| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,904,592 | C→A | 17.5% | T233N (ACT→AAT) | manZ → | mannose‑specific enzyme IID component of PTS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,904,592 | 0 | C | A | 17.5% | 273.2 / 39.8 | 103 | T233N (ACT→AAT) | manZ | mannose‑specific enzyme IID component of PTS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (46/39); new base A (7/11); total (53/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.03e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.57e-01 | |||||||||||
Only 100 of 107 total aligned reads displayed.
TGGGGGCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGT > NC_000913/1904493‑1904691 | tGGGGGCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGAc < 2:709480/100‑1 (MQ=255)tGGGGGCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGAc > 2:153076/1‑100 (MQ=255)tGGGGGCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGAc < 2:1261534/100‑1 (MQ=255) gggggCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACt > 2:2100664/1‑100 (MQ=255) gggCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTAt > 1:843108/1‑100 (MQ=255) ggCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTAtt > 1:2047392/1‑100 (MQ=255) cATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCt > 1:579786/1‑100 (MQ=255) ggTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGAc < 2:1679672/100‑1 (MQ=255) ggTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGAc < 2:860777/100‑1 (MQ=255) ttAACGAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGAATAGTCTGGAcag < 1:448882/100‑3 (MQ=255) ttAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCa > 2:2196377/1‑100 (MQ=255) ttAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGAATAGTCTGGAcag < 2:33355/100‑3 (MQ=255) ttAACAAGTGGAAACAGGTCAACATCCCGCTGGTAGTCTCTCGCATTACTGACCAGACCGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGAATAGTCTGGAcag < 1:2284732/100‑3 (MQ=255) tAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAg < 2:1975267/100‑1 (MQ=255) aCAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGtt < 1:153075/100‑1 (MQ=255) aCAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGAATAGTCTGGAcagtag < 2:614586/100‑6 (MQ=255) aCAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGAATAGTCTGGAcagtag < 1:1423377/100‑6 (MQ=255) cAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTa < 1:2333986/100‑1 (MQ=255) cAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTa > 1:1443442/1‑100 (MQ=255) cAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATGCTGGACCAGTTa > 1:381725/1‑100 (MQ=255) cAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGAATAGTCTGGAcagtagt < 1:2520591/100‑7 (MQ=255) 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2:178347/1‑100 (MQ=255) gACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCa > 1:606477/1‑100 (MQ=255) acacATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAg > 2:1914731/1‑100 (MQ=255) acacATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAg < 1:178346/100‑1 (MQ=255) gTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTgg > 1:189249/1‑100 (MQ=255) cAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTa > 2:2589931/1‑100 (MQ=255) cAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTa < 2:2002576/100‑1 (MQ=255) cAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTa > 1:2141230/1‑100 (MQ=255) ccGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCActgc > 2:732505/1‑100 (MQ=255) cGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCActgc < 1:1611199/99‑1 (MQ=255) cTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTGTTCTGGGCCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCActgctgc < 1:1464716/100‑1 (MQ=255) cTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCActgctgc < 1:1777731/100‑1 (MQ=255) tGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCActgctgct > 1:2212839/1‑100 (MQ=255) ggTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCActgctgctg < 2:1443450/100‑1 (MQ=255) gTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGATCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGa < 2:896013/100‑1 (MQ=255) gTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGa > 2:1588320/1‑100 (MQ=255) tGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGAcc < 1:95100/100‑1 (MQ=255) tGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGAcc < 2:1023423/100‑1 (MQ=255) gTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCt < 2:1483373/100‑1 (MQ=255) ctctcGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCttt > 2:2494961/1‑100 (MQ=255) tctcGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTg < 2:681288/100‑1 (MQ=255) ctcGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGc > 2:56444/1‑100 (MQ=255) cacGCATTACTTACCCGACGTGCAAAGAACTCCTTACTACT‑GTCTAGTCAATTCTGGACCAGGTAATGTTAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGc > 1:214927/3‑100 (MQ=255) tcGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACTTTACTACT‑GACCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCt < 2:511912/100‑1 (MQ=255) cGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTTGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCtt < 1:1439263/100‑1 (MQ=255) cGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCtt > 1:1142038/1‑100 (MQ=255) gCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTg > 1:1374872/1‑100 (MQ=255) aTTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTa < 2:595883/100‑1 (MQ=255) tACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTAtg > 2:1443985/1‑100 (MQ=255) tACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTAtg < 1:837474/100‑1 (MQ=255) gatctaCCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTAtg < 1:349716/95‑1 (MQ=255) cTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTAtgtg < 1:209310/100‑1 (MQ=255) gACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGc > 2:45858/1‑100 (MQ=255) aCCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTAtgagatc > 2:349718/1‑95 (MQ=255) aCCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGc < 1:2196248/99‑1 (MQ=255) cAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTAc < 2:766376/100‑1 (MQ=255) cAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTAc > 1:908757/1‑100 (MQ=255) gACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTg > 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tggTCCAGAATAGTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCtgtg > 1:2231371/3‑100 (MQ=255) tggTCCAGAATAGTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCtgtg > 2:225892/3‑100 (MQ=255) ggTCCAGAATAGTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTgg > 2:1166866/2‑100 (MQ=255) gTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGa > 2:1061911/1‑100 (MQ=255) gTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGa > 1:648357/1‑100 (MQ=255) gTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGCCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGa < 2:1740599/100‑1 (MQ=255) cAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGatca < 2:1461568/100‑1 (MQ=255) aGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGatcat < 2:1067295/100‑1 (MQ=255) aGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGatcat < 1:1525384/100‑1 (MQ=255) aGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGatcat > 2:2242776/1‑100 (MQ=255) aGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGatcat > 2:1310949/1‑100 (MQ=255) cTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGt < 2:2400654/100‑1 (MQ=255) | TGGGGGCATTGGTTAACAAGTGGACACATGTCAACATCCCGCTGGTTGTCTCTCGCATTACTGACCAGACGGGCAAAGAACACGTTACTACT‑GTCCAGACTATTCTGGACCAGTTAATGCCAGGCCTGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGT > NC_000913/1904493‑1904691 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |