| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,704,304 | A→G | 17.0% | intergenic (‑241/+31) | rnc ← / ← lepB | RNase III/leader peptidase (signal peptidase I) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,704,304 | 0 | A | G | 17.0% | 263.8 / 43.5 | 117 | intergenic (‑241/+31) | rnc/lepB | RNase III/leader peptidase (signal peptidase I) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (45/52); new base G (9/11); total (54/63) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.90e-01 | |||||||||||
Only 100 of 121 total aligned reads displayed.
GGTGCCAACCTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTATTAATGGATGCCGCCAATGCGACTTAAGCGCAGACCAGTCGGCCATTCGCCTTCTTGCTTATCGAAGCT > NC_000913/2704205‑2704403 | ggTGCCAACCTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCa > 2:2540806/1‑100 (MQ=255) tgccaACCTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATa > 1:1306657‑M2/6‑100 (MQ=255) gccaACCTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATCAATAATTCACGTTGTCGCCATaa > 2:1772069‑M2/5‑100 (MQ=255) ccaACCTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAAc < 1:1009244‑M2/97‑1 (MQ=255) caACCTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACg < 2:1478914‑M2/98‑1 (MQ=255) ccTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCg < 2:2277924/100‑1 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aCTTCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCGTTATGGCGACAACg < 1:700133/100‑1 (MQ=38) aCTTCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACg < 2:1013610/100‑1 (MQ=255) cTTCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACg < 1:2311932/99‑1 (MQ=255) cTTCGGGGGAATATTCTATACACAACGACACGGGATGTCGTTAGACACGGGAGATTTATCTCATAAAGAATTCACAATATCGCCATAACGGCGACAACGt > 1:273317/1‑100 (MQ=255) ttCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGGATTTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGt < 1:2225816/99‑1 (MQ=255) ttCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATTATTCACGTTGTCGCCGTGATGGCGACAAcct < 2:1747044/99‑3 (MQ=39) ttCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCGTTATGGCGACAACGt < 1:542060/99‑1 (MQ=38) ttCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCGTTATGGCGACAACGTg < 2:2489563/100‑1 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1:2158078/93‑1 (MQ=12) aaTATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAACg < 2:1280693/96‑1 (MQ=255) tatTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAACGAAGATg < 1:1041894/100‑1 (MQ=255) ttCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAACGAAGATGGc > 1:2573901/1‑100 (MQ=255) ttCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAACGAAGATGGc > 1:2310983/1‑100 (MQ=255) cTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAACGAAGATGGc < 1:1781832/98‑1 (MQ=255) acacAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCAAGGGAGATTTATCTCGTAAATAATTCAAGTTGTCGGAGTAACGGCGCGAACGTGAACGAAGATgacgagcaa > 1:2531299/1‑92 (MQ=255) cacaACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTATTAAt < 1:1703360/100‑1 (MQ=255) gcaACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTATTAAt < 1:1221523/98‑1 (MQ=255) acaACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTATTAATg < 2:1685594/100‑1 (MQ=255) acaACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTATTAATg < 1:2292553/100‑1 (MQ=255) acgacgGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTATTAATGGAt > 1:865970/1‑100 (MQ=255) gacgGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTATTAATGGATgc < 2:1618009/100‑1 (MQ=255) cgGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTATTAATGGATgccg > 2:1401273/1‑100 (MQ=255) cgGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTATTAATGGATgccg < 2:401939/100‑1 (MQ=255) ggggATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTATTAATGGATgccgcc < 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gCCATAACGGCGACAACGTGAACGAAAATGGCTATTAATGGACGCCGCCAATGCCACTTAAGCGCAGACCAGTCGGCCATTCGCCTTCTTGCTTATCGaa > 1:962102/1‑100 (MQ=255) cATAACGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTATTAATGGATGCCGCCAATGCGACTTAAGCGCAGACCAGTCGGCCATTCGCCTTCTTGCTTATCGAAGc < 2:60558/100‑1 (MQ=255) aTAACGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTATTAATGGATGCCGCCAATGCGACTTAAGCGCAGACCAGTCGGCCATTCGCCTTCTTGCTTATCGAAGCt < 2:2579987/100‑1 (MQ=255) aTAACGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTATTAATGGATGCCGCCAATGCGACTTAAGCGCAGACCAGTCGGCCATTCGCCTTCTTGCTTATCGAAGCt < 2:1880591/100‑1 (MQ=255) | GGTGCCAACCTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTATTAATGGATGCCGCCAATGCGACTTAAGCGCAGACCAGTCGGCCATTCGCCTTCTTGCTTATCGAAGCT > NC_000913/2704205‑2704403 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |