCCTTGATCa < 2:140874/100‑1 (MQ=255) gCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGACCTTGAAGATAATCTCCTTGATCAg < 1:174859/100‑1 (MQ=255) gCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGACCTTGAAGATAATCTCCTTGATCAg > 1:222700/1‑100 (MQ=255) cTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGACCTTGAAGATAATCTCCTTGATCAGc > 2:2277285/1‑100 (MQ=255) ggtggATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGACCTTGAAGATAATCTCCTTGATCAGCaa > 1:858373/1‑100 (MQ=255) tggATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGACCTTGAAGATAATCTCCTTGATCAGCAAAt > 1:1458708/1‑100 (MQ=255) tggATGTCTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGACCTTGAAGTTAATCTCCTTGATCAGCaaa > 1:1801816/1‑99 (MQ=255) gtgtgCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGACCTTGAAGATAATCTCCTTGATCAGCAAATTCCAc < 2:833393/100‑1 (MQ=255) tgtgCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCCCGATAAAATTATCGACCTTGAAGATAATCTACTTGATCAGCAAATTCCAcc > 1:2580404/1‑100 (MQ=255) ngtgCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGACCTTGAAGATAATCTCCTTGATCAGCAAATTCCAcc > 1:1555089/2‑100 (MQ=255) cGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGACCTTGAAGATAATCTCCTTGATCAGCAAATTCCACCGCGt < 1:1312202/100‑1 (MQ=255) tGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGACCTTGAAGATAATCTCCTTGATCAGCAAATTCCACCGCGTg < 1:1226315/98‑1 (MQ=255) cGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGACCTTGAAGATAATCTCCTTGATCAGCAAATTCCACCGCGTGGAtt > 1:1723284/1‑100 (MQ=255) tGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGACCTTGAAGATAATCTCCTTGATCAGCAAATTCCACCGCGTTGATTCCt < 2:1361525/100‑1 (MQ=255) gACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGACCTTGAAGATAATCTCCTTGATCAGCAAATTCCACCGCGTGGATTCCTg < 1:1451406/100‑1 (MQ=255) gACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGACCTTGAAGATAATCTCCTTGATCAGCAAATTCCACCGCGTGGATTCCTg > 2:943286/1‑100 (MQ=255) gACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGACCTTGAAGATAATCTCCTTGATCAGCAAATTCCACCGCGTGGATTCCTg < 2:397705/100‑1 (MQ=255) gACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGACCTTGAAGATAATCTCCTTGATCAGCAAATTCCACCGCGTGGATTCCTg > 2:637878/1‑100 (MQ=255) ccGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGACCTTGAAGATAATCTCCTTGATCAGCAAATTCCACCGCGTGGATTCCTGGc < 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cATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGACCTTGAAGATAATCTCCTTGATCAGCAAATTCCACCGCGTGGATTCCTGGCTctgc < 2:1158882/100‑1 (MQ=255) aTTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGACCTTGAAGATAATCTCCTTGATCAGCAAATTCCACCGCGTGGATTCCTGGCTctgct > 1:177960/1‑100 (MQ=255) aTTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGACCTTGAAGATAATCTCCTTGATCAGCAAATTCCACCGCGTGGATTCCTGGCTctgct > 1:1829491/1‑100 (MQ=255) tCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGACCTTGAAGATAATCTCCTTGATCAGCAAATTCCACCGCGTGGATTCCTGGCTCtgctgc > 1:1984894/1‑100 (MQ=255) tcgataattttATCGTGCAGCTGCTCGATAAAATTATCGACCTTGCAGATAATCTCCTTGATCAGCAAATTCCACCGCGTGGATTCCTGGCTCTGCTgcg > 1:666413/9‑100 (MQ=37) tcgataattttATCGTGCAGCTGCTCGATAAAATTATCGACCTTGAAGATAATCTCCTTGATCAGCAAATTCCACCGCGTGGATTCCTGGCTCTGCTgcg > 1:564193/9‑100 (MQ=38) ngataattttATCGTGCAGCTGCTCGATAAAATTATCGACCTTGAAGATAATCTCCTTGATCAGCAAATTCGACCGCGTGGATTCTTGGCTCTGCTgcgc > 1:2185155/8‑100 (MQ=37) cgataattttATCGTGCAGCTGCTCGATAAAATTATCGACCTTGAAGATAATCTCCTTGATCAGCAAATTCCACCGCGTGGATTCCTGGCTCTGCTgcgc > 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ataattttATCGTGCAGCTGCTCGATAAAATTATCGACCTTGAAGATAATCTCCTTGATCAGCAAATTCCACCGCGTGGATTCCTGGCTCTGCTGCGCaa > 2:730748/6‑100 (MQ=38) gAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGACCTTGAAGATAATCTCCTTGATCAGCAAATTCCACCGCGTGGATTCCTGGCTCTGCTGCGCAAAc > 1:1402169/1‑100 (MQ=255) aattttATCGTGCAGCTGCTCGATAAAATTATCGACCTTGAAGATAATCTTCTTGATCAGCAAATTCCACCGCGTGGATTCCTGGCTCTGCTGCGCAAAc > 1:42270/4‑100 (MQ=39) tttATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGACCTTGAAGATAATCTCCTTGATCAGCAAATTCCACCGCGTGGATTCCTGGCTCTGCTGCGCAAACaat > 2:1960131/1‑100 (MQ=255) aTCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGACCTTGAAGATAATCTCCTTGATCAGCAAATTCCACCGCGTGGATTCCTGGCTCTGCTGCGCAAACaattaa > 1:1794516/1‑100 (MQ=255) tCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGACCTTGAAGATAATCTCCTTGATCAGCAAATTCCACCGCGTGGATTCCTGGCTCTGCTGCGCAAACaattaat > 2:1985292/1‑100 (MQ=255) cGAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGACCTTGAAGATAATCTCCTTGATCAGCAAATTCCACCGCGTGGATTCCTGGCTCTGCTGCGCAAACaattaatt > 1:29186/1‑100 (MQ=255) gAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGACCTTGAAGATAATCTCCTTGATCAGCAAATTCCACCGCGTGGATTCCTGGCTCTGCTGCGCAAACAATTAATtg > 1:235807/1‑100 (MQ=255) agcagcTGCACGATAAAATTATCGACCTTGAAGATAATCTCCTTGATCAGCAAATTCCACCGCGTGGATTCCTGGCTCTGCTGCGCAAACAATTAATtgt > 2:984396/1‑100 (MQ=255) gcagcTGCACGATAAAATTATCGACCTTGAAGATAATCTCCTTGATCAGCAAATTCCACCGCGTGGATTCCTGGCTCTGCTGCGCAAACAATTAATtgtg < 1:2096902/100‑1 (MQ=255) agcTGCACGATAAAATTATCGACCTTGAAGATAATCTCCTTGATCAGCAAATTCCACCGCGTGGATTCCTGGCTCTGCTGCGCAAACAATTAATTGTGAt < 2:788982/100‑1 (MQ=255) gcTGCACGATAAAATTATCGACCTTGAAGATAATCTCCTTGATCAGCAAATTCCACCGCGTGGATTCCTGGCTCTGCTGCGCAAACAATTAATTGTGATg < 2:795136/100‑1 (MQ=255) gCACGATAAAATTATCGACCTTGAAGATAATCTCCTTGATCAGCAAATTCCACCGCGTGGATTCCTGGCTCTGCTGCGCAAACAATTAATTGTGATGCGt > 2:2281880/1‑100 (MQ=255) gCACGATAAAATTATCGACCTTGAAGATAATCTCCTTGATCAGCAAATTCCACCGCGTGGATTCCTGGCTCTGCTGCGCAAACAATTAATTGTGATGCGt > 1:1657413/1‑100 (MQ=255) gCACGATAAAATTATCGACCTTGAAGATAATCTCCTTGATCAGCAAATTCCACCGCGTGGATTCCTGGCTCTGCTGCGCAAACAATTAATTGTGATGCGt > 2:1654339/1‑100 (MQ=255) gCACGATAAAATTATCGACCTTGAAGATAATCTCCTTGATCAGCAAATTCCACCGCGTGGATTCCTGGCTCTGCTGCGCAAACAATTAATTGTGATGCGt > 2:305956/1‑100 (MQ=255) aCGATAAAATTATCGACCTTGAAGATAATCTCCTTGATCAGCAAATTCCACCGCGTGGATTCCTGGCTCTGCTGCGCAAACAATTAATTGTGATGCGTCg < 2:813342/100‑1 (MQ=255) | TCTGGAAGAGGGCACGGGTCCGACCGATTGCGGGGGATGGCTGGTGGATGTGTGCGATGCGTTGACCGATCATTCCAGTGAATTTATCGAGCAGCTGCACGATAAAATTATCGACCTTGAAGATAATCTCCTTGATCAGCAAATTCCACCGCGTGGATTCCTGGCTCTGCTGCGCAAACAATTAATTGTGATGCGTCG > NC_000913/1408448‑1408645 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |