| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,489,197 | C→T | 100% | D322D (GAC→GAT) | aldA → | aldehyde dehydrogenase A, NAD‑linked |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,489,197 | 0 | C | T | 98.8% | 265.8 / ‑4.5 | 82 | D322D (GAC→GAT) | aldA | aldehyde dehydrogenase A, NAD‑linked |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (45/36); total (46/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.06e-01 | |||||||||||
GTTTATGTACAGAAAGGCATTTATGATCAGTTCGTCAATCGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGACATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGAAAGGGTCGAGCAAAAAGTGGCGCGCGCAGTAGAAGAAGGGGCGAGAGTGGCGTTCGG > NC_000913/1489102‑1489292 | gtTTATGTACAGAAAGGCATTTATGATCAGTTCGTCAATCGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGATGAACGCAACGATATTg < 1:215172/100‑1 (MQ=255) tGTACAGAAAGGCATTTATGATCAGTTCGTCAATCGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATg > 2:654123/1‑100 (MQ=255) tACAGAAAGGCATTTATGATCAGTTCGTCAATCGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATggg > 1:1096439/1‑100 (MQ=255) tACAGAAAGGCATTTATGATCAGTTCGTCAATCGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATggg > 1:627703/1‑100 (MQ=255) tACAGAAAGGCATTTATGATCAGTTCGTCAATCGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATggg > 2:1079094/1‑100 (MQ=255) gAAAGGCATTTATGATCAGTTCGTCAATCGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCg > 1:1681825/1‑100 (MQ=255) gAAAGGCATTTATGATCAGTTCGTCAATCGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCg > 2:1238629/1‑100 (MQ=255) gAAAGGCATTTATGATCAGTTCGTCAATCGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCg > 1:1454487/1‑100 (MQ=255) gAAAGGCATTTATCATCAGTTCCTCAATCGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCg < 1:1924436/100‑1 (MQ=255) aaGGCATTTATGATCAGTTCGTCAATCGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCAGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGtt < 2:2456291/100‑1 (MQ=255) ggCATTTATGATCAGTTCGTCAATCGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGa > 1:1397291/1‑100 (MQ=255) ggCATTTATGATCAGTTCGTCAATCGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGa < 2:1689577/100‑1 (MQ=255) ggCATTTATGATCAGTTCGTCAATCGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGa < 2:876114/100‑1 (MQ=255) ggCATTTATGATCAGTTCGTCAATCGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGACgccg > 2:2056316/1‑96 (MQ=255) gCATTTATGATCAGTTCGTCAATCGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGa > 2:2091625/1‑99 (MQ=255) gCATTTATGATCAGTTCGTCAATCGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGAt < 2:1423840/100‑1 (MQ=255) gCATTTATGATCAGTTCGTCAATCGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGAt < 2:1945875/100‑1 (MQ=255) gCATTTATGATCAGTTCGTCAATCGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGAt < 1:1029253/100‑1 (MQ=255) cATTTATGATCAGTTCGTCAATCGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTGGAt > 2:1390779/1‑99 (MQ=255) aTTTATGATCAGTTCGTCAATCGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTa > 1:2427944/1‑100 (MQ=255) atctGATCAGTTCGTCAATCGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAAc < 2:1232106/97‑1 (MQ=255) tATGATCAGTTCGTCAATCGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAAcg < 2:627706/100‑1 (MQ=255) tATGATCAGTGCGTCAATCGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAAc < 2:100121/99‑1 (MQ=255) tGATCAGTTCGTCAATCGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAAcgcc > 2:410804/1‑100 (MQ=255) tGATCAGTTCGTCAATCGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAAcgcc > 2:1077947/1‑100 (MQ=255) tGATCAGTTCGTCAATCGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAAcgcc > 1:67246/1‑100 (MQ=255) gATCAGTTCGTCAATCGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAAcagat > 1:1232102/1‑96 (MQ=255) agtagttgttCAATCGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAAcgccgc < 1:2097022/91‑1 (MQ=255) tCAGTTCGTCAATCGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCcgcg < 2:1338892/100‑1 (MQ=255) aGTTCGTCAATCGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCgcggc < 2:378217/100‑1 (MQ=255) cGTCAATCGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGgcgcag < 2:1745682/100‑3 (MQ=255) cGTCAATCGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTg > 2:2202960/1‑100 (MQ=255) cGTCAATCGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTg > 1:2406894/1‑100 (MQ=255) cGTCAATCGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTg < 1:1013209/100‑1 (MQ=255) cGTCAATCGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGAATAACGCCGCGGCGCTg > 1:1516715/1‑100 (MQ=255) tCAATCGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGa > 2:2558760/1‑100 (MQ=255) tCAATCGGCGGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGa < 2:759788/100‑1 (MQ=255) cAATCGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGaa > 1:1426818/1‑100 (MQ=255) aaTCGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGACATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGaaa > 1:1992039/1‑100 (MQ=255) cGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGAAAggg < 1:149856/100‑1 (MQ=255) ggCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGCTGATTACCGCCGCGGCGCTGGAAAGGGt > 1:832562/1‑100 (MQ=255) tGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGAAAGGGTCGa < 2:1272321/100‑1 (MQ=255) tGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCGGGAAAGGGGCg > 2:2042118/1‑99 (MQ=255) gggTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGAAAGGGTCGAg < 1:1113360/100‑1 (MQ=255) ggTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGAAAGGGTCGAGc < 2:1995871/100‑1 (MQ=255) ggTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGAAAGGGTCGAGc > 2:962206/1‑100 (MQ=255) gTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGAAAGGGTCGAGCa > 2:574341/1‑100 (MQ=255) gTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCAGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGAAAGGGTCGAGCa < 2:1821258/100‑1 (MQ=255) tGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGAAAGGGTCGAGCaa > 1:972271/1‑100 (MQ=255) gCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGAAAGGGTCGAGCAAAAAg > 2:841651/1‑100 (MQ=255) aTGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGAAAGGGTCGAGCAAAAAGTgg > 2:416253/1‑100 (MQ=255) aTGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGCTGATTAACGCCGCGGCGCTGGAAAGGGTCGAGCaaca > 1:120891/1‑93 (MQ=255) cAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGAAAGGGTCGAGCAAAAAGTGgcgc > 1:981569/1‑100 (MQ=255) aGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGAAAGGGTCGAGCAAAAAGTGgcgcg < 2:2040493/100‑1 (MQ=255) ggCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGGTGATTAACGCCGCGGCGCTGGAAAGGGTCGAGCAAAAAGTGgcgcgc > 2:1585770/1‑100 (MQ=255) ggTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGAAAGGGTCGAGCAAAAAGTGGCGCGCGCa < 1:284438/100‑1 (MQ=255) gTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGAAAGGGTCGAGCAAAAAGTGGCGCGCGCAg > 2:2239780/1‑100 (MQ=255) ttCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGAAAGGGTCGAGCAAAAAGTGGCGCGCGCAGt < 2:1668465/100‑1 (MQ=255) aaTTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGAAAGGGTCGAGCAAAAAGTGGCGCGCGCAGTaga < 2:981572/100‑1 (MQ=255) aaTTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGAAAGGGTCGAGCAAAAAGTGGCGCGCGCAGTaga < 1:2013106/100‑1 (MQ=255) aaTTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGAAAGGGTCGAGCAAAAAGTGGCGCGCGCAGTaga > 2:1084759/1‑100 (MQ=255) tttGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGAAAGGGTCGAGCAAAAAGTGGCGCGCGCAGTagaag < 2:1250349/100‑1 (MQ=255) ggTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGCTGGGGGCGATGATTAACGCCGCGGCGCTGGAAAGGGTCGAGCAAAAAGTGGCGCGCGCAGTAgaagaa > 1:1083765/1‑99 (MQ=255) ggTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGAAAGGGTCGAGCAAAAAGTGGCGCGCGCAGTAGaagaag > 2:1280992/1‑100 (MQ=255) gTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGAAAGGGTCGAGCAAAAAGTGGCGCGCGCAGTAGAAGAAgg < 1:986407/100‑1 (MQ=255) gTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGAAAGGGTCGAGCAAAAAGTGGCGCGCGCAGTAGAAGAAgg > 2:2369590/1‑100 (MQ=255) aaCCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGAAAGGGTCGAGCAAAAAGTGGCGCGCGCAGTAGAAGAAgggg < 2:1468143/100‑1 (MQ=255) aCCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGAAAGGGTCGAGCAAAAAGTGGCGCGCGCAGTAGAAGAAgggg > 2:2452408/1‑99 (MQ=255) ccccGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGAAAGGGTCGAGCAAAAAGTGGCGCGCGCAGTAGAAGAAGGGGCg < 1:887696/100‑1 (MQ=255) ccccGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCGGGAAAGGGTCGAGCAAAAAGTGGCGCGCGCAGTAGAAGAAGGGGc > 1:1657057/1‑99 (MQ=255) gCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGAAAGGGTCGAGCAAAAAGTGGCGCGCGCAGTAGAAGAAGGGGCGagag > 1:1688886/1‑100 (MQ=255) aaCGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGAAAGGGTCGAGCAAAAAGTGGCGCGCGCAGTAGAAGAAGGGGCGAGAGTGGc < 2:2425639/100‑1 (MQ=255) aCGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGAAAGGGTCGAGCAAAAAGTGGCGCGCGCAGTAGAAGAAGGGGCGAGAGTGGCg < 1:60842/100‑1 (MQ=255) aCGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGAAAGGGTCGAGCAAAAAGTGGCGCGCGCAGTAGAAGAAGGGGCGAGAGTGGCg > 1:1669590/1‑100 (MQ=255) aCGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGAAAGGGTCGAGCAAAAAGTGGCGCGCGCAGTAGAAGAAGGGGCGAGAGTGGCg > 2:1568028/1‑100 (MQ=255) cGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGAAAGGGTCGAGCAAAAAGTGGCGCGCGCAGTAGAAGAAGGGGGGAGAGTGGCGt < 1:1367009/100‑1 (MQ=255) cGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGAAAGGGTCGAGCAAAAAGTGGCGCGCGCAGTAGAAGAAGGGGCGAGAGTGGCGt > 2:1395574/1‑100 (MQ=255) cAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGAAAGGGTCGAGCAAAAAGTGGCGCGCGCAGTAGAAGAAGGGGCGAGAGTGGCGt < 1:1153801/98‑1 (MQ=255) cAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGAAAGGGTCGAGCAAAAAGTGGCGCGCGCAGTAGAAGAAGGGGCGAGAGTGGCGTTc > 1:2107319/1‑100 (MQ=255) cAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGAAAGGGTCGAGCAAAAAGTGGCGCGCGCAGTAGAAGAAGGGGCGAGAGTGGCGTTc < 2:1213348/100‑1 (MQ=255) aaCGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGAAAGGGTCGAGCAAAAAGTGGCGCGCGCAGTAGAAGAAGGGGCGAGAGTGGCGTTCg > 1:1335010/1‑100 (MQ=255) aCGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGAAAGGGTCGAGCAAAAAGTGGCGCGCGCAGTAGAAGAAGGGGCGAGAGTGGCGTTCgg > 2:1736832/1‑100 (MQ=255) | GTTTATGTACAGAAAGGCATTTATGATCAGTTCGTCAATCGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGACATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGAAAGGGTCGAGCAAAAAGTGGCGCGCGCAGTAGAAGAAGGGGCGAGAGTGGCGTTCGG > NC_000913/1489102‑1489292 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |