| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,165,032 | G→A | 22.7% | H314H (CAC→CAT) | parC ← | DNA topoisomerase IV, subunit A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,165,032 | 0 | G | A | 22.7% | 144.3 / 35.6 | 80 | H314H (CAC→CAT) | parC | DNA topoisomerase IV, subunit A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (37/24); new base A (7/11); total (45/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.15e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.23e-01 | |||||||||||
GGATTTCCAGCAGGTTTTTCACCGCCGGACGACCATCCAGACCGATCATATTAAGGTTAATACGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCGAAGAGGTGGTTCATCACCTGATCCATATCCACGCGGTTGGAACGCGGCACAATCACCAGGCGGGTCGGGTTCTCGTGGTCAGATTCATCGCGCAGATCGTCAACC > NC_000913/3164935‑3165131 | ggATTTCCAGCAGGTTTTTCACCGCCGGACGACCATCCAGACCGATCATATTAAGGTTAATACGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCGAAGAgg > 2:2050970/1‑98 (MQ=255) gATTTCCAGCAGGTTTTTCACCGCCGGACGACCATCCAGACCGATCATATTAAGGTTAATACGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCGAAGAgatgg > 2:1471382/1‑100 (MQ=255) aTTTCCAGCAGGTTTTTCACCGCCGGACGACCATCCAGACCGATCATATTAAGGTTAATACGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCGAAGAgatggt < 2:1232901/100‑1 (MQ=255) ttCCAGCAGGTTTTTCACCGCCGGACGACCATCCAGACCGATCATATTAAGGTTAATACGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCGAAGAGATGGTtc < 2:1183308/100‑1 (MQ=255) tCCAGCAGGTTTTTCACCGCCGGACGACCATCCAGACCGATCATATTAAGGTTAATACGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCGAAGAGGTGGTtca < 1:811327/100‑1 (MQ=255) tCCAGCAGGTTTTTCACCGCCGGACGACCATCCAGACCGATCATATTAAGGTTAATACGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCGAAGAGGTGGTtca > 2:2178858/1‑100 (MQ=255) tCCAGCAGGTTTTTCACCGCCGGACGACCATCCAGACCGATCATATTAAGGTTAATACGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCGAAGAGGTGGTtca < 1:2023093/100‑1 (MQ=255) agcagGTTTTTCACCGCCGGACGACCATCCAGACCGATCATATTAAGGTTAATACGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCGAAGAGGTGGTtcatca < 2:611254/100‑1 (MQ=255) cagGTTTTTCACCGCCGGACGACCATCCAGACCGATCATATTAAGGTTAATACGCTATCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCGAAGCGGTGGTTCATCAcc > 1:1815314/1‑100 (MQ=255) agGTTTTTCACCGCCGGACGACCATCCAGACCGATCATATTAAGGTTAATACGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCGAAGAGGTGGTTCATCACCt < 2:1419481/100‑1 (MQ=255) ggTTTTTCACCGCCGGACGACCATCCAGACCGATCATATTAAGGTTAATACGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCGAAGAGGTGGTTCATCACCTg > 2:1088449/1‑100 (MQ=255) tttttCACCGCCGGACGACCATCCAGACCGATCATATTAAGGTTAATACGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCGAAGAGGTGGTTCATCACCTGAt < 1:822037/100‑1 (MQ=255) tttttCACCGCCGGACGACCATCCAGACCGATCATATTAAGGTTAATACGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCGAAGAGGAGGTTCATAACCTGAt > 2:1135329/1‑100 (MQ=255) ttttCACCGCCGGACGACCATCCAGACCGATCATATTAAGGTTAATACGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCGAAGAGGTGGTTCATCACCTGATc < 1:866893/100‑1 (MQ=255) tttCACCGCCGGACGACCATCCCGCCCGATCATATTGAGGTGAATACGATCGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCGAAGAGGTGGGTCATCACCTGATcc < 1:2237050/100‑1 (MQ=255) tttCACCGCCGGACGACCATCCAGACCGATCATATTAAGGTTAATACGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCGAAGAGGTGGTTCATCACCTGATcc < 2:1992164/100‑1 (MQ=255) ttCACCGCCGGACGACCATCCAGACCGATCATATTAAGGTTAATACGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCGAAGAGGTGGTTCATCACCTGATCCa > 1:2418120/1‑100 (MQ=255) tCACCGCCGGACGACCATCCAGACCGATCATATTAAGGTTAATACGATAGCTCTTTTCCAGATCGGCGGTAGCGAAGAGGTGGTTCATCCCCTGATcc > 1:900299/1‑98 (MQ=255) cACCGCCGGACGACCATCCAGACCGATCATATTAAGGTTAATACGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCGAAGAGGTGGTTCATCACCTGATCCata > 1:1717310/1‑100 (MQ=255) cACCGCCGGACGACCATCCAGACCGATCATATTAAGGTTAATACGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCGAAGAGGTGGTTCATCACCTGATCCata > 2:2390176/1‑100 (MQ=255) cACCGCCGGACGACCATCCAGACCGATCATATTAAGGTTAATACGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCGAAGAGGTGGTTCATCACCTGATCCata > 2:2518923/1‑100 (MQ=255) ccgccgGACGACCATCCAGACCGATCATATTAAGGTTAATACGATAGCTCTTTTCCAGATCGGAGGTAGCGAAAAGGTGGTTCATCACCTGATCCATATc > 1:2119764/1‑100 (MQ=255) gccgGACGACCATCCAGACCGATCATATTAAGGTTAATACGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCGAAGAGATGGTTCATCACCTGATCCATATCCa < 2:465157/100‑1 (MQ=255) gccgGACGACCATCCAGACCGATCATATTAAGGTTAATACGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCGAAGAGATGGTTCATCACCTGATCCATATCCa < 2:464904/100‑1 (MQ=255) cgGACGACCATCCAGACCGATCATATTAAGGTCAGTAGGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCGAAGAGCTGGTTCAGCACCTGAGCCATATCCAc > 1:1266748/1‑99 (MQ=255) cgacCATCCAGACCGATCATATTAAGGTTAATACGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCGAAGAGGTGGTTCATCACCTGATCCATATCCACGCGGt > 1:814502/1‑100 (MQ=255) gacCATCCAGACCGATCATATTAAGGTTAATACGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCGAAGAGGTGGTTCATCACCTGATCCATATCCACGCGGtt < 2:971947/100‑1 (MQ=255) acgagcctgACCGATCATAGTAAGGTTAATACGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCGAAGAGGTGGTTCATCACCTGATCCATATCCGCGCGGTTg < 1:2426826/92‑1 (MQ=255) ccATCCAGACCGATCATATTAAGGTTAATACGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCGAAGAGGTGGTTCATCACCTGATCCATATCCACGCGGTTgg > 1:2065769/1‑100 (MQ=255) cATCCAGACCGATCATATTAAGGTTAATACGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCGAAGAGGTGGTTCATCACCTGATCCATATCCACGCGGTTGGa > 2:582931/1‑100 (MQ=255) cATCCAGACCGATCATATTAAGGTAAATACGATAGCTGTTTTTCCGAGCGGTGGTAGCGAAGGGGTGGTGCATCACCTGATTCATATCCACGCGGTTg < 1:33013/98‑1 (MQ=255) atgcAGACCGATCATATTAAGGTTAATACGATAGCTTTTTTCCAGATCGGTGGTAGCAAAGAGGTGTTTCATTATCTGATCCATATCGATGCGGTTGGaa > 1:146514/4‑100 (MQ=255) aTCCAGACCGATCATATTAAGGTTAATACGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCGAAGAGGTGGTTCATCACCTGATCCATATCCACGCGGTTGGaa > 2:2004316/1‑100 (MQ=255) aTCCAGACCGATCATATTAAGGTTAATACGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCGAAGAGGTGGTTCATCACCTGATCCATATCCACGCGGTTGGaa < 1:52339/100‑1 (MQ=255) aGACCGATCATATTAAGGTTAATACGATAGCTCTTTCCGAGATCGGTGGTAGCGAAGAGGTGGTTGATCACCTGATCCATATCCACGCGGTTGGAAcgc > 1:2420271/1‑99 (MQ=255) ccGATCATATTAAGGTTAATACGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCGAAGAGGTGGTTCATCACCTGATCCATATCCACGCGGTTGGAACGCGGca > 1:2536105/1‑100 (MQ=255) cGATCATATTAAGGTTAATACGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCGAAGAGGTGGTTCATCACCTGATCCATATCCACGCGGTTGGAACGCGGcac < 2:982234/100‑1 (MQ=255) cGATCATATTAAGGTTAATACGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCGAAGAGGTGGTTCATCACCTGATCCATATCCACGCGGTTGGAACGCGGcac > 1:2355769/1‑100 (MQ=255) gATCATATTAAGGTTAATACGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCGAAGAGGTGGTTCATCACCTGATCCATATCCACGCGGTTGGAACGCGGcaca > 2:1902384/1‑100 (MQ=255) cATATTAAGGTTAATACGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCGAAGAGGTGGTTGATCACCTGATCCATATCCACGCGGTTGGAACGCGGCACAATc < 1:825662/100‑1 (MQ=255) atatTAAGGTTAATACGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCGAAGAGGTGGTTCATCACCTGATCCATATCCACGCGGTTGGAACGCGGCACAATCa > 1:423351/1‑100 (MQ=255) tatTAAGGTTAATACGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCGAAGAGGTGGTTCATCACCTGATCCATATCCACGCGGTTGGAACGCGGCACAATCAc > 1:2167565/1‑100 (MQ=255) tatTAAGGTTAATACGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCGAAGAGATGGTTCATCACCTGATCCATATCCACGCGGTTGGAACGCGGCACAATCAc > 1:1205785/1‑100 (MQ=255) atTAAGGTTAATACGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCGAAGAGGTGGTTCATCACCTGATCCATATCCACGCGGTTGGAACGCGGCACAATCAcc < 2:588442/100‑1 (MQ=255) atTAAGGTTAATACGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCGAAGAGGTGGTTCATCACCTGATCCATATCCACGCGGTTGGAACGCGGCACAATCAcc > 1:509477/1‑100 (MQ=255) atTAAGGTTAATACGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCGAAGAGATGGTTCATCACCTGATCCATATCCACGCGGTTGGAACGCGGCACGATCAcc < 2:387749/100‑1 (MQ=255) tAAGGTTAATACGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCGAAGAGGTGGTTCATCACCTGATCCATATCCACGCGGTTGGAACGCGGCACAATCACCAg > 1:1337110/1‑100 (MQ=255) ggTTAATACGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCGAAGAGGTGGTTCATCACCTGATCCATATCCACGCGGTTGGAACGCGGCACAATCACCAGGcg > 1:2408807/1‑100 (MQ=255) gTTAATACGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCGAAGAGGTGGTTCATCACCTGATCCATATCCACGCGGTTGGAACGCGGCACAATCACCAGGcgg > 2:77592/1‑100 (MQ=255) tAATACGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCGAAGAGGTGGTTCATCACCTGATCCATATCCACGCGGTTGGAACGCGGCACAATCACCAGGcgggt > 1:946818/1‑100 (MQ=255) tAATACGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCGAAGAGATGGTTCATCACCTGATCCATATCCACGCGGTTGGAACGCGGCACAATCACCAGGcgggt > 1:552854/1‑100 (MQ=255) aTACGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCGAAGAGATGGTTCATCACCTGATCCATATCCACGCGGTTGGAACGCGGCACAATCACCAGGcgggtcg > 1:2081536/1‑100 (MQ=255) aCGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCGAAGAGGTGGTTCATCACCTGATCCATATCCACGCGGTTGGAACGCGGCACAATCACCAGGcgggtcggg < 2:657378/100‑1 (MQ=255) aCGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCGAAGAGGTGGTTCATCACCTGATCCATATCCACGCGGTTGGAACGCGGCACAATCACCAGGcgggtcggg > 1:1024655/1‑100 (MQ=255) gCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCGAAGAGGTGGTTCATCACCTGATCCATATCCACGCGGTTGGAACGCGGCACAATCACCAGGCGGGTCGGGTTCTCg < 1:2020643/100‑1 (MQ=255) ctctTTTCCTGATCGGTGGTAGCGAAGAGGTGGTTCATCACCTGATCCATATCCACGCGGTTGGAACGCGGCACAATCACCAGGCGGGTCGGGTTCTCGt > 2:1344810/1‑100 (MQ=255) ctctTTTCCCGATCGGTGGTAGCGAAGAGATGGTTCATCACCTGATCCATATCGACGCGGTTGGAACGCGGCACAATCACCAGGCGGGTCGGGTTCTCGt > 1:127007/1‑100 (MQ=255) tctTTTCCAGATCGGTGGTAGCGAAGAGATGGTTCATCACCTGATCCATATCCACGCGGTTGGAACGCGGCACAATCACCAGGCGGGTCGGGTTCTCGTg < 2:101375/100‑1 (MQ=255) tctTTTCCAGATCAGTGGTAGCGAAGAGGTGGTTCATCACCTGATCCATATCCACGCGGTTGGAACGCGGCACAATCACCAGGCGGGTCGGGTTCTCGTg > 1:1600872/1‑100 (MQ=255) tttCCAGATCGGTGGTAGCGAAGAGGTGGTTCATCACCTGATCCATATCCACGCGGTTGGAACGCGGCACAATCACCAGGCGGGTCGGGTTCTCGTGGTc > 2:1139078/1‑100 (MQ=255) tCCAGATCGGTGGTAGCGAAGAGGTGGTTCATCACCTGATCCATATCCACGCGGTTGGAACGCGGCACAATCACCAGGCGGGTCGGGTTCTCGTGGTCAg < 1:2039817/100‑1 (MQ=255) tCCAGATCGGTGGTAGCGAAGAGATGGTTCATCACCTGATCCATATCCACGCGGTTGGAACGCGGCACAATCACCAGGCGGGTCGGGTTCTCGTGGTCAg > 2:1697474/1‑100 (MQ=255) ccAGATCGGTGGTAGCGAAGAGGTGGTTCATCACCTGATCCATATCCACGCGGTTGGAACGCGGCACAATCACCAGGCGGGTCGGGTTCTCGTGGTCAGa > 2:2483073/1‑100 (MQ=255) ccAGATCGGTGGTAGCGAAGAGGTGGTTCATCACCTGATCCATATCCACGCGGTTGGAACGCGGCACAATCACCAGGCGGGTCGGGTTCTCGTGGTCAGa > 2:1497493/1‑100 (MQ=255) aGATCGGTGGTAGCGAAGAGGTGGTTCATCACCTGATCCATATCCACGCGGTTGGAACGCGGCACAATCACCAGGCGGGTCGGGTTCTCGTGGTCAGAtt > 1:814406/1‑100 (MQ=255) tCGGTGGTAGCGAAGAGGTGGTTCATCACCTGATCCATATCCACGCGGTTGGAACGCGGCACAATCACCAGGCGGGTCGGGTTCTCGTGGTCAGATTCAt > 1:1679817/1‑100 (MQ=255) ggtggtAGCGAAGAGGTGGTTCATCACCTGATCCATATCCACGCGGTTGGAACGCGGCACAATCACCAGGCGGGTCGGGTTCTCGTGGTCAGATTCATcg < 2:2076447/100‑1 (MQ=255) ggtggtAGCGAAGAGGTGGTTCATCACCTGATCCATATCCACGCGGTTGGAACGCGGCACAATCACCAGGCGGGTCGGGTTCTCGTGGTCAGATTCATcg > 2:1223798/1‑100 (MQ=255) ggtggtAGCGAAGAGATGGTTCATCACCTGATCCATATCCACGCGGTTGGAACGCGGCACAATCACCAGGCGGGTCGGGTTCTCGTGGTCAGATTCATcg > 2:17317/1‑100 (MQ=255) gtggtAGCGAAGAGGTGGTTCATCACCTGATCCATATCCACGCGGTTGGAACGCGGCACAATCACCAGGCGGGTCGGGTTCTCGTGGTCAGATTCATcgc < 1:1444060/100‑1 (MQ=255) gtggtAGCGAAGAGGTGGTTCATCACCTGATCCATATCCACGCGGTTGGAACGCGGCACAATCACCAGGCGGGTCGGGTTCTCGTGGTCAGATTCATcgc < 2:2406937/100‑1 (MQ=255) tggtAGCGAAGAGGTGGTTCATCACCTGATCCATATCCACGCGGTTGGAACGCGGCACAATCACCAGGCGGGTCGGGTTCTCGTGGTCAGATTCATcgcg < 2:2414971/100‑1 (MQ=255) tggtAGCGAAGAGATGGTTCATCACCTGATCCATATCCACGCGGTTGGAACGCGGCACAATCACCAGGCGGGTCGGGTTCTCGTGGTCAGATTCATcgcg < 2:812085/100‑1 (MQ=255) ggtAGCGAAGAGATGGTTCATCACCTGATCCATATCCACGCGGTTGGAACGCGGCACAATCACCAGGCGGGTCGGGTTCTCGTGGTCAGATTCATcgcg < 1:552587/99‑1 (MQ=255) tctgCGACGAGATGGTTCATCACCTGATCCATATCCACGCGGTTGGAACGCGGCACAATCACCAGGCGGGTCGGGTTCTCGTGGTCAGATTCATCGCGCa < 1:1385810/97‑1 (MQ=255) gtAGCGAAGAGATGGTTCATCACCTGATCCATATCCAAGCGGTTGGAACGCGGCACAATCACCAGGCGGGTCGGGTTCTCGTGGTCAGATTCATCgcgc < 1:365343/99‑1 (MQ=255) tAGCGAAGAGGTGGTTCATCACCTGATCCATATCCACGCGGTTGGAACGCGGCACAATCACCAGGCGGGTCGGGTTCTCGTGGTCAGATTCATCGCGCAg < 1:433265/100‑1 (MQ=255) gCGAAGAGGTGGTTCATCACCTGATCCATATCCACGCGGTTGGAACGCGGCACAATCCCCAGGCGCGTCGGGTTCTCGTGGTCAGATTCATCGCGCCGAt > 1:865766/1‑100 (MQ=255) gCGAAGAGATGGTTCATCACCTGATCCATATCCACGCGGTTGGAACGCGGCACAATCACCAGGCGGGTCGGGTTCTCGTGGTCAGATTCATCGCGCaaga > 2:1385818/1‑97 (MQ=255) cGAAGAGGTGGTTCATCACCTGATCCATATCCACGCGGTTGGAACGCGGCACAATCACCAGGCGGGTCGGGTTCTCGTGGTCAGATTCATCGCGCAGATc > 2:492750/1‑100 (MQ=255) agagGTGGTTCATCGCCTGATGCTTATCGACGCGGTTGGAACGCGGCACAATCGCCAGGCGGGTCGGGTTCTCGTGGTCAGATTCATCGCGCAGATc < 1:2175694/97‑1 (MQ=255) agagATGGTTCATCACCTGATCCATATCCACGCGGTTGGAACGCGGCACAATCACCAGGCGGGTCGGGTTCTCGTGGTCAGATTCATCGCGCAGATCGTc < 2:540974/100‑1 (MQ=255) agagATGGTTCATCACCTGATCCATATCCACGCGGTTGGAACGCGGCACAATCACCAGGCGGGTCGGGTTCTCGTGGTCAGATTCATCGCGCAGATCGTc < 2:828897/100‑1 (MQ=255) ggtggtTCATCAGCTGATCCATATCCACGCGGCTCGAACGCGGCACACTCACCAGGCGGGTCGGGTTCTCGTGGTCAGAATCATCGCGCAGATCGTCacc > 1:1637827/1‑98 (MQ=255) ggtggtTCATCACCTGATCCATATCCACGCGGTTGGAACGCGGCACAATCACCAGGCGGGTCGGGTTCTCGTGGTCAGATTCATCGCGCAGATCGTCaa > 1:2448167/1‑99 (MQ=255) ggtggtTCATCACCTGATCCATATCCACGCGGTTGGAACGCGGCACAATCACCAGGCGGGTCGGGTTCTCGTGGTCAGATTCATCGCGCAGATCGTCAAc < 1:372483/100‑1 (MQ=255) gtggtTCATCACCTGATCCATATCCACGCGGTTGGAACGCGGCACAATCACCAGGCGGGTCGGGTTCTCGTGGTCAGAGTCATCGCGCAGATCGTCAAcc > 1:1535965/1‑100 (MQ=255) | GGATTTCCAGCAGGTTTTTCACCGCCGGACGACCATCCAGACCGATCATATTAAGGTTAATACGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCGAAGAGGTGGTTCATCACCTGATCCATATCCACGCGGTTGGAACGCGGCACAATCACCAGGCGGGTCGGGTTCTCGTGGTCAGATTCATCGCGCAGATCGTCAACC > NC_000913/3164935‑3165131 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |