| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 317,566 | G→A | 18.0% | pseudogene (128/129 nt) | ykgQ → | pseudogene, putative dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 317,566 | 0 | G | A | 18.0% | 246.7 / 42.3 | 111 | pseudogene (128/129 nt) | ykgQ | pseudogene, putative dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (39/51); new base A (14/6); total (54/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.65e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.21e-01 | |||||||||||
Only 100 of 114 total aligned reads displayed.
CACAAATTAGTTCGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTA‑TTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATCTTCACTCTGTCATATCTCCGGTAATATGGCGTCAGGCT > NC_000913/317467‑317665 | cacaAATTAGTTCGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACAtgattg > 1:1481463/1‑100 (MQ=255) tAGTTCGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTaa < 2:1083220/100‑1 (MQ=255) tAGTTCGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTGCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTaa > 1:962223/1‑100 (MQ=255) aGTTCGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGTCGGTAAAACATTTTAATCTTGAATTTGTTCGTGGTTGTGTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAAt > 1:799775/1‑100 (MQ=255) gTTCGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATc > 2:346971/1‑100 (MQ=255) gTTCGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATc < 1:1901363/100‑1 (MQ=255) 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1:780019/97‑1 (MQ=255) tGTTGGGGAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTA‑TTTTACCTAAgacg > 2:1924808/1‑100 (MQ=255) tGTTGGGGAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTA‑TTTTACCTAAgacg < 1:943267/100‑1 (MQ=255) gTTGGGGAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTA‑TTTTACCTAAgacga > 1:2201066/1‑100 (MQ=255) tGGGGAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTA‑TTTTACCTAAGACGACa < 2:1085894/100‑1 (MQ=255) ggggAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTA‑TTTTACCTAAGACGACaa > 1:2283468/1‑100 (MQ=255) ggggAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTA‑TTTTACCTAAGACGACaa > 1:1784866/1‑100 (MQ=255) ggggAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTA‑TTTTACCTAAGACGACaa < 2:2026323/100‑1 (MQ=255) 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< 1:1259201/100‑1 (MQ=255) tGAATTTGTTCGTTGTTGTCTTGATGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTA‑TGTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATAtt < 1:2097074/99‑1 (MQ=255) tGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTA‑TTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTg < 2:1159581/100‑1 (MQ=255) gAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTA‑TTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGa > 2:2309809/1‑100 (MQ=255) aTTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTA‑TTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATc < 2:1295462/100‑1 (MQ=255) aTTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTA‑TTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATc < 2:358259/100‑1 (MQ=255) ttGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTA‑TTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATCtt < 2:1480839/100‑1 (MQ=255) gTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTA‑TTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATCTTCa > 1:36500/1‑100 (MQ=255) 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aCATGATTAATATCAATCATGTA‑TTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATCTTCACTCTGTCATATCTCCGGTAATATGGC > 2:1902061‑M1/1‑100 (MQ=255) cATGATTGATATTAATCATGTA‑TTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATCTTCACTCTGTCATATCTCCGGTAATATGGCG > 2:265710‑M1/1‑100 (MQ=255) tgattaatATCAATCATGTA‑TTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATCTTCACTCTGTCATATCTCCGGTAATATGGCGTC > 2:1707775‑M1/1‑100 (MQ=255) gatATTAATCATGTA‑TTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATCTTCACTCTGTCATATCTCCGGTAATATGGCGTCAGGCt > 2:2174726/1‑100 (MQ=255) | CACAAATTAGTTCGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTA‑TTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATCTTCACTCTGTCATATCTCCGGTAATATGGCGTCAGGCT > NC_000913/317467‑317665 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |