| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,900,962 | C→T | 26.2% | A124V (GCA→GTA) | yqcE → | putative MFS transporter, inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,900,962 | 0 | C | T | 26.2% | 173.4 / 57.6 | 104 | A124V (GCA→GTA) | yqcE | putative MFS transporter, inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (42/34); new base T (11/16); total (53/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.63e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 107 total aligned reads displayed.
TAATGGCAACGTATCCACCGCTGTGGGTAATGCTCTGTATTCAGATCGCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTG > NC_000913/2900863‑2901061 | tAATGGCAACGTATCCACCGCTGTGGGTAATGCTCTGTATTCAGATCGCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGc < 1:677104/100‑1 (MQ=255) aaTGGCAACGTATCCACCGCTGTGGGTAATGCTCTGTATTCAGATCGCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCa < 1:1321485/100‑1 (MQ=255) aTGGCAACGTATCCACCGCTGTGGGTAATGCTCTGTATTCAGATCGCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGTAt < 2:1020344/100‑1 (MQ=255) aTGGCAACGTATCCACCGCTGTGGGTAATGCTCTGTATTCAGATCGCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCAt > 1:2285525/1‑100 (MQ=255) ggCAACGTATCCACCGCTGTGGGTAATGCTCTGTATTCAGATCGCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCg > 1:2560636/1‑100 (MQ=255) ncAACGTATCCACCGCTGTGGGTAATGCTCTGTATTCAGATCGCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGt > 1:2113935/2‑100 (MQ=255) 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2:1904264/1‑100 (MQ=255) gggTAATGCTCTGTATTCAGATCGCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGa > 1:1344518/1‑100 (MQ=255) ggTAATGCTCTGTATTCAGATCGCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAg < 2:2071513/100‑1 (MQ=255) ggTAATGCTCTGTATTCAGATCGCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGATCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAg > 1:1403573/1‑100 (MQ=255) atctaTGCTCTGTATTCAGATCGCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAg < 1:1648848/96‑1 (MQ=255) gTAATGCTCTGTATTCAGATCGCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGTATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGc < 1:6074/100‑1 (MQ=255) aTGCTCTGTATTCAGATCGCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGTATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAg < 2:793973/100‑1 (MQ=255) aTGCTCTGTATTCAGATCGCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAgagat > 2:1648857/1‑96 (MQ=255) 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tgtgGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAAt < 2:1606973/100‑1 (MQ=255) ggTTGGTGTCGATTAAAGCTGTATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCATGGGGAAGTTATGGGCTGGATGGAAAGGCAGCGCGGCGTCGGTGTAATGTc > 1:2295670/1‑100 (MQ=255) tCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGc < 1:408160/100‑1 (MQ=255) ggTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTg > 2:2105107/1‑100 (MQ=255) gtgtCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTgg < 1:2152916/100‑1 (MQ=255) cGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGgt > 1:2326637/1‑100 (MQ=255) gATTAAAGCTGTATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGgtg < 2:1041822/100‑1 (MQ=255) gATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGgtg > 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |